工、重型非公路矿用车、制造业信息化、农作物生物等领域的工程化配套技术开发为目标，启动建设了19家自治区工程技术研究中心。
高等院校通过自治区重点学科和专业设臵的调整，强化了创新人才的培养，教学与科研二元化培养模式基本确立；主要依托高等院校和有关科研机构，在家畜繁殖生物技术、草地生态学、沙地（沙漠）生态系统与生态工程、遥感与地理信息系统、水资源保护与利用、旱作农业、动物遣传育种与繁殖、牧草与特色作物生物技术、草食动物营养科学、蒙医蒙药、蒙药化学、岩石矿物综合分析、机电控制等专业方向，组建了14家自治区重点实验室。
民营科技企业已发展到744家，总资产突破100亿元。民营科技企业的产业结构日渐趋向高新技术产业和优势资源型产业，以成熟技术的商品化、高新技术产品开发及产业化为主营业务的民营科技企业已占到总数的一半以上。
科技中介服务体系按科技部划分的12种类型目前全区已有2297家，从业人员在万人以上，其中：乡镇以上的农牧业技术推广站有1695家，科技信息咨询服务机构43家，生产力促进中心40家，技术贸易机构397家，还有相当数量的人才中介市场、科技成果推广中心、常设技术市场、知识产权服务机构等。这些机构广泛开展了与科技创新直接相关的多种形式的技术服务，与各类创新主体和生产要素市场建立了紧密联系，降低了创新风险,推动了科技成果产业化进程。
孵化器建设取得试点突破。地处北京中关村科技园区的京蒙高科企业孵化器，是科技部认定的国内首家科技企业异地孵化试点，其地理位臵如同呼包高新带东段延伸地段探向环渤海经济带的触角，在区域创新体系中起着先导性、基础性的龙头作用。运行1年来努力为入孵企业提供优质环境，探索异地孵化的理想模式，目前已跨越盈亏平衡点，首创年度利润200多万元。京蒙高科重点引导中蒙药与生物工程、新材料、环保与生态、农牧业高新技术等产业领域的相关企业入孵，实行快速培育，入孵入驻企业已达57家，孵化场所利用率接近80％。包头稀土开发区创业中心稀土孵化器已形成以材料科学与工程、生命科学、生物技术、新材料与环保节能材料等孵化中心为主躯干的稀土孵化网络，创业中心目前入孵企业182家，毕业企业70家。
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建设了一批高新技术园区、农业科技园区和特色科技产业化基地。国家级和自治区级高新技术产业开发区、高新技术园区已有10处，国家级高新技术产业化基地2处，自治区特色产业化基地12处。科技生产力布局136工程从宏观层面规划了高新技术园区（开发区）、农业科技园区和特色科技产业化基地的空间布局及区域创新资源的整合，按照推动科技生产力向优势区域集中的原则，力求进一步提升园区、基地的整体发展质量和辐射带动能力。
适应创新体系的科技投入开始向政府投入为引导、企业投入为主体、银行贷款为支撑、社会融资为补充的多元化投资格局转变；条件财务工作探索了多样化的科技投融资管理体制，以期逐步改变科技投资的管理运作方式，扩大存量资金规模；2003年全区全社会R&D资金6.9亿元，R&D／GDP达到0.33％，分别较上年度增长42.86％、17.86％；自治区科技计划5226体系从2002年开始将创新能力建设和创新环境建设作为重要内容，“两大建设”有效地推动了区域创新条件的改善。
3.2 区域创新能力有所提高但总体仍显薄弱
区域创新能力不是科技能力，也不同于科技竞争力。《中国区域创新能力报告》（2001、2002）按5个要素21项指标对全国各地区的区域创新能力进行了综合评价。由于创新对经济增长的推动作用需要一定时间才能表现出来，加之数据的采集、整理、出版需要相当长的时间周期，因此，遵照国际惯例，2001、2002年的创新能力报告采用的是1999、2000年的数据，国际上许多报告的年份数据选择，包括我国的“全国科技进步统计监测报告”，基本上都是这样的规则。
按照《中国区域创新能力报告》（2001、2002）的综合评价，内蒙古的技术创新综合能力2001年的全国排位为第27位，2002年上升到第24位。5项A级指标2升2降1平，分别是：知识创新能力从第29位上升到第27位，知识流动能力从第29位上升到13位，企业技术创新能力从第27位下降到第29位，技术创新环境从第21位下降到第28位，创新的经济绩效与上年度持平。总的来看，内蒙古的技术创新综合能力有所提高，但仍处于全国的下游水平。
