从行政执法与刑事司法衔接机制的建立和运行实践及其效果来看，各级“整规办”作为衔接机制的牵头部门，总体负责各个参与主体的指导、管理和综合协调工作，是其应有的职责，具有主导和核心地位。但从目前实际情况来看，各级“整规办”作为议事协调机构，缺乏权威性和执行力，不利于衔接工作的顺利有效地开展。
由此可见，理顺和完善衔接机制的组织保障体系，是行政执法与刑事司法衔接工作首先要解决的问题。
三、信息共享平台虽然建立，但信息共享缺乏机制保障 信息共享机制虽然建立，但未能做到实时、全面掌握行政处罚案件情况，导致检察、公安机关无法及时、全面发现行政处罚案件中有涉嫌犯罪的案件。分析全国各地开始推行的衔接机制，无一例外地把工作重点放在信息通报、协作与配合、制约与监督上，虽然这些举措很大程度上改善了行政执法机关与刑事司法机关的配合协作关系,但并没有解决两个关健性问题：其一是检察、监察机关如何及时知悉行政处罚案件中有符合刑事立案、追诉标准、涉嫌犯罪的案件；其二是检察机关有什么手段和措施监督纠正行政执法机关不及时、全面移送涉嫌犯罪案件甚至以罚代刑的问题。
浦东新区开创的信息共享平台建设，确实能在一定程度上增强行政执法机关与刑事司法机关之间便捷、规范、高效的信息沟通和工作协作，形成打击犯罪合力。但通过该平台，检察机关、公安机关不仅无法实时、全面掌握行政执法机关的所有行政处罚案件信息，也无法监督执法机关是否把所有涉嫌犯罪案件信息均放在平台上。事实上，放多少信息、具体放什么信息在共享平台上完全由行政执法机关自行把握。由此导致浦东平台开通一年多以来，行政执法机关放在平台上的信息也只有约200条，与真实的行政处罚案件及涉嫌犯罪案件数量
相去甚远，浦东检察院的立案监督工作离预期的目标也尚存在一定的差距。
四、刑事法律、司法解释的模糊规定，影响了对涉嫌犯罪案件移送标准的认定
刑事法律、司法解释的模糊规定，主要体现在下列方面： 一是对法律、司法解释规定的差异性，造成实际执法困难。例如在办理侵犯知识产权案件中，“两高”司法解释中规定有3种计算侵权品价值的计算方法，但运用不同的计算方法得出的结论相差悬殊，造成认定行为人是否构成犯罪的不一致。
二是法律规定本身不明确，造成行政执法和刑事司法上的困惑。现行行政实体法规常用“情节严重”、“影响恶劣”等词语将行政相对人的违法行为区分为一般违法行为与刑事犯罪，有时定量不准，导致罪与非罪界限模糊，影响对犯罪行为的及时查处。
三是司法解释中的规定也存在模糊的情况。如“非法经营数额”、“违法所得款”、“直接经济损失”等法律专有概念，司法实践中对区分罪与非罪的标准认定起来相当困难，在行政执法机关与司法机关理解不一致时，常常使案件拖延，不利于侦查取证，在很大程度上影响了行政执法和刑事司法衔接机制的进一步完善。
四是行政执法与刑事司法中证据转换与收集难。依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第四十三条之规定，审判人员、检察人员、侦查人员必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。也就是说，依据我国现有法律，刑事犯罪中的证据收集必须是法定的三类人员，而行政执法过程中固定下来的由行政执法人员收集的证据不能作为刑事犯罪证据来使用，必
须予以转换。而由于证据收集的时效性，往往造成行政执法与刑事司法中证据转换与收集难。
上述方面，需要国家立法和两高司法解释的完善。 五、检察机关的行政执法监督缺乏法律支撑
宪法和法律对检察机关进行行政执法监督只有原则性的规定，极为原则与抽象，对于具体监督权限的规定更是鲜见。
从实践中看，人民检察院对行政执法的法律监督工作尚属薄弱环节。究其原因，主要有以下两点：
首先，人民检察院对行政执法机关的监督缺乏强制力的保障。从人民检察院与行政执法机关的关系来看，由于行政执法机关并非刑事诉讼主体，一个案件也只有在司法机关立案后才进入刑事诉讼程序，如果出现行政执法机关应当移送而不移送涉嫌犯罪案件的情况，《人民检察院办理行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》中规定“可以提出检察意见”，但检察意见的效力无法保证，实践中也很难顺利操作，并且人民检察院如何与行政执法机关联系以获取立案监督线索，目前也缺乏可以遵循的具体规范。
其次，在立案监督的方式和途径上缺乏具体和完善的措施和规范。虽然检察机关有立案监督权，但这种权力的行使却没有调查权和调卷权的保障，侦查监督部门在行使立案监督权时，没有调查和核实情况的权力，不能随时介入有关执法活动对其进行检查监督；更没有调阅有关行政执法机关相关材料的权力，侦查监督部门所能看到的材料只能是行政执法机关愿意提供的材料。有时候，出于部门保护主义，行政执法机关向侦查监督部门提供的材料往往很有限，甚至是片面的。依据这些材料，侦查监督部门无法很好行使自己的立案监督权。对于这种情况，侦查监督部门由于没有处罚权，无法对这些滥用职权
而又尚不构成犯罪的违法责任人给予相应的处罚，刑事立案监督难以达到很好的效果。最终使得犯罪分子逃脱法律的惩罚。因此，缺乏有效介入机制，检察机关在如何发挥对行政执法机关的监督方式、手段及法律后果方面也没有明确规定。
六、衔接制度效力位阶较低，缺乏强力保障
目前，行政法规与刑事司法衔接的制度规范基本上是行政性质，缺乏司法属性。首先，行政执法所依据的行政法规与刑事司法所依据的法律及司法解释的效力位阶高低是不同的，国务院的“决定”属法规层级，高检院的“规定”属内部工作规定，不属严格意义上的司法解释，对行政执法机关没有强制效力。由于缺乏法律法规的明文规定，为解决当前破坏社会主义市场经济秩序犯罪而进行的整治专项行动只能算是权宜之计。其次，检察机关与各行政执法机关联合发布的各种规则、办法、会签的文件，在《立法法》上的效力位阶较低，没有严格意义上的法律约束力，也缺乏固定的制度和有效的实施细则，更缺乏对行政机关责任的规定。如高检院、全国整顿和规范市场经济秩序领导小组办公室、公安部《关于加强行政执法机关与公安机关、人民检察院工作联系的意见》，是原则性很强的务虚文件。如该《意见》规定检察机关向行政执法机关查询案件情况，需“经协商同意”，明显缺乏实际执行的刚性。其三，行政执法形成的证据的法律地位缺乏规定。《国务院关于行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》是考虑比较周全的规范，对移送案件的条件、基本程序及工作时限、违规责任都作了明确规定，甚至少许有涉及司法实体规定。但案件移送到刑事司法阶段，对行政执法形成的证据法律地位没有也不可能作出规定。刑事诉讼的过程实际就是证明的过程，在当前以审判为中心的诉讼模式下，证据审查是诉讼的核心，如果不解决证据法律地位及证明