核磁应用培训笔记
一、一维H谱实验操作流程
1、新建一个实验,可以直接输入New命令,name:样品名称;PROCNO:处理号;Solvent:不代表锁场的溶剂,只影响最后打印谱图参数中溶剂项的显示; Expenriment Dirs:标准实验,不代表脉冲系列;
User下,可以建立自己的标准实验;H谱的标准实验名称是:proton 2、getprosol:把相关的脉冲参数保存在Acqupars表中: Acqupars→PL1
3、锁场,可以直接点击Lock图表选择溶剂后锁场,或者输入命令LOCK空格溶剂名称直接锁场; 锁场的目的? 4、atma:topshim 5、NS输入数值 6、rga
7、za即zero go 的简写 Notice:
(1)调谐:做同一样品的不同谱图时需要重新做一次调谐。
(2)当第一次匀场不好的时候,可以输入命令topshim+空格+tunea进行二次匀
场,若多次匀场后仍然不能达到好的状态则需要做三维匀场。 (3)同一溶剂的样品,建议在同一时段做谱,有利于匀场。
(4)匀场不好的原因有以下几个方面:①样品中含有顺磁性金属离子②高粘度
样品③溶液高度太低。 8、部分参数的设置
(1)eda采样参数设置:可以输入命令ased进入参数设置界面; ①PULPROG:脉冲系列名称,zg30:30度角激发,zg:90度角激发; ②AQ-mod:采样模式 ③TD:采样点数 ④NS:采样次数
⑤DS:空扫:真正开始采样前先采集的次数,做一维谱时可设为0,二维谱空扫
的次数设置非常重要。 ⑥TD0,真正采样次数,NS*TD0,如TD0设为10,NS为1024,则总采样次数
为1024*10
⑦SW谱宽,用默认的谱宽即可,其中SW与AQ成反比
⑧O1P,O1,中心频率,其中前者是以ppm为单位,后者是以HZ为单位。 最右边:谱宽/2+O1P (2)和脉冲系列有关的参数
①DE值,采样结束后等待衰减的时间。做杂核时需要更改。 ②D1:弛豫延迟,做定量H谱时需要更改 ③P1激发脉宽;PL1(dB):激发功率; 9、谱图处理
(1)Procpars:窗口函数
①efp:指数函数,em、ft、pk三个命令的组合 ②gfp:高窗函数:gm、ft、pk三个命令的组合
③apk:根据当前的样品来调PHC,PHC1,当谱峰有很多鼓包时使用效果不好。 Notice:LB值越大信噪比越好,分辨率越差,LB值越小,分辨率越好。 LB0是相对于efp函数而言的,当调节LB值为负,信噪比仍然不好时,可用gfp
函数,先更改GB值,再输入GFP命令冲零也可以提高分辨率。 (2)定标
(3)直接输入plot命令,进入打印界面。 (4)如何创建模板?
C:\\Bruker\\Topspin\\Plot\\Layouts,先另取名字创建模板,再将模板文件夹下的
默认模板删除,如H谱的默认模板是:1D-Hxwp,先删除该模板,再将自己创建的模板改为默认模板的名字。 二、如何做H谱的定量?
与标准一维氢谱相比,需要做一下变换 1、将脉冲系列zg30改为zg,
2、找内标,两个峰挨的很近且基线分离,一般很难找到合适的内标物。 3、调整O1P,使得O1P在两个峰之间
4、NS要足够大,为了保证较好的信噪比,定量最起码要做半个小时以上。 5、D1>5T1,D1要大于5倍的T1,首先要找最大的T1,D1的时间要足够长。 三、碳谱:碳谱的标准实验为C13CPD 1、getprosol
2、atma
3、采样参数的设置:谱宽sw一般设置为250,O1P,NS,TD0, 4、rga 5、zg
6、tr命令:保存数据,继续采样;如tr4,保存最近4次的2倍。 7、efp:apk
8、ppf:对碳谱的全谱进行标峰。
9、Mi+数字+PPF:表示强度低于该数值的不标峰。
10、go命令,样品浓度太低的情况下,过夜采集仍然不能得到理想的谱图,第二天白天需做其他谱图,可在第二天晚上将前一天晚上采集的谱图拖动到当前窗口,重新放入样品锁场调节后可以输入GO命令进行累加采集。 11、和脉冲相关的参数
CPDPRG2,通常情况下用Waltz16,做氢谱、碳谱的90度脉冲没有问题,做杂核时需要更改。
Notice:看到碳谱有裂分,首先要考虑是否有同分异构体,再考虑更改CPDPRG2,选择带bi的参数。
四、碳谱定量实验(实验时间相对很长,需要加弛豫试剂以减短实验时间。) 1、标准实验选择CBIG,new→ok 2、将zgig30改为zgig
3、DS:0加弛豫试剂后会影响锁场和匀场。 五、DEPT实验(45°、90°、135°) 1、New→C13DEPT90→OK 2、getprosol 3、修改参数:
(1)改动参数NS,采样次数是普通碳谱采样次数的1/4. (2)Pulseprog查看与脉冲相关的参数,其中NS是4的倍数。 (3)DS=8,NS=4,SW:谱宽,O1P. 4、rga:zg Notice:
(1)DEPT45,只出现季碳;DEPT135:只出现CH (2)HALT空格数字
(3)SR值,从校正后的普通碳谱的处理参数中copy SR值,复制到DEPT谱图中,可将DEPT谱图中的化学位移与普通C谱的化学位移对齐。 六、如何将多种谱图打印在同一张图上? 方法一:
1、先将全谱图调出并标好化学位移。 2、选择1D+1D+1Dxwp打印模板
3、在data中,点击ADD,选择实验数据现在的位置,将需要的数据拖入,点击Apply,确定。
此方法的优点是可以对每一张谱图进行修改。、 方法二:
1、随意拖入一张谱图,输入plot 2、全选中,并删除原有谱图 3、在DATA里面选谱图,APPLY→OK;
4、在右侧选择多个谱图叠加的图标,三条重叠的折线; 5、在空白处拖动鼠标,出现第一张谱图
6、右击选择Edit,选择steaked,输入谱图张数。 Spectra:0*5,0表示左右偏移量,5表示上下偏移量。 此方法的缺点是不能单独修改每一张谱图。 七、一些补充注意事项 1、BBf,探头。
2、新安装仪器可以做的核有H、C、P、F、N,可以直接选择标准实验,直接调用标准模板。
P31CPD,全去偶,zgpg30;P31:zg。
LOCK之后可以直接输入一系列命令,点击ENTER直接完成。
3、做杂核前要先确认两件事情:(1)有无脉宽和功率(2)有无标准实验; 4、P的化学位移的标定:外标法。
把标准品(查找网上文献)放到P样品中测定核磁,将标准品的化学位移定位为0后看SR值,再将SR值复制粘贴到后续做的P谱图上,再标定化学位移。 标准品:85%磷酸溶液。
不锁场、不匀场,直接调谐、prosol。
不锁场实验:(1)打开BSMS键盘,将lock变成灰色。(2)sweep要变成灰
色(即将(1)(2)的ON-OFF都OFF掉)(3)atma;rga;zg;
八、对于没有标准实验、没有脉宽和功率的杂核如何入手做?以B11为例。 1、首先查询该杂核的旋磁比、天然丰度,对于天然丰度太低的要求浓度高些,或者很难做出来。
Help→NMR Guid→eNMR Encyclopedia→NMR Application→NMR penddic Table→点击要做的元素查看旋磁比和天然丰度。
2、先借用C谱的标准实验,新建一个实验,当旋磁比为正时标准实验选择C13CPD,当旋磁比为负时标准实验选择C13IG。点ok。 3、更改参数
查看Acqpar参数(都是C13的参数)→getprosol(读取C的脉宽和功率)→输入edsp命令→把F1维中的C13改为B11,F2维不变→Default→Save→再次回到Acqupars参数中→NS(扫描次数)、SW(谱宽,尽量设宽些400),O1P(先赋予0)+-200位置找峰,D1(经验值)2S,对0也适合,(事先查D1值,太大可加弛豫试剂)→lock,topshim→输入atmm(不能用atma,手动调谐,第一次做核时必须用手动调谐。)→出现Tuning对话框,若点》《找不到会动的倒峰,则点击▽图标,放大范围,都调好后点①File②Save position③Exit→输入atma;rga;zg,弹出rga对话框,点OK,输入密码Bruker,接着弹出zg警告→halt8,efp;apk→输入sref弹出警告,close(将O1P放在最佳位置)→edmac(宏命令)+空格+名称(随意命名)。 校准背景信号,第一段(第一行,absf1+空格+最大值;第二行,absf2+空格+次大值;第三行,absf);第二段(第一行,absf1+空格+最大值;第二行,absf2+空格+次大值;第三行,absf);Notice:下一段的开始是上一段的结束,进入鼓包区域后区间要变小,节点值不能正好落在峰的最高点,从最左端分多段编辑到最右端。编辑好后保存。→输入BL命令 4、如何创建标准实验模板?
输入wpar→在user下,不能存在par上面→点击write new→输入实验名称,OK→OK→close→new→不能getprosol(90%重水10%水叠代钠标样,可以用来建立O的标准实验,也可以用来建立Na的标准实验,需要做Pt的标准实验室,可打电话让工程师过来设置,另外做其他杂核的定量需用到C13IG脉冲系列,需要请工程师调90度脉冲的脉宽和功率,请工程师来做核。) 九、部分二维实验
温馨提示:二维谱实验最重要的就是控温。 (一)、实验一
1、New建立一个新实验,标准实验选择COSYGPMFSW:用梯度场进行相关路径的选择。其中GP表示梯度;MF表示多量子粒波,SW表示方波,标准波形。多量子粒波的好处:可以从对角峰上看到单峰的性质,简化对角峰,易于解析。 2、lock
3、atma;topshim;getprosol,调谐的目的是为了接收线圈的频率与中心频率保持一致,提高灵敏度。DS空扫16次。Pulseprog:查看脉冲系列。TD,F2维2000左右;F1维,大于256(设高一点可以提高分辨率)。采采样模式:QF;与采样相关的参数:TD、NS、DS、SW、O1P。其中NS、DS的设置可以参考限定值。 输入命令ased,可以查看与脉冲系列相关的参数,基本不需要自行修改。 4、rga;zg 5、谱图处理
(1)输入命令xfb进行变换,其中xf表示加窗函数,b表示两个维度。 (2)调进一维谱
①选中一维谱,右击,选择display As 2D projection。②选F1+F2 (3)点等高线调整图标(一个没有底边的三角弧形,中间几条平行线穿过)进行等高线调整。Level increment:1.2-1.3即可;Number of levels(等高线数):32;Fill→Apply→OK。或者可以输入命令clev+32可得到等高线数目。 (4)校准(即定标)放大谱图进行定标。
(5)去除噪音,选中噪音,输入命令proj,选择UP data rows/cols from display→ok→再选择最上面的calculate positive projection→输入sub2(对正峰和负峰都去除噪音) (二)、实验二
1、New,标准实验选择:MLEVPHSW,PH表示相位;MLEV表示自旋锁定或自旋传递;SW表示方波,形状脉冲SP;①查看与脉冲系列相关的参数,其中NS=8*n,DS=16*n;②TD(F2=2048,F1≥256)③SW,O1P;④D9:自旋锁定时间,默认值为0.08S,即混合时间(设短的话可能会无法调整相位) 2、lock
3、atma;topshim;getprosol; 4、谱图处理
(1)输入命令xfb变换谱图 (2)调等高线
(3)调相位,先调0级相位,再调1级相位。 (4)校准 (三)实验三
1、New→NOESYPHSW→适用于大分子
2、①NS:8*N;DS:16*N;②D8混合时间,空间<5à,峰的强度与距离的六次方成正比。对于大分子,D8=0.1~0.3S;对于小分子:D8=0.6~0.8。
Notice:分子量越大,弛豫时间越短,分子量越小,弛豫时间越长,温度越高弛豫时间越短。 3、lock 4、getprosol
5、atma;topshim;rga;zg (四)实验四
1、new,标准实验选择ROESYPHSW,PH:通过相位循环可以减掉一些峰。 2、具体实验步骤与前面的实验步骤大致相同,通过查看与脉冲系列相关的参数对参数进行设置。接着LOCK,getprosol;atma;topshim;rga;zg
3、Notice:输入Set命令,选中Enable automatic command spooling方框内□打钩。可以针对一个样品的自动排列做多个实验。 (五)实验五:J-Resolved同核实验。 1、new→cosy45sw(先借用)
2、Pulprog:jresqf(消除化学位移,保留耦合常数) 3、NS:4*N;DS:16;
4、F2维(化学位移);F1维(耦合常数)
SW=20,SWH=50HZ,O1P只针对F2设定值,F1不用设。 5、getprosol 6、lock
7、atma;topshim;rga;zg; (六)实验六H-C相关的二维谱
1、New,选择标准实验:HSQCETGPSISP,ET表示采样模式为回波反回波采样;GP梯度;SI灵敏度增强;SP形状脉冲,让激发更均匀。 2、输入命令eda,进行采样参数设置:NS=1*N,DS≥16,TD,SW谱宽(F2为H谱谱宽,F1为C谱谱宽); 输入命令ased可进行与脉冲系列有关的参数设置,①CNST2:单位为HZ,C和H直接耦合常数的平均值。②GPZ2,C:20.1%,N15,8.1%,若有些杂核没有显示,则改核后可以输入命令gradratio查看 3、lock
4、getprosol;atma;topshim 5、rga;zg
(七)实验七
1、New→HMBCGPND,ND表示在采样时间内不进行去耦。 2、(1)采样参数设置NS=2,DS=16,O1P=?,SW=?
