色(即将(1)(2)的ON-OFF都OFF掉)(3)atma;rga;zg;
八、对于没有标准实验、没有脉宽和功率的杂核如何入手做?以B11为例。 1、首先查询该杂核的旋磁比、天然丰度,对于天然丰度太低的要求浓度高些,或者很难做出来。
Help→NMR Guid→eNMR Encyclopedia→NMR Application→NMR penddic Table→点击要做的元素查看旋磁比和天然丰度。
2、先借用C谱的标准实验,新建一个实验,当旋磁比为正时标准实验选择C13CPD,当旋磁比为负时标准实验选择C13IG。点ok。 3、更改参数
查看Acqpar参数(都是C13的参数)→getprosol(读取C的脉宽和功率)→输入edsp命令→把F1维中的C13改为B11,F2维不变→Default→Save→再次回到Acqupars参数中→NS(扫描次数)、SW(谱宽,尽量设宽些400),O1P(先赋予0)+-200位置找峰,D1(经验值)2S,对0也适合,(事先查D1值,太大可加弛豫试剂)→lock,topshim→输入atmm(不能用atma,手动调谐,第一次做核时必须用手动调谐。)→出现Tuning对话框,若点》《找不到会动的倒峰,则点击▽图标,放大范围,都调好后点①File②Save position③Exit→输入atma;rga;zg,弹出rga对话框,点OK,输入密码Bruker,接着弹出zg警告→halt8,efp;apk→输入sref弹出警告,close(将O1P放在最佳位置)→edmac(宏命令)+空格+名称(随意命名)。 校准背景信号,第一段(第一行,absf1+空格+最大值;第二行,absf2+空格+次大值;第三行,absf);第二段(第一行,absf1+空格+最大值;第二行,absf2+空格+次大值;第三行,absf);Notice:下一段的开始是上一段的结束,进入鼓包区域后区间要变小,节点值不能正好落在峰的最高点,从最左端分多段编辑到最右端。编辑好后保存。→输入BL命令 4、如何创建标准实验模板?
输入wpar→在user下,不能存在par上面→点击write new→输入实验名称,OK→OK→close→new→不能getprosol(90%重水10%水叠代钠标样,可以用来建立O的标准实验,也可以用来建立Na的标准实验,需要做Pt的标准实验室,可打电话让工程师过来设置,另外做其他杂核的定量需用到C13IG脉冲系列,需要请工程师调90度脉冲的脉宽和功率,请工程师来做核。) 九、部分二维实验
温馨提示:二维谱实验最重要的就是控温。 (一)、实验一
1、New建立一个新实验,标准实验选择COSYGPMFSW:用梯度场进行相关路径的选择。其中GP表示梯度;MF表示多量子粒波,SW表示方波,标准波形。多量子粒波的好处:可以从对角峰上看到单峰的性质,简化对角峰,易于解析。 2、lock
3、atma;topshim;getprosol,调谐的目的是为了接收线圈的频率与中心频率保持一致,提高灵敏度。DS空扫16次。Pulseprog:查看脉冲系列。TD,F2维2000左右;F1维,大于256(设高一点可以提高分辨率)。采采样模式:QF;与采样相关的参数:TD、NS、DS、SW、O1P。其中NS、DS的设置可以参考限定值。 输入命令ased,可以查看与脉冲系列相关的参数,基本不需要自行修改。 4、rga;zg 5、谱图处理
(1)输入命令xfb进行变换,其中xf表示加窗函数,b表示两个维度。 (2)调进一维谱
①选中一维谱,右击,选择display As 2D projection。②选F1+F2 (3)点等高线调整图标(一个没有底边的三角弧形,中间几条平行线穿过)进行等高线调整。Level increment:1.2-1.3即可;Number of levels(等高线数):32;Fill→Apply→OK。或者可以输入命令clev+32可得到等高线数目。 (4)校准(即定标)放大谱图进行定标。
(5)去除噪音,选中噪音,输入命令proj,选择UP data rows/cols from display→ok→再选择最上面的calculate positive projection→输入sub2(对正峰和负峰都去除噪音) (二)、实验二
1、New,标准实验选择:MLEVPHSW,PH表示相位;MLEV表示自旋锁定或自旋传递;SW表示方波,形状脉冲SP;①查看与脉冲系列相关的参数,其中NS=8*n,DS=16*n;②TD(F2=2048,F1≥256)③SW,O1P;④D9:自旋锁定时间,默认值为0.08S,即混合时间(设短的话可能会无法调整相位) 2、lock
