尚可（砖木三等以上）的手续不全房屋，原则上应承认其产权，为其补办相关手续，而不给予责令“限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款”的处理。
（2）凡在《城市规划法》实施之后建造，手续不全，不拆尚不会造成“八个直接影响”，结构在砖木三等以上的房屋，如是住宅用房，应当允许其继续存在。可以通过改正达到补办手续标准的，应准予其改正并补办手续，而不给予责令“限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款”的处理。难以改正的，则维持现状，但必须要产权人具结保证遇有公共利益需要拆除的，原则上予以无偿拆除，但如果被拆除房屋的产权人、居住人住房确有困难的，按法律有关住房保障的规定解决安置问题。
（3）对在《城市规划法》实施之前建造的，手续不全并且不拆会造成“八个直接影响”的，原则上可以拆除，但要给予产权以补偿安置。这样做，主要是因为两点：一是执法时效问题，一幢房屋放在眼前，即使是违法，也有20年未予拆除，就如同刑事犯罪分子过了20年追诉期也不予追究刑事责任一样的原理。二是法不溯及既往。在《城市规划法》实施之前，我国没有法律规定对违法建筑予以无偿拆除的处罚。
（4）在《城市规划法》以后建造，手续不全且构成“八个直接影响”之一的房屋，无法通过自行改造达到无害标准的，均应认定为违法建筑而坚决予以拆除。如该房屋的建造人（持有人）属于住房困难户，则提供经济适用房或廉租房解决其住房困难。如果能通过自行
改造、整改，消除“八个直接影响”的，可以在批评教育并给予适当经济处罚的基础上，责令其补办相关手续后承认其房屋所有权。
(5)虽有合法手续，但构成侵害他人相邻权的房屋，不能由行政主管部门直接作违法房屋处理，应告知利害关系人依据《民法通则》第83条的规定，由人民法院通过庭审查明事实，依据《民法通则》和《物权法》的规定作出相应的判决，这就可能是改正，也可能是全部或部分判决拆除。对此，行政机关原则上是配合法院工作，协助执行法院的生效判决。争议本身仍是由法院依法处理。
（6）已取得全部建房手续，但办手续的过程中申请人存在违法行为，导致发证错误的，原发证机关一般应根据《行政许可法》的规定予以处罚，直至撤销、吊销已经作出的许可。是否拆除该违法房屋，则应看其是否违反规划且是否妨害公共利益和他人利益。如是行政许可机关的错误导致许可被撤销的，拆除违法建筑时要给予合理补偿。但如果该房屋对公共安全没有直接影响，原则上不宜翻旧账，不给予责令“限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款”的处理。
（7）对城市规划、交通、卫生、消防安全有严重影响且无法整改消除影响的违法建筑，应立即拆除；对违法建房出租、出卖者，视其违章情节，予以拆除或没收。各施工单位的临时设施，在施工完成后（或在临时设施期满后），应自行拆除，不得转让或改变用途；逾期不拆除者，处以罚款并强行拆除。
（8）凡私自协商租用农村土地，修建房屋或堆物作业影响生产和城市统一规划的违法建筑，应责令租用单位限期将土地归还农村；个别特殊情况如不违反规划用途并确需补征土地的，由占地单位及负责人作出书面检查，同时写出补征土地申请，送建设主管部门审查同意后，按国家基本建设征用土地有关规定，逐级上报批准。
（9）凡没有施工许可证而修建的房屋，若在建设过程中，城市建设管理部门曾发出书面停工、改工通知，但建设单位（或个人）拒不执行，构成违法建筑的既成事实，并对城市规划、市容、交通、消防安全等产生一定影响的，应予拆除。如果拆除损失较大，可由违建单位及其负责人（或私房主）作出书面检查后，视其情节，处以工程总造价一定比例罚款，暂缓到国家建设需要时无偿拆除。其占用土地应按规定加征土地使用税。如果该房屋系商品房项目，则应禁止其出售，防止其将违法风险转嫁给购房者。已出售的，应依法确认买房合同无效。如购房者明知该房系违法并禁止销售的房屋而坚持购买的，其权利不受法律保护。
（10）凡擅自占地修建的房屋，并属于建房资金、材料来源不符合规定，但暂时对城市规划、市容、交通、消防安全影响不大的，责令违法建设单位及其负责人或私房主作出书面检查，由城市规划部门将其确定为违法建筑后，暂不拆除，并由房管部门另案登记，待国家建设需要时无偿拆除。占用的土地应按规定加征土地使用税。
（11）单位或个人确因住房紧张，在自己的建设用地土地使用权范围内，未办理施工许可证，自行改变房屋结构、增搭附属设施，对
城市规划、市容、交通、消防安全不产生严重影响者，不能给予责令“限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款”的处理。违法建设的单位或个人应作出书面检查，并写出情况报告，交城乡规划部门审定后到建设主管部门补办施工许可手续，再到房屋管理部门进行产权登记后按照合法房屋对待。
（12）人行道、马路边搭建成售货亭（棚）等，若对城市规划、市容、交通、消防安全影响不大，由城市规划部门将其确定为违法建筑，暂不拆除，待城市建设需要时无偿拆除。
4、土地管理法与违法建筑
2004年修正的《土地管理法》对建筑用地管理特别是对违法用地而兴建的建筑物如何界定与处理作了较为系统的规定。
第64条规定，在土地利用总体规划制定前已建的不符合土地利用总体规划确定的用途的建筑物、建筑物，不得重建、扩建。，第76条规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。