1989年前后，由于捷克经济体制改革（意思大致与我国计划经济转变为市场经济相同），斯柯达开始在全球范围内寻求强大的合作伙伴，或者说是强大的支撑力量。此时的大众汽车如日中天，对收购斯柯达汽车充满了兴趣。然而在大众面前还有一个强有力的竞争对手：雷诺汽车公司，法国人似乎并不想这么轻而易举的就将斯柯达拱手相让，在对于斯柯达汽车的争夺上，大众与雷诺又爆发了一场“战争”。
当时雷诺针对斯柯达制定的收购方针是在捷克的斯柯达工厂内生产雷诺汽车，将斯柯达汽车彻底改造为雷诺“工厂”，而且并没有在法国设立斯柯达工厂或是研发中心的打算。而大众方面则要谦和、诚恳的多，他们承诺在收购斯柯达汽车后将为其提供技术、资金等方面的支持，供他们研发自己品牌的汽车，尽管当时大众的这一做法在德国国内引起了不小的争论，但大众依然坚持自己的理念与方式，成功的将斯柯达收入麾下。
1991年，大众先是收购了斯柯达汽车公司70%的股份，又在此后9年中不断努力，于2000年收购余下的30%，斯柯达正式成为大众旗下的全资子公司。
1994年，依托大众技术研发的斯柯达Felicia汽车在捷克大获成功，大众董事长费迪南德·皮耶希还亲自选择Dirk van Braeckel作为斯柯达首席设计师，随后由他牵头设计的斯柯达明锐与晶锐车型成功的走出捷克，走向欧洲甚至全世界。
此后，斯柯达借助大众的技术优势及管理经验，使得自身产品不断改进升级，重新树立了高品质个性化的企业形象，尤其是在近些年，在大众的帮助下，斯柯达汽车公司规模迅速扩大，近几年汽车销量均超40万台，工人工资也从上世纪八十年代的每月60美元涨到了2000年以后的七八百美元。
进入21世纪，斯柯达依托大众集团，在欧洲的形象已经大为改观，首先对这个中欧品牌产生好感的是英国人，他们将斯柯达称为“诚实、可靠”的汽车品牌。大众集团也充分利用资源，不断增加斯柯达汽车在英国的曝光量，在市场营销运作上抢占先机。2005年，斯柯达汽车在英国销量突破3万台，占当年英国汽车市场1%的份额，2000年以后的斯柯达更加春风得意。
斯柯达随后推出的新一代明锐与晶锐车型依然是来自大众平台，它们分别与大众高尔夫Mk5和大众Polo共享生产平台与技术，这些车不但在欧洲大卖，如今也在国内崭露头角。2008年，斯柯达推出了明锐换代车型，其与上一代的变化包括大灯、前格栅、保险杠以及动力总成等。