(2)与脉冲系列相关的参数设置,CNST13,远程耦合常数,系统默认一般为8HZ,可以适当地减小,当看不到交叉峰时,可能该值设大了,也可能是因为二面角的原因。,通过耦合常数可以计算二面角的大小。 3、lock
4、atma;topshim;rga;zg
Notice:HMBC谱图中可能存在HSQC的残余峰。 (八)实验八,在HMBC二维谱中去除HSQC的残余峰。 1、new→HMBCGPND,Ttitle:J-Filter HMBC 2、更改脉冲系列及参数 将Pulprog→HMBCGPL2ndqf
(1)输入命令eda,更改采样参数,NS=2*N,DS=16,QF,TD(分F1,F2),O1P (2)输入命令ased,更改与脉冲系列相关的参数,CNST6:120HZ;CNST7180HZ,在该区间内HSQC残余峰去除。CNST13,百分比根据右侧提示填写。 3、getprosol 4、lock
5、atma;topshim;rga;zg 十、完整的二维谱图处理过程 1、输入xfb,谱图变换; 2、调入一维谱,选择F1+F2,→ok 3、clev32,修改等高线。
4、校正相位(NOESY、ROESY、TOCSY、HSQC需要校正相位,其他的不需要)点相位校正图标,选几个点,ADD,先校正红线所在的位置。 5、定标:先定好一维谱,读出化学位移,再点击定标图标,找出中心位置进行定标。 6、去除噪音,(T1噪音的去处),左边没有信号的投影。
Proj→edit→update→ok→第一个正峰第二个负峰,输入sub2。
7、可以通过选择性预测提高F1的分辨率,edp→procpars→founer→ME_mod→选择LPfr(LP表示线性预测,fr表示向前的)→NCOEF(HH相关选100,HC相关选32)。此处理的缺点是可能产生鬼峰。
十一、核磁的维护 (一)硬件维护
1、机柜里面的滤网一般一年清洗一次 2、建议每周重启电脑一次 3、打开机柜需要带放静电手环
4、每次严格开关机,关机开机后要做一次CF。
5、90度脉冲校准正常情况下半年做一次,对新仪器可能需要三个月做一次。 6、field的校准,正常情况下半年一次,对于新仪器三个月做一次。 (二)磁体及软件维护
1、1H 90度脉冲的校准,标样:0.1? in CDCL3
(1)new,建立实验,选择PROTON标准实验,title:1H90cal (2)lock
(3)getprosol;atma;topshim (4)更改参数
①输入命令eda更改采样参数,将zg30→zg;NS=1,DS=0;O1P=2.6PPM(即设定在乙基的四重峰中央)。 ②输入命令ased更改与脉冲系列相关的参数,D1=20S,RG=16; P1=10.60记录下来(脉冲作用时间)改为2;PLW1机PL1保持不变。 Notice:先把原来的P1值,再将P1赋予一个比较小的时间,eg,1us先试做一个谱看看。 (5)rga;zg
(6)efp;apk,处理谱图,并找到四重峰,使当前窗口只出现四重峰。 (7)输入命令dpl,定义打印区间。
(8)回到处理参数procpars,将PH_mod中的模式改为PK
(9)输入命令POPT,脉冲的功率为脉宽的优化模式。勾选第三个选项即perform automatic baseline(PARAMETER写上P1,OPTMUM中选zero,STARTVAL开始值:比原有值的三倍大一些即大于3*10.60;ENDVAL结束值:比原来的四倍大一些,即大于4*10.60+4;INC步长一般定为2,36、38等等),填好以上各参数后,点击Staroptimlze→Save→ok→开始做实验→若出现负值的峰,说明已经越过180度得电,点击skip current optim?停止实验。 结果存在TITLE里面,不用记录。在Acquars中的P1(us)得到值/4,得到的值其实是零点的值,即360度得值,除4即可得到90度的值。 (10)更改prosol表,输入命令edprosol,将左右通道的pulse值改过来→Save
→select all relevant →ok→输入密码→ok→yes→ok→yes→ok,关闭窗口。 2、C13的90度脉冲,标样:ASTM。(参考讲义P48) (1)new→PROCNO(处理号一定为1)→C13CPD(标准实验名称) (2)getprosol→lock 溶剂名称→atma;topshim
(3)修改参数,①输入命令eda修改采样参数:将zgpg30改为zgpg;NS=1;DS=0,
O1P=67,O2P=3.5②输入命令ased修改与脉冲系列相关的参数:RG=32或64;
D1(S)=20;P1先记录下原始数值如8.8,先赋予小点的值如2us (4)输入zg命令直接采样
(5)efp;apk让窗口只出C的信号,输入dpl,以下步骤与H的90度脉冲一致,可参考H的90度脉冲。
Notice:测完后要到prosol表中进行更新。 3、如何计算当前样品的90度脉冲值? (1)new→设定好参数之后做pulsecal
