先，根据社会语言学的观点，语言在实际运用中会产生很多变体，这在其使用的地区常常是合法的、有效的，很难区分正误。其次，学习者学习第二语言的目的也是不同的，并非所有的人都希望达到电台播音员的水平。
2)对偏误来源的分析本是偏误分析的一大特点。但这方面的研究并未深入下去，陷于公式化，硬套上述五个来源，对指导教学与学习实践意义不大。另一方面偏误来源的问题本身也较复杂，有时是多方面因素同时作用的结果，难以定为某一种来源；有的则是来源本来就很模糊难以说清。而且像人们习惯使用的迁移、泛化、简化等概念都有交叉，很难明确区分。
3)错误分析虽然对错误的原因进行了总结，但当解释具体的错误原因产生原因时，还是经常会有困难的，因为错误原因有时是多方面，多种原因造成的综合现象，也会因人而异。
4)偏误分析的最大弱点在于只研究中介语的偏误部分，而且是横切面式的静态分析，并未研究中介语的正确部分。其结果，只能了解学习者未掌握的部分，而不能了解学习者已掌握的部分。这就割裂了中介语体系，看不到中介语的全貌及其动态的发展轨迹。这种对中介语的研究是不全面的，也无法完整地了解第二语言习得过程。 偏误分析存在局限性并不意味着它的消亡，而是促使它融入到对中介语进行更全面的分析之中，从而揭示中介语的发展轨迹。
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