3、atma;topshim;getprosol; 4、谱图处理
(1)输入命令xfb变换谱图 (2)调等高线
(3)调相位,先调0级相位,再调1级相位。 (4)校准 (三)实验三
1、New→NOESYPHSW→适用于大分子
2、①NS:8*N;DS:16*N;②D8混合时间,空间<5à,峰的强度与距离的六次方成正比。对于大分子,D8=0.1~0.3S;对于小分子:D8=0.6~0.8。
Notice:分子量越大,弛豫时间越短,分子量越小,弛豫时间越长,温度越高弛豫时间越短。 3、lock 4、getprosol
5、atma;topshim;rga;zg (四)实验四
1、new,标准实验选择ROESYPHSW,PH:通过相位循环可以减掉一些峰。 2、具体实验步骤与前面的实验步骤大致相同,通过查看与脉冲系列相关的参数对参数进行设置。接着LOCK,getprosol;atma;topshim;rga;zg
3、Notice:输入Set命令,选中Enable automatic command spooling方框内□打钩。可以针对一个样品的自动排列做多个实验。 (五)实验五:J-Resolved同核实验。 1、new→cosy45sw(先借用)
2、Pulprog:jresqf(消除化学位移,保留耦合常数) 3、NS:4*N;DS:16;
4、F2维(化学位移);F1维(耦合常数)
SW=20,SWH=50HZ,O1P只针对F2设定值,F1不用设。 5、getprosol 6、lock
7、atma;topshim;rga;zg; (六)实验六H-C相关的二维谱
1、New,选择标准实验:HSQCETGPSISP,ET表示采样模式为回波反回波采样;GP梯度;SI灵敏度增强;SP形状脉冲,让激发更均匀。 2、输入命令eda,进行采样参数设置:NS=1*N,DS≥16,TD,SW谱宽(F2为H谱谱宽,F1为C谱谱宽); 输入命令ased可进行与脉冲系列有关的参数设置,①CNST2:单位为HZ,C和H直接耦合常数的平均值。②GPZ2,C:20.1%,N15,8.1%,若有些杂核没有显示,则改核后可以输入命令gradratio查看 3、lock
4、getprosol;atma;topshim 5、rga;zg
(七)实验七
1、New→HMBCGPND,ND表示在采样时间内不进行去耦。 2、(1)采样参数设置NS=2,DS=16,O1P=?,SW=?
(2)与脉冲系列相关的参数设置,CNST13,远程耦合常数,系统默认一般为8HZ,可以适当地减小,当看不到交叉峰时,可能该值设大了,也可能是因为二面角的原因。,通过耦合常数可以计算二面角的大小。 3、lock
4、atma;topshim;rga;zg
Notice:HMBC谱图中可能存在HSQC的残余峰。 (八)实验八,在HMBC二维谱中去除HSQC的残余峰。 1、new→HMBCGPND,Ttitle:J-Filter HMBC 2、更改脉冲系列及参数 将Pulprog→HMBCGPL2ndqf
(1)输入命令eda,更改采样参数,NS=2*N,DS=16,QF,TD(分F1,F2),O1P (2)输入命令ased,更改与脉冲系列相关的参数,CNST6:120HZ;CNST7180HZ,在该区间内HSQC残余峰去除。CNST13,百分比根据右侧提示填写。 3、getprosol 4、lock
5、atma;topshim;rga;zg 十、完整的二维谱图处理过程 1、输入xfb,谱图变换; 2、调入一维谱,选择F1+F2,→ok 3、clev32,修改等高线。
4、校正相位(NOESY、ROESY、TOCSY、HSQC需要校正相位,其他的不需要)点相位校正图标,选几个点,ADD,先校正红线所在的位置。 5、定标:先定好一维谱,读出化学位移,再点击定标图标,找出中心位置进行定标。 6、去除噪音,(T1噪音的去处),左边没有信号的投影。
Proj→edit→update→ok→第一个正峰第二个负峰,输入sub2。
7、可以通过选择性预测提高F1的分辨率,edp→procpars→founer→ME_mod→选择LPfr(LP表示线性预测,fr表示向前的)→NCOEF(HH相关选100,HC相关选32)。此处理的缺点是可能产生鬼峰。