\\
Table#S2.#qPCR#primers#used#for#quality#control#of#each#amplification.\amplified\of\the\PCR\products\span\from\~50bp\to\~400bp\to\give\a\comprehensive\examination\
#
chromsome(chr1%%chr2%%chr3%%chr5%%chr8%%chr12%%chr16%%chr22%%%primer(forward%primer%reverse%primer%forward%primer%reverse%primer%forward%primer%reverse%primer%forward%primer%reverse%primer%forward%primer%reverse%primer%forward%primer%reverse%primer%forward%primer%reverse%primer%forward%primer%reverse%primer%sequence(TTTGATGGAGAAATCCGAGG%CTGACTCGGAGAGCAGGAC%GTGGAGTGGGCCTGGTTTAGATaATTACCAACTGCCCGGAGAC%AGGCTGCTTGACACTTTGAGGA%TAGCATTGAAGGTGTGCCTTGC%CTTGCACCAGAATTGCACTGAA%GATGTCAATTCTCCCCAGACTGA%TAGAGCAGGCGGCATGACTAAT%AGCTCCACTCTTGAACGGGAAT%CGCTCCTGCCCTTACCTCTATCaACCCGGGAGAAGGAGTATCA?GGAGTCGTCTCTGATGTATT%TTTTGTGTTTTTCATGACATTGA%CTGCCAGCCCAATGTTTGTACT%GGAAGGAAATGAGGCTTCAACC%PCR(product(length(150%72%d%S% 8%Y%9%S%%\\#
#
\
31\of\33\
Table#S3.#Summary#of#data#from#single#HUVECs#(HU)#and#HTP29#cells#(HT)##
Sample'HU#eMDA1)HU#eMDA2)HU#eMDA3)HU#eMDA4)HU#eMDA5)HU#eMDA6)HU#eMDA7)HU#eMDA8)HU#eMDA9)HU#eMDA10)HU#MAL1)HU#MAL2)HU#MDA)HU#bulk)HT#eMDA1)HT#eMDA2)HT#eMDA3)HT#eMDA4)HT#eMDA5)HT#eMDA6)HT#eMDA7)HT#eMDA8)HT#eMDA9)HT#DOP1)HT#DOP2)HT#MAL1)HT#MAL2)HT#MDA1)HT#MDA2)HT#bulk)1 2
Unique'coverage'(Gb)'1'
2.03)1.73)0.12)1.22)0.20)0.13)0.15)0.17)1.17)0.02)1.83)0.09)1.97)2.73)0.55)0.36)0.54)0.73)0.16)0.19)0.14)0.15)0.18)0.32)0.30)0.45)0.46)0.34)0.36)0.66)Mean'depth2'19.71)8.38)1.29)5.13)1.35)1.41)1.39)1.42)4.41)1.02)17.42)1.11)22.32)13.87)1.59)1.50)1.71)1.70)1.16)1.20)1.15)1.18)1.18)1.72)1.60)2.12)2.05)1.88)1.71)1.41)Reads'type'
100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)50x1)100x2)50x1)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)75x2)75x2)75x2)75x2)75x2)100X2)100X2)100X2)100X2)100X2)100X2)100x2)Device3'1)1)1)1)1)1)1)1)1)1)#)#)#)#)2)2)2)2)2)2)2)2)2)#)#)#)#)#)#)#)Bases covered by the uniquely mapped reads.
Calculated as the sequencing depth in the covered region. 3
The droplet generation device. 1: Home made PDMS chip; 2: Glass chip made by Dolomite.
#\
\
\
32\of\33\
#
Table#S4.#Summary#of#exome#sequencing#data#from#single#HTP29#cells#(HT)#using#various#WGA#methods###Sample'HT#eMDA1.e)HT#eMDA2.e)HT#eMDA3.e)HT#eMDA4.e)HT#eMDA5.e)HT#eMDA6.e)HT#eMDA7.e)HT#eMDA8.e)HT#eMDA9.e)HT#DOP1.e)HT#DOP2.e)HT#MAL1.e)HT#MAL2.e)HT#MDA1.e)HT#MDA2.e)HT#bulk.e)
\
1 2
Unique'coverage'(Gb)1'0.44)0.37)0.46)0.65)0.56)0.45)0.53)0.82)0.82)0.23)0.25)0.41)0.34)0.27)0.45)0.55)
Mean'depth2'12.88)10.39)14.35)12.27)10.51)10.98)12.37)13.01)11.60)11.84)11.09)27.13)17.96)12.07)13.60)8.78)
Enrich'region'coverage(M)3'
43.90)42.23)40.35)45.58)48.05)47.07)45.78)46.60)47.14)20.58)23.14)40.73)38.21)33.23)41.25)50.05)
Enrich'Region'Mean'Depth4'
75.92)51.64)94.40)96.84)70.01)61.34)82.37)126.49)111.39)77.10)68.92)175.26)103.36)53.66)83.65)55.68)
Reads'Type'100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)100x2)
Bases covered by the uniquely mapped reads.
Calculated as the sequencing depth in the covered region. 3
Coverage of the regions that shall be enriched by exome-capture reagent kit. 4
Calculated as the sequencing depth in the covered bases in the regions that shall be enriched by exome-capture reagent kit.
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Reference:#
1. Navin\et$al.\Nature\
94.\
2. Gole\et$al.\
cells\Nat$Biotechnol\
33\of\33\
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