对接运行参数。在此，我么全部采用系统默认值（图27），点击Accept保存参数。
图27：Set Docking Run Options对话框
ADT菜单：Docking → Output → Lamarckian GA… 输出拉马克遗传算法对接参数文件“ind.dpf”（如果要使用之前提到的其他算法进行计算，那么在设置好相应的参数后，需要在Output菜单中选择输出成相应算法的参数文件才能进行计算）。
ADT菜单：Docking → Edit DPF… 打开Edit dgf对话框，可以查看并手动编辑修改刚才生成的DPF文件（图28）。
图28：Edit dgf对话框
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10．运行AutoDock4
与运行AutoGrid4 非常相似，ADT菜单：Run → Run AutoDock… 启动运行AutoDock图形界面。点击Program Pathname后的Browse按钮，选择之前放置在1HSG目录中的autodock4程序，以替换界面中默认的autodock3，Parameter File以及Log File程序一般情况都能自动设置好，如须修改点击相应的Browse按钮选择正确的文件即可（图29）。
图29：Run AutoDock对话框
点击Launch按钮，与运行AutoGrid相似，运行程序进行计算，同时弹出过程管理器，显示进程编号、运行时间及状态，还可以随时Kill该autodock4进程，运行完毕后该对话框会自动关闭。
此外，还可以在控制台中输入命令以运行autodock4： autodock4 –p ind.dpf –l ind.dlg & #注意文件名及路径
AutoDock4运行完毕后，程序运行记录以及最终的结果都被保存在“ind.dlg”文件中。
三、结果分析
1．读取对接记录文件（.DLG）
ADT菜单：Analyze → Dockings → Open … 打开对接记录文件“ind.dlg”，弹出信息窗口，显示此日志文件中包含10个对接结果的分子构象以及数据，这与我们之前设置的对接参数是一致的（图30）。
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图30：打开ind.dlg文件后弹出的信息窗口
2．观察对接好的分子构象
ADT菜单：Analyze → Conformations → Load … 将对接结果及分子构象载入到图形窗口中，并且在弹出ind Conformation Chooser对话框中单击列表中的相应分子构象编号后，上部显示窗口即可显示此分子构象的对接数据。而如果双击，则可以将该分子构象载入到分子显示窗口中，以便观察分析（图31）。
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图31：ind Conformation Chooser对话框及显示出来的构象及其对接信息
ADT菜单：Analyze → Conformations → Play …弹出ind播放控制对话框（图32），显示并播放对接分子构象，这样可以通过不同的前进/后退按钮选择不同的分子构象，还可以将所有对接构象按动画方式播放。
图32：ind播放控制对话框
单击ind播放控制对话框上的&按钮，打开Set Play Options对话框，钩选Show Info可显示当前构象的相关信息（图33）。
图33：Set Play Options及Info窗口
将Color by下拉菜单选为vdw，当前构象则按照范德华作用力的大小来进行着色（图34）。
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