查工作领域，行政裁量权滥用的负面效应主要表现在以下几个方面。
1．影响我国在国际社会形象。如前所述，出入境边防检查机关担负着处理口岸、边境涉外事务的职能。这些事务涉及国家与国家之间、政府与政府之间的关系，常常十分敏感和复杂，能否很好地得到解决有时直接影响我国与周边国家的关系。因此，出入境边防检查机关行政自由裁量权使用不仅要规范、合法，而且还要符合我国的外交政策及有关的国际惯例。在处理涉外事务的过程中，任何一个小的失误都有可能导致国际争端，一些国家经常以人权为借口，对我国进行攻击挑衅，边检机关对外国人进行处罚，如办理口岸签证、阻止入境、遣送出境、逾期居留罚款等问题行政权行使不当都会给西方国家留下把柄，影响国际关系，损害我国的国际声誉。
2．侵犯行政相对人的合法权益。出入境边防检查机关作为公安机关的职能机构，其行政权力的行使是由国家强制力予以保障的。出入境边防检查机关行使行政处罚自由裁量权无需征得相对人同意，边检行政处罚自由裁量权行使不当，不可避免会给公民、法人或其他组织的合法权益造成一定的损害，或加重其法定义务，使行政相对人所享有的各项权利无法转化为可实际操作运用的实际权利，双方处于一种不平等的对立地位。尤其是在全国边检机关大力开展提高边检服务水平工作的今天，滥用行政处罚自由裁量权背离了全心全意为人民服务的宗旨，难以实现边防检查法律法规保护出入境人员合法权益的目的。
3．降低行政效率。行政主体不恰当的行使自由裁量权时，会违背法定的程序，造成重复审批、反复研究等事半功倍的不利后果，会导致相对人的权利、义务处于不确定的状态，严重影响行政管理的有效进行，会导致行政行为的随意性及“人治”因素，失去行政行为的统一性和严肃性，不可避免的出现官僚主义、拖拉作风，影响了行政主体正常的工作秩序，从而大大降低其行政效率。
4．影响口岸出入境秩序。边检机关滥用行政处罚自由裁量权，处理问题随意，相同情况不同对待，必然会出现一些不公正的处罚，会引起群众对边检机关的不满和不信任，甚至产生对立抵触情绪，不配合边检机关的日常管理，导致违法行为增多，极大地削弱了边防检查机关的执法公信力，如果被别有用心的人员煽动利用，不但会影响正常出入境秩序，也为广大旅客的通关安全埋下了隐患。
5．容易滋生腐败。在现在社会大背景下，一些政府职能部门和工作人员的思想
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意识出现了偏差，当这种意识与利益、诱惑碰撞在一起就容易导致权力意识异化，把人民赋予的权力当作满足私欲的工具，或多或少的带有一定的主观性，这样法律法规对自由裁量权规定的条款弹性越大，行政人员利用自由裁量权谋取私利的可能性越大，在工作中就会出现滥用职权、假公济私、武断专横等腐败现象。由于自由裁量权是在法律规定的范围内运行，在这个过程中一线边检执法人员可能钻法律空子，投机钻营，进行权钱交易以谋取私利，比如个别边检工作人员利用手中的职权，本来应当对违法行为人给予行政拘留的处罚，在收受其亲友的“好处费”之后，将处罚降格为罚款或者警告。导致形似合法实为非法的腐败愈来愈多，严重损害了国家行政机关的形象，败坏了社会风气。实践中，腐败行为是个别的，但是带来的恶劣影响却是广泛的。
（三）边检机关行政执法自由裁量权行使不当或被滥用的原因分析
1．相关法律法规滞后，执法依据不完善。出入境法律法规的逐步建立源于我国改革开放后不断出现的新情况和新形势，大部分制订于20世纪80年代。随着改革开放的不断深入，中外交流的不断增多，以及我国法治化进程的不断加快，使得现行的出入境法律法规在实践中逐步出现一些问题，甚至造成了法规之间的冲突，降低了执法效果。如《立法法》规定只有人大立法才能限制人身自由，但《出入境边防检查条例》、《中国公民因私往来港澳暂行管理办法》等国务院行政法规中有不少限制人身自由的条款。我国出入境管理所遵循的法律依据繁多，边防检查行政执法人员的执法依据不明确、不统一，对于边防检查机关的行政行为，有些法律、法规只做出一些较为原则的规定，使得边检机关在做出具体行政行为时有了过大的自由裁量余地，而且我国原则上只审查具体行政行为的合法性，而不审查行政行为的合理性，这就使得许多滥用行政自由裁量权的行为得不到有效地司