用环境温度值310，只需要用$temperature 代替。这和c语言中的预处理命令#define有些类似。
? set outputname ubq_ws_eq：新建一个变量outputname，并赋值ubq_ws_eq。作
用同上。
? firsttimestep:设定动力学模拟时起始timestep的数值。在重新开始进行一个
被中断的动力学模拟时，这一设定是非常有用的。如果前一次动力学模拟结束时的timestep是533，那么这一次的起始值显然应该是534。
4、Simulation Parameters 这一部分包括许多参数，可以分成以下几部分： ? Input
- paraTypeCharmm: 说明参数文件是否是CHARMM力场格式的。设置为on。 - parameters: 从给出的力场参数文件中调用参数（此例中，力场参数文件为../common/par_all27_prot_lipid.inp）
- temperature: 设定环境的起始温度（K）。如上所述，在这里$temperature 相当于310。设定这一数值后，NAMD会根据Maxwell分子速率分布给体系中的分子分配运动速率。
? Force-Field Parameters
- exclude: 说明哪一种原子-原子相互作用可以忽略。这里的设定值是 scaled1-4。成键相邻原子的编号方式见图。scaled1-4就是说如图中的原子1-2，1-3，2-3之间的相互作用被完全忽略，而原子1-4的相互作用被弱化。
- 1-4scaling: 刚刚提到了原子1-4之间的相互作用会被弱化。这个参数就是为了说明弱化的程度。取值在0～1之间，0表示完全忽略，1表示不进行弱化。 - cutoff：设定范德华力和静电力的截止点。如果不设定此值，NAMD会计算整个体系中任意两个原子的范德华力和静电力相互作用，这显然是没有必要的。注意：如果Particle Mesh Ewald Sum 设定为on，cutoff的定义就会改变，在此不
详细叙述。
- switching：设定是否使用过渡函数（switching function），使得在截止点处范德华力和静电力不会突然降低至0，而是平滑的过渡至0。
- switchdist：设定在哪一点静电力和范德华力函数开始使用过渡函数修正（switch function）以使这两个函数可以平滑过渡，在cutoff处降低为0。 - pairlistdist: 这一设定是为了使得计算更快进行。如果不设定这个值，对于体系中的某个原子，NAMD需要遍历搜索整个体系以找出和该原子有相互作用的所有其他原子。设定之后，在计算某个原子的受力时，NAMD将只搜索设定范围之内的原子。设定值的单位是A。注意这个值必须要大于cutoff值。
图是以上概念的图示说明。 ? Integrator Parameters
- timestep：说明所使用的步长数值。分子动力学模拟的基本原理还是求解牛顿力学方程，但是并不能做到连续求解，而只能每隔一段间隔求解一次，最后生成原子的运动轨迹。步长值就是求解的时间间隔。以一个飞秒（fs,femtoseconds）为单位。2.0即为2fs。
- rigidBonds：设定与氢原子相连的哪一种键是刚性的（不会来回振动）。这里设定值是all，说明所有和氢原子相连的键都被认为是不振动的。
知识链接：Rigid Bonds 为什么要设定RigidBonds？这是因为我们设定的步长是2飞秒。在分子动力学模拟时，键的转动，振动，原子的位移等等速度并不相同。而步长数值显然应该由最快的那一种运动的时间尺度决定。在各种运动形式中，键长的伸缩和键角的扭曲是最快的。键长振动一般是每10-100飞秒一次。其中，最快的当然是与氢原子相连的键长的振动，一般是10飞秒一次，而我们的步长是2飞秒，几乎在一个数量级上。因此无法精确描述这样的键长振动。所以需要先设定认