1、前处理
分离纯化某一蛋白质，首先要将蛋白质从原来的组织或者细胞中以溶解 的状态释放出来，并保持原来的天然状态，不丢失生物活性。
动物材料：剔除结缔组织及脂肪组织 种子材料：去壳、去种皮、脱脂
破细胞
动物组织或细胞：电动捣碎机、匀浆器、超声波处理
植物组织和细胞：存在细胞壁（纤维素、果胶等），利用石英砂、玻璃粉
以及适当的提取液研磨，或用纤维素酶处理 细菌细胞： 超声震荡、研磨、溶菌酶处理
如果目的蛋白质集中在某一细胞器中，如细胞核、染色体、核糖体、可 溶性细胞质等，则可以采用差速离心的方法对相应的细胞组分进行富集。
不同离心场下沉降的细胞组分
相对离心场（g）
1000 4000 15 000 30 000 100 000
时间（min）
5 10 20 30 3 – 10（h）
沉降的组分 真核细胞
叶绿体、细胞碎片、细胞核
线粒体、细菌 溶酶体、细菌细胞碎片
核糖体
相对离心场（Relative Centrifugal Field, RCF），以重力加速度g（980.66 cm/s ） 的倍数表示。
RCF =
2 (r/min) 4 ???
2
3600 x 980
2
= 11.19 x 10 (r/min)
-5 2
其中：离心机转数为（r/min）
·r
·r
r为平均半径，以cm为单位，指离心机旋转轴到离心管中间的距离
2、粗分级分离
粗分级分离（Rough Fractionation）：
当蛋白质提取液获得以后，选用一套适当的方法，将所要 的蛋白质与其他杂蛋白分离开来。
常用方法：盐析、等电点沉淀、有机溶剂分级分离等
特点：简便、处理量大，既能除去大量杂质，又能浓缩蛋白质溶液。 蛋白质溶液浓缩方法：超过滤、凝胶过滤、冷冻真空干燥、聚乙二醇，等
3、细分级分离
细分级分离（Fine Fractionation）：
样品经过粗分级分离后，一般体积较小，杂蛋白大部分已 被除去，需要对样品进行进一步纯化。
常用的方法：
1、层析法：包括凝胶过滤、离子交换层析、吸附层析以及亲和层析等； 2、电泳法：包括区带电泳、等电聚焦等 特点：规模较小，但分辨率很高