(2)输入命令pulsecal,enter后可以计算当前样品的90度脉宽,测完后点击
close。第一次做pulsecal命令时会弹出对话框“该命令正在编译”直接close掉就可以了。 4、3D匀场,标样:90%水+10%重水。 (1)new,建立一个一维H谱实验 (2)lock H20+D2O
(3)atma;topshim gui(可以去除Y方向的匀场梯度)
(4)选3D→After:ZX-Y-XZ-YZ-Z(不做Before)→Star→结束后点close。 (5)选一个常做的样品,做一个一维H谱,lock→getprosol;atma;topshim (6)输入wsh→在filename中输入文件夹名称→write→close
Notice:怎样判断匀场好不好?①看DMSO、甲醇、丙酮的多重峰②看TMS的卫星峰③看溶剂本身的峰信号,越窄越好。 5、lock field的校准
方法一:锁场锁氘信号,标样用10%的EB in CDCl3 (1)进样 (2)lock CDCl3
(3)进入BSMS键盘→lock\\level→field→读取field值并记录下来(6704.3)→点ON-OFF脱锁→输入命令lopo,enter进行锁场参数的优化→选溶剂,点ok→输入6704.3(锁场后的值)。
Notice:红线和绿线的交叉点在锁场的最中间,蝴蝶线完全对称,通过更改phase值可以使其变得对称,从交叉点出来的第一个峰都是向上的。 (4)点击stanby,命令行中输入edlock,点折线图标进行保存。 方法二:什么溶剂都锁不上的情况下使用该方法 (1)放H20+D2O的标样进去 (2)将sweep的ON-OFF关掉
(3)修改采样参数,建立一个H谱zg30,NS=1,DS=0,O1P=4.7,SW=30~40ppm (4)atma;rga;zg; (5)efp;apk
(6)找到水峰,看水峰与4.7偏离了多少HZ,在procpars中将PH_mod改为pk; (7)输入命令gs,点实时变化谱图,打开BSMS键盘,进入lock\\level里面,
调节filed值,使水峰到达4.7的位置,到达4.7后点Standby,输入命令edlock,点折线图标,保存。 (8)将GS界面stop掉 (9)用CDCl3样品做校准。 十二、一维选择性激发实验 1、实验一:针对分的比较开的峰 (1)新建一个实验,做一个一维谱。
(2)点击积分符号,在自己想要的信号上,对其进行积分。 (3)“Save as veg”右击保存图标,保存。 (4)输入buttonnmr,选择select?
(5)点击set Gr ROESY→OK→输入实验名称后点OK→①OK:不能再更改参数,
直接采样;②cancel只是建立实验,还可以修改参数。本例中选cancel。 (6)修改NS=8%N,DS=4*N (7)rga;zg
(8)ef→相位校正,一般会出现三种信号:相关信号、吸收型信号、色散信号。 2、实验二:针对重叠比较严重的多重峰。
CSSF:chemical shift 化学位移,selective filter。 (1)进样,采集一个一维谱
(2)找到重叠峰,拷贝其中的一个化学位移:所关心的峰的中间位置。 (3)新建一个实验,修改O1P为前一步骤的化学位移值。
(4)更改脉冲系列(pulprog),选择sel cssfzs.2→ok
(5)查看参数,修改NS=2*N,DS=16,TD0=8~16,部分参数根据右侧提示修改。
CNST2=4(此值取决于峰的重叠程度) (6)rga;zg 3、实验三
(1)在实验二的基础上,输入命令i,I命令表示做同样的实验。
(2)更改脉冲系列,将selcssfzs.2→selecssfdizs.2(2表示第二个版本,为
了选择峰;带zs表示能量子激发;di自旋锁定,cosy峰为了找相关谱) (3)更改参数D9(混合时间)、NS、DS、TD0等参数。 (4)rga;zg
Notice:cosy、tocsy、noesy、roesy对角峰、交叉峰都有;hsqc、hmbc没有对
角峰,只有交叉峰。 十三、溶剂峰的压制 1、只压制一个峰
(1)做一个一维谱,找到要压制的峰,复制化学位移。
(2)new→标准实验名称为:WATERSUP,对应的脉冲系列为NOESYGPPR1d→ok (3)设置实验参数,D1:低功率、长时间的功率,关键设置参数D1和PL9。对
于NS、DS无严格要求;PL9=60dB(该值越大,实际功率越大);D1=2s(时间越长,频率覆盖范围越窄);O1P的值直接粘贴步骤一复制的化学位移值,谱宽要足够大。 (4)getprosol; 2、压制两个峰
(1)edc→标准实验名称:LC1D12→OK
(2)O1P:压制峰1的中间位置的化学位移值(谱图的中间) O2P:压制峰2的中间位置的化学位移值。 (3)getprosol
(4)NS=8*N,DS=4,PL9=60 (5)rga;zg 3、如何压制多个峰?
