平台编译好的AutoGrid以及AutoDock程序；（2）“example”目录中包含一些程序运行的例子，可以进行软件测试以及相关操作的学习；（3）“src”目录为AutoGrid以及AutoDock程序的源代码，可以自行编译成可执行的程序文件。“bin”目录中编译好的针对不同平台的程序如下表所示（表4）：
表4：autodocksuite-4.0.1-all.tar.gz中各种编译好的AutoDock程序
名称 i86Cygwin i86Darwin8 i86Linux2 ia64Linux2 ppcDarwin8 sgi4DIRIX646 sun4SunOS5 硬件系统及操作系统平台 Intel x86处理器，Window系统（使用Cygwin） Intel x86处理器，Mac操作系统 Intel x86处理器，Linux操作系统 Intel 安腾64位处理器，Linux操作系统 IBM Power处理器，Mac操作系统 Sgi图形工作站，IRIX操作系统 Sun服务器，Sun操作系统
绝大多出情况下，这些编译好的程序在相应的品台下均能正确运行，但如过碰上特殊情况或是针对自己的实际要求对程序进行了修改，那就需要重新编译AutoGrid以及AutoDock程序。下面就以Linux系统为例解释编译过程：
首先需要确认Linux中已经安装了C或C++开发工具（如：gcc，g++等）以及Make工具等，一般情况下默认安装绝大多数版本的Linux操作系统这些个工具都会安装。之后打开控制台：
tar -xzvf autodocksuite-4.0.1-all.tar.gz #解压缩软件包 cd autodocksuite-4.0.1/src/autogrid-4.0.0 ＃切换到autogrid-4.0.0目录 ./configure ＃设置编译环境 make ＃编译autogrid，完成后此目录中会有autogrid4程序生成 cd ../ autodock-4.0.1 ＃切换到autodock-4.0.1目录 ./configure ＃设置编译环境 make ＃编译autodock，完成后此目录中会有autodock4程序生成 完成编译后，将“autogrid4” 以及“autodock4”程序拷贝到需要的目录即可。
相比AutoDock的编译，ADT的安装就显得尤其简单：首先，到ADT的官方网站下载网站（http://mgltools.scripps.edu/downloads）下载相应操作系统的版本，在这里我们下载Linux下的Standalone installer的版本：MGLTools-1.5.1-Linux-x86-Install（需要GLIBC_2.3, libstdc++.5.X才能正常运行）。下载完毕后，直接双击程序文件即可在Linux
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下进行完全图形化的安装，与Windows下安装程序一样。但是，如果
MGLTools-1.5.1-Linux-x86-Install不能运行，则下载mgltools_i86Linux2_1.5.2.tar.gz，解压缩后运行install.sh进行安装，一样会出现安装界面。需要注意的是目前ADT最新版本为1.5.2，但安装方式完全一样，1.5.2版本主要增加了针对不同版本AutoDock程序的切换功能，与AutoDock的兼容性更好。 二、对接准备及对接操作
在这一部分中我们将采用非常经典的HIV蛋白及其抑制剂（PDB ID：1HSG）来作为例子对AutoDock的整个操作分析过程做一个详细的讲解。
以下操作过程全部在ubuntu 8.04操作系统下完成，桌面系统为KDE4.0；AutoDock为在此操作系统下进行了重新编译；ADT版本为1.5.1。
1．获取Receptor（受体）及Ligand（配体）结构文件
我们可以从www.pdb.org网站上下载“1hsg.pdb”文件，运用ADT、VMD以及PyMol之类的常用分子显示及编辑软件来将“1hsg.pdb”中的蛋白质受体和小分子配体分离开来，保存成两个单另的文件以备后面使用。同时还可以在AutoDock网站下载“tutorial4.tar.gz”
（http://autodock.scripps.edu/faqs-help/tutorial/using-autodock-4-with-autodocktools，受体文件：“hsg1.pdb”以及配体文件：“ind.pdb”）来进行操作。下面我们就以从AutoDock网站上获取的结构文件来进行后面的操作。
2．设置工作目录及工作环境
新建工作文件夹“1HSG”，将编译好的“autogrid4，autodock4”程序以及“hsg1.pdb，ind.pdb“两个PDB文件拷贝到此文件夹下。打开控制台，切换目录到该文件夹下，运行ADT，这样ADT的默认路径就是”1HSG“文件夹，此后所有输入/输出文件的默认路径都是1HSG，方便后面操作（图6）。
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图6：控制台窗口切换工作路径并启动ADT
3．准备receptor分子
PMV菜单： File → Read Molecule选择“hsg1.pdb“打开Receptor分子：
PMV菜单：Select → Select From String 打开Select From String对话框，在Residue框中输入HOH*，Atom框中输入*，点击Add选中所有水分子。最后，点击 Dismiss按钮关闭 Select From String对话框（图7）。
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图7：Select From String对话框及被选中的H2O分子（黄色“+“表示被选中的原子，没有H，
所以选中的都是O原子）
PMV菜单：Edit → Delete → Delete AtomSet删除已选择的水分子，点击弹出的警告窗口上的CONTINUE按钮删除。
PMV菜单：Edit → Hydrogens → Add 为Receptor分子加H（X射线衍射无法获H的坐标数据，图8）。
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