1999年8月，冯青能任校长，郑禄祥任党总支部书记；程明俊任党总支部副书记兼副校长，梁大忠、陆登安任副校长；黄乃勤任政教处主任；陆永革任教务处主任；许 刚任教务处副主任；李白浪任教科处主任；黄清林任总务处主任（94年起）。
2002年8月，冯青能校长调往南宁十四中，郑禄祥支书退休，程明俊接任党总支部书记兼校长；梁大忠、黄雄杰、许 信任副校长；黄 敏为政教处任副主任。
2003年8月，程明俊校长调往百色祈福高中，由县教育局副局长黄荣伟兼任校长，许 信、黄雄杰、李白浪、黄 敏等四人任副校长，任命邱惠锋为科研处主任、吴凤保为政教处副主任。12月，全校党员大会召开，许 信副校长当选为总支部书记、黄雄杰副校长当选为总支部副书记。2004年3月又任命黄金亮（原政教处副主任）为校办室主任、张俊武为政教处副主任、吴高年为科研处副主任、陆民革为教务处副主任、丁靖南为总务处副主任；县团委任命农泉校团委书记。4月，教代会召开，黄 敏副校长当选为校工会主席。
学校领导变动了，但办学理念始终一脉相承，几任校长都以创办自治区示范性高中为己任，加强学校的软硬件建设，使学校各方面都有了较大的发展和变化。这一时期学校主要做以下工作：
一、把初中剥离出去，把学校办成独立高中。
1995—1998年靖西中学仍然继续以高完中的模式办学，每年招初中生2—7个班，高中6个班；为适应高中发展的需要，1999年起停止初中招生，开始扩大高中办学规模。2001年，实现了初中部的完全剥离。高中在校学生数随之不断增加。截止2004年9月，共有高中在校生2200多人，分42个教学班。靖西中学又成为名副其实的独立高中。
二、确立先进的办学理念，应用先进的管理模式。
学校坚持正确的办学方向，全面贯彻党和国家的教育方针，遵循现代教育的基本规律，坚定不移地实施素质教育。树立?没有教不好的学生?的理念，利用个体差异分层教学，使每一位学生既掌握文化知识，又提高素质能力，努力做到?高进优出，低进高出?。
确立了?治校追求民主、科学，治教追求以情感人，治学追求以生为本?的办学思路。以?树立现代教育理念，不懈追求学校软硬件建设的日臻完善，努力培养全面发展，具有实践能力和创新精神的国家栋梁之材，把学校办成具有边境特色的自治区级示范性普通高中?为奋斗目标。
三、加强师资队伍建设
加强师德建设。每周星期一晚上党务学习，每周星期三晚上教职工政治学习已形成制度，提高教师的思想认识和道德水准。
加强业务学习，探索教改新路。坚持每周一个下午的教研组集中业务学习，学习做到三落实：时间、内容、中心发言。规定每学期每个教研组至少要有一个教改课题。大胆探索，积极实践。
鼓励进修，限期完成学历补偿。限2005年前中青年教师全部完成本科学历补偿，届时，教师学历合格率将达到90%以上。
严格把好教师录用关。现今调入靖中任教的教师原则上须经试教与考核且学历达本科以上。同时抓好?传、帮、带?工作。指定有经验的中老年教师对青年教师进行学科教学和班主任工作的?传、帮、带?。要求青年教师一年入门，两年出师，三年放单飞。对青年教师的使用遵循?精心培养，大胆使用?的原则，促进青年教师成长。
多途径进行教师培训。采用集中学习与自我学习相结合；外出考察与互相交流相结合；举办心理学、教育学、教法的培训讲座等方式，提高教师的业务水平。鼓励业务进修，并在福利方面向任课教师倾斜，让教师购置专业书籍，进行自我学习。
2004年8月，我校全面实施教职工全员聘任制改革，教职工实行竞聘上岗，《教职工全员聘任制改革方案》的全面实施有力地促进学校各方面的工作，教职工主人翁和质量意识大大增强。
四、学校管理
学校管理坚持?依法治校，以德治校，以制度管人，向管理要质量?的原则。以?树立为学生服务的思想，建立融洽的师生关系，发展学生的人格与个性，充分发挥学生自主管理的作用?为思路，大胆探索、大胆创新、大胆实践。 1、实行校长负责制。
确立校长在学校中的中心地位，在校内全面管理学校，在校外代表学校。工作紧紧依靠党组织，发挥党组织的政治核心作用和监督作用，党政一条心。
健全各项规章制度，实行民主管理。重大决策均提交校务会、教代会讨论决定。实施校务公开制。成立家长委员会。校工会积极主动参与学校的各项管理工作。完善岗位职责和考核办法。在学校管理中充分发挥集体领导的作用。
2、坚持把德育放在首位。
1995年以来，学校各任校长一直重视德育工作，并采取了不少有力措施，取得了显著的成绩。这一时期，德育改革力度较大是2002年8月，程明俊校长上任后。程明俊校长针对当时学生存在的纪律比较松散、学生进网吧及早恋现象比较严重等问题，提出德育要加大改革力度，德育工作要更上一台阶的目标。我们经过深入调查研究，积极探索?管理育人、教书育人、活动育人、服务育人、