(1)new→LC1DCWPS(标准实验名称) (2)修改参数NS、DS、SW (3)getprosol
(4)输入命令L30(即压制峰的个数,如N)
(5)输入命令xaua(自动采集一个一维谱),压制N个最强的峰 4、水峰的压制(与压制一个峰的步骤是一样的) (1)new→WATERSUB→NOESGPPR1d (2)O1P的确定,NS、DS、D1、PL9 (3)getprosol (4)lock
(5)atma;topshim; (6)RGA→RG,记录RG值 (7)rga;zg→fp→all→apk (8)更改O1值
(9)rga;zg(多次循环,直到水峰的压制达到好的状态) 5、实验五
(1)edc(new)→NOESYPR1D(标准实验名称)
(2)D8=0.1S;NS、DS(根据提示确定);O1(O1P=4.7)、D11=30ms=0.03s,
D1=2S;PL9=50~60Db(不宜给太大的值) (3)getprosol (4)lock
(5)atma;topshim;rga;zg
拓展实验:输入I命令→NOESYGPPR1d(加梯度场实验),更改梯度参数。 Notice:加梯度场对锁场相位要求比较高。 十四、Topspin软件介绍
1、通过命令re、rep、rel、repl+空格+数字打开文件 2、rel:打开最后一个实验名称下的实验号。 Repl:实验号下面的某一处理号。
3、命令expl:按照2.1或者3.0版本的统一存放数据。 4、命令.all
5、E命令,选择要看的区域
6、批处理:processing→senal processing→Find找到实验名称→next→LB0.3;efp;apk;ppf(标峰)(输入一系列命令符)→excute→close。
Notice:LB增宽因子指数窗函数。 7、批处理积分(intser批处理积分命令) (1)先对第一张谱图进行积分并保存 (2)输入命令intser (3)选择第几个实验→next
(4)options(calibrate:选定某一个位置;Normalize sum of integrals归一化法)→第几个峰→定义几个→ok,归一化值加和多少,可以自己增。 8、增加一个处理号(wrp命令) Corl dram预测化学位移
9、去卷积(去卷积的峰保留在999的处理号上面)
Analysis→Deconvolution→ok→options(用什么函数)(use lorent zian shape)→选择区域(阈值)→ok 10、进入topspin用户名和密码的设置
Set命令→options→admmistration→lock topspin user interface 11、电子签名:Electromic signature creation,输入命令esign 12、audit跟踪文档,可以看到所有的操作
13、更改layout的三种途径①输入命令layout②contrl+P③处理参数中的
Automation→layout 14、模板保存的路径,C:\\Bruker\\Topspin3.0\\plot\\layouts 15、stack1d多个谱图叠加 16、parplot参数修改
17、输入命令almanao打印化学位移
18、利用NMR Guide自学:NMR Guide→输入关键词→搜索
19、Help→manuals→1D\\2D step-by-step basic多利用资源自学。 十五、T1、T2的测定
1、1H的T1 的测定(做二维时也需要控温)
(1)做一个一维H谱(目的是看看①匀场好不好②有没有合适的谱宽和O1P) New→getprosol→lock→atma;topshim;NS=1;DS=0;rga;zg→efp;apk (2)输入命令Iexpno:完全拷贝当前实验的所有参数,只是实验号加1,目的
是为了谱宽和O1P都不变。 (3)进入采样参数栏,将zg30改为t1ir(实际是假二维)→点 12↓ 图标(目的是将其改为二维),弹出对话框,点OK→到脉冲参数里面看采样参数:NS=8*N(此参数设置是实验的关键),DS=4,FnMODE 选undefined→TD(f1:变换等待时间,一般给10即可;f265536),SW(F2:氢谱的谱宽,不变;F1不用管)→点击左侧LIST,找到VDLIST,自己定义一个VDLIST,edit(填十个点,这是个点必须包含在弛豫时间内,前面的点密集些,后面的点系数些,如0.01,0.02,0.05,0.1,0.4,0.8,1,3,5,10)其中最大值的确定是关键,要保证做出来的曲线变化要么是向上的一个平台,要么是向下的一个平台。设置好后保存→回到与脉冲相关的参数上,D1(S)=10,D1值必须要大于或者等于VDLIST中设置的最大值,设置好VDLIST后→rga;zg (4)数据处理
