?, ..., ?)）中抽样的。有这个更新的基本原理是当?很小时，它可能改进混合，通过使个体在群体之间跳跃更容易。Metropolis-Hastings移动在每次METROFREQ迭代中使用一次。如果METROFREQ被调整到0，则它从未被使用。
REPORTHITRATE (布尔值) 报告q(i)的Metropolis更新的接受速率（见METROFREQ）。
7.4 命令行转换成参数值
为了简化批运行以及使涉及结构的模拟更容易，我们已经增加了命令行标签（flag），更新某些参数的值，覆盖在mainparams里设置的值。这些如下：
-m（mainparams） 读取一个不同的参数输入文件而不是mainparams。 -e（extraparams） 读取一个不同的参数输入文件而不是extraparams。
-s（stratparams） 读取一个不同的参数输入文件而不是stratparams。（供姊妹程序STRAT使用，用于关联作图）
-K（MAXPOPS） 改变群体的数目。 -L（NUMLOCI） 改变位点的数目。 -N（NUMINDS） 改变个体的数目。
-i （输入文件） 从一个不同的输入文件中读取数据。 -o（输出文件） 把结果打印到一个不同的输出文件。
-D（SEED） 使用值SEED初始化随机数的产生。注意使用这个选项时那RANDOMIZE MUST必须被设置为0。）
因此，为了覆盖预设参数值之一，我们调用Structure然后使用相关的标签，继之以的新参数值。标签和新值用空格隔开。标签可以按任意顺序使用。
例如，为了把假定的群体数目改为5，并且把输出指向一个名称为output5的文件，我们可以调用Structure如下： ./structure -K 5 -o output5
8 前端
这个部分提供一些一般的指导，以及关于使用前端的一点建议。一般的主题在上面讨论
了，你可以通过查看第7节得到关于各种参数选项的详细资料。
8.1 下载和安装。
首先，从网页中下载合适的程序文件。对于不同的平台有单独的版本（目前有Windows，Sun，Linux和Mac OS X）。
Windows文件是一个可执行的安装文件。双击图标开始安装。将引导你进行安装。通过双击Structure图标运行程序。
在Unix或者苹果机系统上，把文件放进一个临时文件夹。然后，解压缩该文件（―gzip –dc <文件名> | tar xvf - ‖），这里<文件名>是下载的文件的名字。通过键入―./install‖来运行安装脚本。安装成功以后，将创建一个Structure开始脚本，这个脚本也可以移动到程序的一个标准文件夹中，例如，/usr/local/bin/。为了启动前端，仅仅执行这个开始脚本就可以了。
除了Windows OS，我们不再与Structure软件包一起发布Java虚拟机（从Structure 2.2 版开始）。安装Structure之前需要由Sun Microsystem开发的一种Java运行期环境（Java Runtime Environment，JRE，版本>1.5.0）。与各种操作系统的兼容的JRE可以免费从 http://www.java.com/download下载。在那个网站上可以找到JRE的安装指导。
图1：该例子显示一个项目的组成部分。项目数据（Project Data）是数据文件；项目信息（Project Information）指定数据文件格式。模拟摘要（Simulation Summary）作为这个项目的一部分运行的全部MCMC模拟的摘要。参数集（Parameter Sets）由使用不同的参数设置的3组MCMC运行组成：ps1，ps2，ps3；这些中的每一个显示设置（Settings），以及一个利用这些参数值运行的完成的MCMC的结果的列表。用户可以点击任何这些来查看细节。
8.2 概述
前端把数据分析组织到“项目”里。每个项目连接到一个单个的数据文件。当创建一个项目时，用户也提供信息，确切说明怎样读取数据文件（位点的数目，个体的数目，等等）。 这些是数据文件的特征，并且在这个项目内总是相同的。
每个项目也包含一或更多个“参数集”。这些允许用户指定MCMC运行的细节，包括重复的次数，老化（burnin）长度，等等，也指定分析的模型（例如，是否允许混合，等位基因频率的模型，等等）。然后用户可以在K的选定值上对一个给定的参数集运行Markov链。图1显示了一个称为“popdata”的项目的组成部分的例子。
程序然后可以使用这些参数值被运行。前端储存结果的各种各样的归纳，包括许多图表，在下面描述。
8.3 建立项目
首先你需要建立一个输入文件。这在第2节介绍了。
现在，点击File（文件） ? New Project（新项目）。这打开一个向导来导入数据（图2）。数据被从指定的输入文件复制到为项目选择的工作目录中。
该向导由4个框组成：
1. 指定项目目录，项目名称和输入数据文件（图2）
2. 指定数据文件的基本特性（个体的数目，数据的倍性（对二倍体生物体键入‘2’），
位点的数目，用来表明漏缺数据的值。点击，―Show data file format‖来获得数据文件里的长度和行数的摘要（图3）。
图2：导入数据（第1步）。用户为项目指定目录（这里为数据），项目目录的名字（样本项目；这是在数据内的一个目录），以及要被程序样本数据读取的数据文件。
3. （Rows（行））指定（如果有的话）存在哪些可选的行数据：标记名称行；标记间
距离的行；以及每个体之后的一个连锁相数据行。如果每个个体的数据储存在单个行内，而不是按照标准格式每个个体二行的话，还要点击“single line”。 4. （Columns（列））指定有哪些可选的列数据：个体的身份证明（标签）；来源的
群体（POPDATA）；USEPOPINFO标签（flag——说明当使用先验的群体信息模型时为某些个体使用POPDATA信息的标签；表现型数据（用于关联作图（Pritchard et al., 2000b））；应该被Structure忽略的基因型数据之前的其他额外的数据列。 当你已经完成这些步骤时，你将得到数据格式的一个摘要；如果这看起来是正确的，则点击“proceed”。程序现在将试图加载数据文件并且创建新项目（图4）。