有可能赔偿机关与补偿机关不相同，但都是由国家承担责任。从维护行政机关的公信力，解决纠纷的实质问题，减少当事人诉累的角度考虑，还是给予补偿更为有利。
此外，还应注意以下问题：（1）企事业单位在计划经济时期或者改革开放初期（即90年代初期以前）违法违章所建的房屋，事后分配给其职工居住。虽然这类房屋的合法性存在一定的问题，但当时分配给职工时，是该职工应当享受的国家福利，房屋的合法性与职工个人应当享受的权利之间没有法律上的关系，作为职工不应当承担违法违章建筑的法律后果。因此，对此类情况应当给予职工适当的补偿。（2）行政机关征用农村集体土地之后，被征用土地上的原农村居民对房屋仍享有所有权，房屋所在地已被纳入城市规划区的，在《国有土地上房屋征收与补偿条例》施行以前（即2011年1月21日以前），可以参照《城市房屋拆迁管理条例》的补偿方式和标准进行安置补偿；在其施行之后，可以参照该条例的补偿方式和标准进行安置补偿。但是，需要注意的是，我国少数城市地方性法规规定征收集体土地上房屋的标准和安置标准高于国有土地上房屋的征收补偿和安置标准。为了充分保护行政相对人的合法权益，有关补偿和安置标准的问题，应当按照“就高不就低”的原则掌握。
六、违法建筑涉及的其他问题
（一）违法建筑的买卖合同是否有效？
按照违法性程度来分类，违法建筑有“程序违建”和“实质违建”两种，所谓程序违建是指并未违反城市规划，只是没有办理合法的审批手续的违建，故程序违建一般可以通过补办手续使其成为合法建筑。而实质违建是指实质性违背了城市规划和土地管理的规定，无法通过补办手续的方式来纠正其违法性。那么，程序违建和实质违建在认定合同效力方面有没有什么区别呢？
让我们从最高法院的判例，看看到底应该如何认定违法建筑买卖合同的法律效力。
【案例】
甘肃青旅系共青团甘肃省委员会（以下简称团省委）下属全民所有制企业，注册资金375万元，均由团省委出资。2008年11月28日，甘肃青旅作为抵押人及卖方、林嘉锋和陈国良作为买方、兰州市安宁区农村信用合作联社十里店信用社（以下简称信用社）作为抵押权人签订了《房地产买卖合同》，约定甘肃青旅将位于甘肃省兰州市白银路201号（95-97号）的建设用地使用权453.25平方米（规划用途为商铺、宾馆，土地使用年限自1996年1月1日至2036年12月31日）以及地上建筑物3316.98平方米（包括一层商铺及二至九层全部楼房，面积经双方实地丈量确认，其中合法建筑面积为2491.1平方米，其余为违章加盖部分）全部转让给林嘉锋、陈国良。上述房
产中，合法建筑面积为2491.1平方米已经由甘肃青旅将抵押给信用社，并办理《房屋他项权证》，该建筑物的电梯同时抵押，共计贷款545万元（已经偿还了5万元本金）。林嘉锋、陈国良购买该房地产的房价款总额为1010万元。各方约定：办理该房地产买卖合同的产权过户时所涉及的相关费用由甘肃青旅全部承担，信用社可在共管帐户上自动扣除所有贷款本息。同时，三方还对付款方式及期限、逾期付款的违约责任、物业的交付、逾期交房的违约责任、保证条款及产权过户登记等事项进行了约定。
因在合同的履行过程中买卖双方发生纠纷，2009年9月，林嘉锋、陈国良向兰州仲裁委员会申请仲裁，请求甘肃青旅履行合同，交付房产并办理过户手续。甘肃青旅提出了反申请，要求确认《房地产买卖合同》无效。2010年10月15日，经仲裁庭主持调解，三方当事人最终达成如下调解协议：一、林嘉锋、陈国良购买的一层商铺及二至九层全部楼房，楼内所有办公物品（无偿）随楼房所有权一并转让给林嘉锋、陈国良，楼前、后院的使用权归林嘉锋、陈国良所有。二、全部房、地价款总额为1270万元。各方签收仲裁调解书后，林嘉锋、陈国良应在十五个工作日内向甘肃青旅支付。
但上述调解生效后，甘肃青旅仍拒绝履行。2010年11月26日，林嘉锋、陈国良向一审法院提出强制执行申请，2011年1月13日，甘肃省纪委第一监察室以防止国有资产流失为由，致函要求一审法院暂中止执行。2012年6月7日，一审法院作出（2012）兰法执字第143号执行裁定书，认为被执行人甘肃青旅为全民性质的国有企业，
所涉房屋系国有资产，为维护公共利益，防止国有资产流失，裁定对兰州仲裁委员会兰仲调字（2009）第50号仲裁调解书（以下简称50号调解书）不予执行。
甘肃青旅随即提起一审诉讼，以转让标的物为违章建筑且未依法履行国有资产的转让程序为由，要求确认合同无效，该请求得到了一审法院的支持。林嘉锋、陈国良不服一审判决，向二审法院提起上诉。二审法院经审理后驳回上诉、维持原判。
林嘉峰、陈国良不服二审判决，向最高人民法院申请再审。最高人民法院经再审认为：
（1）首先，案涉房产其他部分系合法建筑，加盖部分违法不应导致全部合同无效。其次，买卖违法建筑物的合同并非绝对无效。根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
本案中，双方在《房地产买卖合同》及其后的调解书中，均明确加盖部分已经过行政处罚，城乡规划主管部门并未要求限期拆除，该加盖部分应属于”尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的”保留使用建筑物，亦不应因此认定买卖合同无效。