更改处理参数(procpars)SI{F1的一定是偶数,如16,其中SI(F1) >TD(F1); SI(F2) >TD(F2);}→输入命令xf2(表示只对f2做傅里叶变换)→点击相位调节图标,将十字线放在最下方,点鼠标右键选ADD(只需选一个点)→点R图标:出现氢谱,只需调节好氢谱的相位→保存,退出→返回处理参数propars中,将F2维中的PH_mod改为PK→点Analysis中的“T1/T2”图标,进入右侧界面→点第一个图标“折线FID”,弹出对话框,选spectrum,弹出下一个对话框,slice,number=1,ok→点第二个图标peaks ranges:弹出对话框,选manual integration,弹出另一对话框,点ok,进入积分模式,选择峰并进行积分→积分后点击“带A的保存”图标,选第三个选项Export regions to relaxation module and ret→点第三个图标:relaxtion,widows①fiting funtion uxnmrt1②listfile name:vdlist③点数是前面设置的点数10,检查以上三项无误后输入ok,点击“》》”图标,全部点拟合曲线→查看拟合曲线→输入plot命令→点击T1/T2,拉动左键。 2、1H的T2的测定(自选回波)
(1)做一个一维H谱(目的是看看①匀场好不好②有没有合适的谱宽和O1P) New→getprosol→lock→atma;topshim;NS=1;DS=0;rga;zg→efp;apk (2)输入命令Iexpno:完全拷贝当前实验的所有参数,只是实验号加1,目的
是为了谱宽和O1P都不变。 12↓ (3)修改脉冲程序,改为cpmg,将一维模式改为二维模式。 (4)在与脉冲相关的参数里面查看NS、DS、Fnmode的定义
(5)修改NS=8*N,DS=16,TD(F2=65536,F1=10),Fnmode:Nodefined,SW不变。 (6)在LIST中,编辑VIDLIST(表示的是循环次数)表,如:
2,10,20,50,100,200,300,500,750,?(最后一个值的确定根据D2O来计算,是关键),单个循环时间=2D2O+P180→保存。 (7)回到采样参数中,查看和脉冲系列相关的参数,D2O稍微大于50*P2(注意单位换算),D1值的设定,表示弛豫的恢复时间,与T1有关,D1>5T1,本例中D1=10s;测T2实验中的关键参数有:①D2O②NS、DS③TDS1维④VVLIST的设定,最后一个循环次数由D2O决定。
(8)rga;zg
(9)谱图处理(与T1的处理过程类似,唯一区别是拟合出来的是循环的次数) 更改处理参数(procpars)SI{F1的一定是偶数,如16,其中SI(F1) >TD(F1); SI(F2) >TD(F2);}→输入命令xf2(表示只对f2做傅里叶变换)→点击相位调节图标,将十字线放在最下方,点鼠标右键选ADD(只需选一个点)→点R图标:出现氢谱,只需调节好氢谱的相位→保存,退出→返回处理参数propars中,将F2维中的PH_mod改为PK→点Analysis中的“T1/T2”图标,进入右侧界面→点第一个图标“折线FID”,弹出对话框,选spectrum,弹出下一个对话框,slice,number=1,ok→点第二个图标peaks ranges:弹出对话框,选manual integration,弹出另一对话框,点ok,进入积分模式,选择峰并进行积分→积分后点击“带A的保存”图标,选第三个选项Export regions to relaxation module and ret→点第三个图标:relaxtion,widows①fiting funtion uxnmrt1②listfile name:vclist③点数是前面设置的点数10,检查以上三项无误后输入ok,点击“》》”图标,全部点拟合曲线→查看拟合曲线→输入plot命令→点击T1/T2,拉动左键。
Notice:此时得到的T2不是真正意义上的T2,而是循环次数,因此T2的实际值计算公式为:如本例中得到的值为68.365,则T2的实际值=68.37*(2D2O+P180)=68.37*(2D2O+P2)=68.37*(2*0.00105+20.80*10-6S)=151ms,注意单位换算,P180即为P2。
C的T1的测定:脉冲系列选择tlirpg。 十六、如何设置命令的自动排列?
(1)输入set命令→Adiministration,勾上Enable automatic command
sppoling→ok (2)set→more preferences →status bar prefrences →change勾选需要显
示的栏目→Apply→ok→最下方空白处右击并将Acquisition bar on/off关掉状态栏,关掉后再打开。 十七、如何建立宏命令的图标?
