writepsf ubq.psf
8、输入完成之后，保存文件。注意文件保存在1-1-build目录中，文件名为ubq.pgn，文件类型选择文本文档。然后退出写字板。这样我们便制作了pgn文件，这一文件可以被psfgen软件包所识别，并处理成我们想要的psf文件。我们需要在VMD中使用该文件调用psfgen数据包
下面我们详细介绍一下刚刚输入的每一行命令的意义：
package require psfgen：通知VMD我们将要调用psfgen数据包
topology top all27_prot_lipid.inp：载入拓扑文件 top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE：改变组氨酸残基名，使得残基名称能够和拓扑文件中的一致。在pdb文件中组氨酸残基名是HIS,而在拓扑文件中组氨酸残基名为 HSE, HSD, HSP 三种。分别对应组氨酸的三个不同的带电荷形式。
pdbalias atom ILE CD1 CD：改变异亮氨酸中的原子名。pdb文件中异亮氨酸δ碳的
名称为CD1，而拓扑文件中原子名应该为CD。
segment U {pdb ubqp.pdb}：生成一个集合（segment）U，包含ubqp.pdb中的所有原
子。
coordpdb ubqp.pdb U：从ubqp.pdb中读取坐标，比较各个原子的名称是否对应，然
后旧的集合名被改换成新的名称“U”。
guesscoord：根据拓扑文件推测缺少的原子（氢原子）的空间位置。
writepdb ubq.pdb：生成新的pdb文件，包含所有原子的坐标，包括刚刚推测出的氢
原子。
writepsf ubq.psf：生成psf文件，该文件包含蛋白结构的全部信息。
知识链接：组氨酸的三种离子模式
知识链接：PDB文件中原子的命名方式 9、如果刚刚关闭了VMD，则重新打开，改变目录至1-1-build。然后输入以下命令： source ubq.pgn
这样我们就成功得到了含有氢原子的psf文件。同时，可以看到VMD TKConsole中显示
出系统返回的信息。信息显示我们的系统中有1231个原子，631个原子的坐标是推测的（图）。
现在在你的1-1-build文件夹下应当有ubq.pdb和ubq.psf两个文件。到此为止，我们已经成功制作了下一步分子动力学模拟所需的psf文件。 2.2 蛋白质的溶质化
显然在真实情况下，蛋白质不是在真空中存在下面。所以我们需要把蛋白质放入一个水环境中，以更真实的模拟生物体内的环境。我们可以使用两种水体环境进行动力学模拟：
? 球状水体（water sphere）。水体包围蛋白质，四周则是真空，动力学模拟时没
有周期性边界条件（periodic boundary condition）
? 立方水体(water box)。立方水体是正六面体形状的水体（不一定是正立方体）。
使用立方水体需要我们设定周期性边界条件。
2.2.1 生成球状水体（water sphere）
我们将使用一个脚本文件建立球状水体。脚本文件在1-1-build目录下，文件名是wat_sphere.tcl。
1、如果刚刚关闭了VMD，则重新打开，改变目录至1-1-build。然后输入以下命令： source wat_sphere.tcl
输入之后VMD将会调用脚本文件，之后VMD会反馈一系列信息（图），
2、由所给的信息我们可以看出，VMD生成了两个文件：ubq_ws.pdb文件和ubq_ws.psf。 在最后两行还给出了生成的球状水体的质心坐标（center of mass of sphere）和球状水体的半径(radius of sphere)，精确到小数点后第十位。记下这些数字，以后我们还会用到。
这时在图形窗口中却会出现一个立方水体包围的蛋白质分子（图）。不过没有关系，在VMD主窗口中可见分子名为del_water，并不是我们所要的结果。我们的最终结果已经储存在1-1-build中，文件名分别为ubq_ws.pdb和ubq_ws.psf。
3、下面我们将看一下生成的球形水体究竟是什么样子的。在主窗口中单击del_water 分子，选择Molecule → Delete Molecule 菜单项删除该分子；然后选择 File → New Molecule，单击Browse 按钮，在1-1-build目录下找到ubq_ws.pdb文件，单击Load载入该蛋白，可以看到球状水体包围的蛋白（如图）。说明我们已经成功地生成了球状水体包围的泛素分子。
2.2.2 生成立方水体（water box）
下面我们将把泛素放入一个立方体状的水环境中。我们使用的是VMD提供的solvate软件包。该软件包位于VMD的/plugins/noarch/tcl目录下。不过我们不需要自己找到它。只要通知VMD我们将使用该软件包，VMD就会载入它。
1、打开VMD，选择 Extensions→TK Console菜单项，在VMD TKConsole 窗口中输入：
package require solvate
这时VMD就会载入solvate软件包。窗口返回数字：1.2 说明我们所使用的软件包是solvate 1.2。确保当前目录是1-1-build，否则用cd命令改变当前目录至1-1-build，然后输入: