图14：Set Number of Active Torsions 对话框
至此Ligand准备完毕，需将其保存为含有原子坐标、AutoDock原子类型、电荷以及可扭转键等信息的PDBQT格式的文件：
ADT菜单：Ligand → Output → Save as PDBQT… 将准备好的Ligand分子保存为“ind.pdbqt”文件。
5．准备柔性残基文件
在AutoDock3的对接中Ligand是柔性的而Receptor则是刚性的；而在AutoDock4中不但Lingand可以是柔性的，而且Receptor中的部分氨基酸残基也可以设为柔性的，这就进一步提高的对接的精度。
ADT菜单：Flexible Residues → Input → Choose Macromolecule… 选择需要设置柔性残基的大分子，在这里我们选择之前编辑好的hsg1分子。如果之前删除了该分子，则在ADT菜单：FlexibleResidues → Input → Open Macromolecule… 打开该分子。此时会弹出对话框，询问是否合并没有极性的H，点击Yes，之后会弹出统计信息窗口，点击Yes关闭（图15）。
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图15：Merge Non-polar Hydrogens及ADflex_chooseMcro对话框
ADT菜单：Select → Select From String 选择需要设置成为柔性的残基。在Select From String对话框中的Residue框中输入ARG8，点击Add选中编号为ARG8的残基（图 ），再点击Dismiss关闭对话框。下图（图16）可见，hsg1两个亚基上的8号ARG氨基酸残基被选中了。
图16：使用Select From String对话框选中ARG8残基
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图17：hsg1两个亚基上被选中的8号ARG氨基酸残基（为了便于观察，将这两个残基按Ball and Stick
模型显示）
ADT菜单：Flexible Residues → Choose Torsions in Currently Selected Residues… 将选中的残基标记为柔性残基并设置可扭转键的数量。在分子显示窗口中分别点击两个残基上CA和CB原子之间的键，使之变成非扭转的（non-rotatable，紫色），这样两个残基中的32个键共有6个是可扭转（rotatable）的（图18），点击Close关闭对话框：
图18：设置柔性残基上的可扭转键
ADT菜单：Flexible Residues → Output → Save Flexible PDBQT… 保存柔性残基文件，文件名“hsg1_flex.pdbqt”；
ADT菜单：Flexible Residues → Output → Save Rigid PDBQT… 保存钢性残基文件，文件名“hsg1_rigid.pdbqt”；
PMV菜单：Edit → Delete → Delete Molecule 删除hsg1分子。
6．准备大分子
ADT菜单：Grid → Macromolecule → Open… 打开之前处理好并保存的“hsg1_rigid.pdbqt”，弹出对话框询问是否保留之前已经加上的电荷以代替ADT自动加上Gasteiger电荷，点击Yes，再点击OK关闭弹出的警告窗口（图19）。
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图19：打开大分子（Macromolecule）文件后弹出的对话框
7．准备AutoGrid参数文件
ADT菜单：Grid → Set Map Types → Choose Ligand… 选择之前准备好的Ligand分子“ind”，如果之前删除了该分子则通过ADT菜单：Grid → Set Map Types → Open Ligand… 打开“ind.pdbqt”文件。
ADT菜单：Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框，将格子的大小设置为X，Y，Z：60，60，66，格点间隔为默认值0.375 ?，这样格子中共包含249307个格点，然后将格子中心设为2.5，6.5，-7.5（x，y，z）。设置完成后点击Grid Options菜单中：File → Close saving current 保存并关闭对话框（图20）。
图20：打开Grid Options对话框，设置Grid参数
ADT菜单：Grid → Output → Save GPF… 将刚才设置好的Grid参数保存成GPF文件（Grid Parameter File，格子参数文件）“hsg1.gpf”。
完成后还可以通过点击ADT菜单：Grid → Edit GPF… 手工编辑修改刚才通过ADT生成的GDF文件（图21）：
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