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3.3 区域创新体系建设存在的主要问题
按照科技部建设区域创新体系的要求，内蒙古区域创新体系建设涉及的企业、高校、科研机构、政府、中介服务机构等关键环节还存在着制约其健康发展的各种不利因素和问题。
3.3.1 企业总体创新主体地位尚未确立
从总体上看，内蒙古自治区企业尚不能构成创新主体，占70％以上的企业缺乏核心技术能力，创新的组织机制也不完善。全区1586户规模以上工业企业的研究开发经费支出占产品销售额的比重不足0.5％，居全国第28位。80％以上的企业感到创新资金不足，并将此归咎为政府投入不够，不能根据市场需求变化和竞争格局自主选择实现企业发展目标的创新项目，进行筹资和投资。
企业普遍不主动承担创新风险，缺乏风险决策，包括选择创新产品进行研究、开发、生产和教育培训等创新管理，创新压力在不具备克服创新风险的能力下难以转化为创新的动力。
内蒙古自治区共拥有各类工业企业161260家，其中301家国有大中型企业中46.5％尚未建立技术开发机构，这在很大程度上限制了国有企业技术创新活动的深入。处于结构调整中的国有企业由于机制的陈旧和产权不明晰等，造成企业经营的短期行为，不少国有企业高层领导市场竞争和创新意识不强，一些企业历史包袱较重直接影响了经济效益，即使效益不错且在银行有大量存款的企业，也缺乏创新开发和向高新技术领域投资的风险决策机制。
据内蒙古自治区R&D资源清查数据，企业委托的R&D项目在全部R&D项目中仅占3.4％的份额，不足全国15.4％平均水平的1/4。这说明科研机构、高等院校的自主创新成果与企业联合面向市场的能力还非常之差。即使企业选择了市场前景看好但受制于某项关键技术而限制了技术含量和工艺成熟性的提高，需要科研机构、高等院校和企业协同攻关才能得到开发的产品、材料或设备，由于创新体系各主体间不具备有效的互动机制，往往使得两者间脱节，创新资源配臵环节僵化。
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制度创新的监督考核机制在企业普遍没有形成。企业作为自主经营、自负盈亏的商品生产者，其经营者必须拥有责、权、利，在制度上让经营者与企业效益直接挂钩，同时对其经营予以充分监督。目前自治区多数企业尚未健全科学的考核指标体系和监督机制，传统产业领域内不少老企业产权制度改革和股份合作制、有限责任制改组等与自治区企业改制的总体进展存有较大差距。
企业没有成为创新利益分配主体。相当数量企业创新激励制度不完善，奖励不到位，知识与技术不参与分配必然扼杀企业员工的创新欲望。
3.3.2 政府职能转变速度慢，创新服务意识差
确认企业是创新的主体，必须从确定政府在创新体系中的角色出发。在区域创新体系中，政府的作用是从宏观上加以导向和调控，通过各种激励措施引导和把握创新体系的远行方向，投资支持重大原始性创新和引进创新项目，提供各种支持性设施；政府不轻易介入产业领域，主要是资助产业技术规划，协调集成创新，强化技术预见能力，通过相关的采购政策为新技术、新产品的创新创造有效的市场需求，在此基础上做好创新的保障和服务。
温家宝总理2003年在国家行政学院的一次讲话中提出加快政府管理创新，关键是进一步转变政府职能。政府应将自己管不好或者不该管的事交给市场和社会中介组织，政府本身无所不包的权力“转到主要为市场主体服务和创造良好发展环境上来”。但是，在推进政府职能转变中，原有的体制惯性使这一进程进展缓慢甚至时有起伏。例如，职能转变的重要环节——行政审批制度改革流于形式化，一方面改革审批制度拿掉了一批政府部门的审批权，同时也减少了这些行政部门的利益，于是一些新的审批事项在行政系统内部通过封闭循环而非广泛的多项互动式的讨论而产生，进入行政审批“清理——膨胀”的怪圈。职能转变不到位，使一些通过市场机制或依法设立的中介组织能够解决的，通过制定和实施强制性标准、技术法规能够办理的，通过事后监督或事后补救方式能够处理的，又都回到审批范围。而那些本需要由政府强有力的调控去制定的政策、去优化的环境和去改善的条件又都面对着“主体缺位”。“越位”
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