医学本身的进展中也充满了科学与伦理间的矛盾。表现在某时某事从科学上的要求是严格的，正确的，且满足了科学的要求，但从伦理上却行不通，甚至从人道主义上是残酷的；某时某事在科学上是合格的，但在伦理上是不合理的，于是在医学上是不合法的。比如，器官移植中存在的第一个大问题是器官短缺。科学上要解决这个问题，是将人基因移植到猪的身上，因为猪的基因与人更相似，而且长得快，10个月就可利用，成为“转基因器官”的第一侯选动物，这在科学上是合适的。但若将猪的器官移植到人身上，岂不成“人面猪脑”或“人面兽心”了吗？这在伦理上是通不过的。器官移植存在的第二个大问题是免疫排斥反应。为了克服这个问题，近年国内外都在开展具有亲缘关系的部分活体移植术，比如进行父子之间的小肠移植，将父亲的部分小肠移植给子女，那么接受移植后的受者与其兄弟姐妹是什么关系呢？他是否成了父亲或叔叔，他的子女是父亲的儿女或是孙辈。又比如，国外有一个男性先后接受过4个人的不同器官的移植，那么对他的妻子来说，这个人还是不是他原来完整的丈夫。如果移植的是别人的生殖器官，那这个女人是否遭到别人强奸呢？这在科学上是做得到的，但在伦理上是不可用或不好用的。同理，这在人工授精出现的“生物父亲”或“代理母亲”，也有类似的伦理问题。又比如，接受异体手移植的受者，当他用移植手偷盗或者杀害别人时，你能判断究竟是谁在犯罪呢？是供者还是受者呢？
大家都希望长寿，但人体正常细胞由于端粒酶有限，到一定状况时细胞就停止分裂。肿瘤因有丰足的端粒酶可使端粒不断加长而使细胞不断分裂。能否将正常细胞的端粒控制机制引入癌细胞来治疗肿瘤或将癌细胞的端粒加长机制引入正常细胞使人长生不老呢？这在科学上是完全做得到的，但医学论理上是不行的，因为有可能使正常人长出肿瘤来。
还可举出很多类似的例子，有很多事作为科学，甚至生命科学的研究是可行的，但就医学的要求是不行的。因此，做医生难、做杰出医生更难。他们的创新要受到伦理的影响，要受到伦理委员会严格限制，这种限制几乎到了苛刻的程度，同时他们还要受到国家药审或法律的影响，甚至受到宗教神学的影响。他们不能像科学家一样想干什么就可以干什么，而且干成什么。科学家对人有益的他们可干，对人（当然是敌人）不利、有害、甚是灭顶之灾的事他们也在干，比如制造原子弹。又比如，二战中日本为了制造细菌武器，拿中国活人做实验。医学和医生必须实行人道主义，而科学家可以选择实行革命的人道主义，什么是革命的人道主义，就是最大限度保护自己，最大可能杀伤敌人，将敌人的命都革了嘛！ 十七、理论与实践
理论与实践的相互结合是医学发展不可或缺的环节，也是医学实践必须经历的过程。医学实践的进行必须有正确的理论来指导，而理论的正确必须由实践来检验。医学特别强调实践，可以说比任何一门科学都强调实践的重要性。医学理论是从临床实践中抽像出来形成的，它代表人体的基本规律，可以用来指导实践，且具有普遍意义。但是，医学理论对医学实践决不是通通有效的。医学的难度通常表现在那些偏离这些基本规律的个体或疾病的诊断处理，这也会时常暴露出临床医生水平的差异。观察和掌握一般规律，我们可以用之形成共识或指南。但后者只是基本要求或常识，只是对一般基层医生或一线的青年医生有用。但到大医院来就诊一般是小医院或年青医生已用通用指南治过而没治好的，也就是经过指南治疗筛选出来的病例，如果我们还用一般的指南去重复治疗，肯定效果不好。这些病例是指南以外的，我们可称其例外的病例，也是最容易发生意外的病例，
这就需要我们用更加高级的实验尝试和独道经验去解决病人的问题，继之再形成新的指南，更适合疑难病人的指南，然后加以推广。为何资深医生遇到的例外少，发生的意外少呢?因为他们经历多、实践多，所见病人的诊治也就在意料之中。 另外，基础医学成果一定要向临床应用方向走，临床遇到的问题要放到基础研究中去，这就叫转化医学，但是转化医学搞了十七年,美国人总结“进展缓慢，收效甚微”。所以这不是一件小事，也不是一件易事，理论究竟怎么向临床这个方向走，哪些理论已经成熟可以走了，哪些还不成熟，还需孵化，研究这些问题确实是一篇大文章。
理论是共同认识，实践能取得经验，怎么把认识变成经验？研究理论是因为我们对事物的本质不了解，是因为我们无知，发现本质形成理论称为已知，但已知是局限的，也不一定有用，只有将理论与实践相结合，才能真正去探寻未知，才能在病人面前说明道理，找到治病的良方。
理论与实践相当于两个圈，把两个圈相交，二者重叠越多，提示理论越正确，实践越有效。就某个药品对某类疾病的治疗效果，用什么方式最为可靠，目前我们还是有效+自愈+无效/异质+异体，将来应该是有效/异质+异体，意即找到病人中的适应证，这是未来临床研究的最高境界。该公式分母中的异体性为同一群体中不同个体的情况不同，异质性指同一个体对疾病治疗的反应与别的个体不同。要解决上述复杂的问题，需要的是理论与实践的紧密结合，并不断推进,螺旋上升。正确的理论只是现在的认识水平，需经过不断的实践，最后理论才能与真理更靠近。
以上谈了医学与科学的不同，其实还不止这17个方面，比如，还有表像与实质、治愈与自愈……等。我不打算照此这样总结下去，也不打算继续分析下去。我必须就此打住，因为这是一个总结不尽、分析不完的问题。如果你支持我的观点，你还可以依此作些努力，向广度进军，争取横向到边。如果你反对我的观点，你也可以就此作些努力，向深度发力，争取纵深到底。因为问题越辨越清，道理越说越明。到头来你会发觉我们原来战斗在同一条战线上，最终的结果一定是果不其然。
列举前面17个方面，我的本意不是想一言以概之曰：医学不是科学。一因国人通常把“科学”二字当真理来解，说医学不是科学，就似医学不是真理，而是谬论，甚则邪说。这不仅我自己难以说服自己，而且必将成为众矢之敌，甚被万炮齐轰，还是收敛一点，保守一点为佳；二因医学中包含了大量科学或科学的元素，比如物理的、化学的、数学的，生物的……。所以，说医学不是科学，一是我不愿、二是我不敢、三是我不能。
但要说医学就是科学，这是我坚决反对的。科学的巨大进步，把科学推上了至高无上的地位，导致了科学主义的出现，于是乎什么学科都把自己往科学上靠，似乎一戴上科学的帽子，就会更接近真理，就会名正而言顺。但医学自从戴上科学的帽子后，其实好多问题不仅解决不了，反而导致医学与人的疏离，甚至越来越远。“医学就是科学”，尽管它已成为当下大众的普识，也是近百年来一次又一次，一步又一步，逐渐形成并锁定的习惯性概念。正是这种普识与概念，导致时下医学实践出现了难堪的现状：我们不仅在用科学的理论解释医学，用科学的方法研究医学、用科学的标准要求医学、也是在用科学的规律传承医学。最终的