(1)输入edmac命令,edmc编辑宏命令,edmac+空格+宏命令名称→输入①efp
②apk③.All④AbSN⑤ppf→点file工具栏保存→关闭 (2)在菜单栏(目标栏)点右键,选择Add user defined button →出现对话
框①Add/modify a button with text label(文本)②Add/modify a button with an anicon(图标) (3)Abs:自动积分;AbSn基线调整。 十八、H-P相关谱
(1)new →Acetone,标准实验名称:hmbcgpnd(nd表示在采样过程中对C13不去偶)
(2)更改参数:输入命令EDSP,将13C改为31P→Default→Save→Close。
(3)getprosol
(4)更改采样参数①sw(f1)=400;②ns=2*n,DS=16;③NUC1,f1改为31P;④O1P,O2P=-50;
更改与脉冲系列相关的参数:①CNST13:8.0000(BC,关键参数)②凡是带梯度的实验,异核相关相关要设好核的梯度场,输入gradratio(改核后再修改)→弹出对话框,显示三个数值,依次填入梯度场中的参数设置中。 (5)lock:acetone
(6)atma;topshim;rga;zg (7)输入xfb处理,dev32
(8)当右侧谱宽出现几万的值的时候,输入sref,回车,close,close。 (9)定标
Notice:Nucleus1中的nucl的OFF改为所要做的杂核。 十九、变温实验
(1)50℃以下,用塑料转子即可,若大于50℃时,要用陶瓷转子,做高温变温实验时,气流量要设置的大一些,并用惰性气体保护线圈。①气流量要大②陶瓷转子③用惰性气体保护线圈。(若气流量太小,会导致样品管底部温度与上部温度不一致,导致梯度气流量大,等待时间也短。) 放样品→先锁场,锁好场后调大气流量,调到气流量脱锁时,再将气流量调小到能锁场即可。
高温实验:温度不能达到或者超过溶剂的沸点,最高温度要低于溶剂沸点的10~20℃,加热功率值建议调到7%左右。
(2)低温实验①在将铜管插入低温杜瓦之前,先将铜管连接探头与高纯氦,要用高纯氦吹十分钟左右,再迅速将铜管插入液氮杜瓦瓶中。 ②夏天的时候需要把气流量开大些。
(3)输入命令edte(温度控制),probuheater加热功率值建议3%~5%。高温和低温实验都要求气流量大及加热功率要大。Gas flow:常温控温,建议400;其他控温,建议500;
BCU:低温附近;self tune:①温度设好②加热功率设好。 二十、锁场锁不上的原因 ①选错溶剂
②锁线很粗:溶剂高度太低或者正常关机开机一次。 ③弛豫试剂加多了。
下方状态栏,POWCHK:自检功能;spooler:命令的自动排列;BSMST匀场线圈温度。
二十一:如何开关POECHK:(做cf的时候可以打开或者关闭)
二十二、cf计算机与机柜之间的通讯是否顺畅?(关机后开机需要做一次CF) 输入命令Cf→输入密码bruker→edit→next(有异常情况可以拷贝给工程师)→next;security,enable peak power check(POWCHK)后的方框打钩。→next→restore,save,next→amplifier功放,对应三块,X150W,H60W,2H20W,检查连线是否正确,save→next①expinstall:安装标准实验,标准脉冲系列②edsolv:编辑溶剂后save③edhead更换探头后要做,保证连线正常。④edprosol⑤edlock⑥edscon不能更改。→finish 二十三、添加溶剂
(1)输入命令edsolv→编辑溶剂信息→ok
(2)edlock,找一个最接近的选中,点击new solven图标,选(1)中所填的溶剂,ok。
(3)添加distance,在其他溶剂中加所要添加的溶剂,读取化学位移,适当地增大lock power。 二十四、icon的使用
1、输入icon命令:routine spectroscopy:可以进行一步一步的操作;Automation:自动进样器;ToolBox生物大分子;configuration设置 Configuration:user settings:设定新用户,可进行权限的设置,如可以进行哪些实验,能改哪些参数。
Automation自动进样器相关的。Accounting:统计实验数目及实验时间。 (1)建立新用户:在Additional users中建立,建立好后再退出,重新打开后点save即可激活,将鼠标放在用户上即可对其进行设置。右边列表即可限定用户可以做哪些实验、修改、删除、更改顺序。N:单一实验;C:组合实验。Experiment list(组合实验要针对二维实验,若有活泼H尽量避免做组合实验,适合做单一实验。
输入命令wpar可以建立标准实验,存在user的路径下。
(2)permissions用户权限设置:将priotity(优先权)打钩即可插队。 Archive Data数据备份;Exit(Icon NMR)退出并输入密码;Originator:对用户进行分类。Manual lock/shim:是否可以手动操作;print spectrum (3)Data set Names, data Directorise (4)othersettings (5)Automation
Master switches:manunal Inject/Eject,手动自动进样,holder设为1; Enject last sample in queue:是否弹出最后一个样品。
(6)lock/shim options,solvent/probe dependcies:每一次用ICON 之前需要用匀场文件,直接拷贝。
(7)在parameters中可以更改所有参数,ICON界面 (8)批处理