图21：Edit gpf对话框
8．运行Autogrid4
ADT菜单：Run → Run AutoGrid… 启动AutoGrid图形界面（图22）：Host Name(主机名)如果不是在远程计算机上运行程序则无需修改，点击Program Pathname（程序路径及名称）后的Browse按钮，选择之前放入1HSG文件夹的autogrid4程序，以替换界面中默认的autogrid3，Parameter File（参数文件，上一步骤准备好的AutoGrid参数文件）以及Log File（程序运行记录文件）程序一般情况都能自动设置好，如须修改点击相应的Browse按钮选择正确的文件即可。
图22：Run AutoGrid对话框
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点击Launch按钮，运行程序进行计算，同时弹出AutoDock Process Manager（AutoDock进程管理器，图23），显示进程编号、运行时间及状态，还可以随时Kill该autogrid4进程，运行完毕后该对话框会自动关闭。
图23：Autodock Process Manager对话框
此外，还可以在控制台中输入命令以运行autogrid4：
autogrid4 –p hsg1.gpf –l hsg1.glg & #注意文件名及路径
AutoGrid4程序运行完毕后，除了生成一个hsg1.glg记录文件外，最主要的是生成一系列针对不同原子探针的范德华作用力、静电力以及去溶剂化作用力的Map文件：
hsg1_rigid.A.map # atom-specific affinity map hsg1_rigid.C.map # atom-specific affinity map hsg1_rigid.NA.map # atom-specific affinity map hsg1_rigid.OA.map # atom-specific affinity map hsg1_rigid.N.map # atom-specific affinity map hsg1_rigid.HD.map # atom-specific affinity map hsg1_rigid.e.map # electrostatic potential map hsg1_rigid.d.map # desolvation potential map 9．准备Dock参数文件
ADT菜单：Docking → Macromolecule → Set Rigid Filename… 设置对接中的钢性分子“hsg1_rigid.pdbqt”；
ADT菜单：Docking → Ligand → Choose… 设置对接中的Ligand分子为“ind”；
ADT菜单：Docking → Macromolecule → Set Flexible Residues Filename… 设置对接中的柔性残基为“hsg1_flex.pdbqt”；
ADT菜单：Docking → Search Parameters… → Genetic Algorithm… 打开Genetic Algorithm
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Parameters对话框，设置对接遗传算法搜索参数（图24）。作为练习，为了缩短计算时间，将Maximun Number of evals改为short：250000，其他参数均使用系统默认参数，点击Accept确认，详细参数的设定请参考AutoDock相关文档。
图24：Genetic Algorithm Parameters对话框
另外AutoDock还可以使用另外两种计算方法： 1．ADT菜单：Docking → Search Parameters… → Simulated Annealing Parameters… 设置模拟退火算法参数（图25）： 23
图25：Simulated Annealing Parameters对话框 2．ADT菜单：Docking → Search Parameters… → Local Search Parameters... 则可设置局部搜索算法参数（图26）： 图26：Local Search Parameters对话框
ADT菜单：Docking → Docking Parameters… 打开Set Docking Run Options对话框，设置
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