菌目(Hymenogastrales)、鬼笔目(Phallales)、马勃目(Lycoperdales)、弹球菌目(Sphaerobolales)和鸟巢菌目(Nidulariales)。D.M.Dring(1973)根据子实层的有无、担子果特点、发育类型、产孢组织性质、孢子特点等分为9个目，含25科，150属，约700种。
2、子囊菌亚门（Ascomycotina）经典分类 子囊菌是一类高等真菌（蕈菌），除酵母菌为单细胞外，一般子囊菌的营养体为具分枝、具隔膜的菌丝体。有性生殖产生子囊(asci)和子囊孢子(ascospore)。子囊菌是真菌中数量最多的类群，现约有3266属，32267种。分布广泛。子囊菌有腐生和寄生的两种。腐生的子囊菌生长在各种基物上，如土壤、朽木、动植物残体、粪便等。寄生的种类能引起植物病害，少数寄生在人、畜或昆虫体上，也有的子囊菌与藻类共生形成地衣，与高等植物共生形成菌根。有些子囊菌具有重要的经济价值，如用于发酵工业的酵母、青霉、曲霉以及医用的麦角菌、虫草和食用的羊肚菌、块菌等。子囊菌大多陆生，少数在漂浮于海水中的各种有机物上腐生，或在海藻和海生被子植物上寄生。分类：由于对各类子囊菌间的亲缘关系了解不深，各真菌学家对子囊菌分类所持观点不同。Maitin(1950)将子囊菌纲(Ascomycetes)分为半子囊菌亚纲(Hemiascomycetiade)和真子囊菌亚纲(Euascomycetiade)，Luttrell(1951)将子囊菌亚门分为集子囊菌纲(Synascomycetes)、半子囊菌纲(Hemiascomycetes)、真子囊菌纲(Euascomycetes)，并将真子囊菌纲分为子囊单囊壁、双囊壁两类。Alexopoulos(1952)将子囊菌纲分为原子囊菌亚纲(Protoascomycetiade)和真子囊菌亚纲，1962年又将子囊菌纲分为半子囊菌亚纲、真子囊菌亚纲、腔囊菌亚纲(Loculoascomycetiade)3个亚纲。Ainsworth(1966,1971，1973)根据子囊果的有无、子囊果的类型及特点、子囊壁的特征、子囊的排列方式将子囊菌亚门分为半子囊菌纲、不整囊菌纲、核菌纲、腔菌纲、盘菌纲、虫囊菌纲6个纲(见检索表)。Alexopoulos和Mims(1979)将子囊菌亚门、子囊菌纲分为5个亚纲，即半子囊菌亚纲、不整子囊菌亚纲、层囊菌亚纲、虫囊菌亚纲和腔囊菌亚纲。《真菌词典》第7版(Hawsworth D．L．1983)中改
变了以前的分类依据，更加重视子囊果的发育，尤其是子囊的结构、子囊孢子的释放，从而将子囊菌亚门直接分为37个目，第8版(Hawsworth，D．L．et a1．，1995)将子囊菌上升为子囊菌门，直接分为46个目。
三、蕈菌分类在生产中的应用
真菌界主要结构特征：单细胞或多细胞、细胞中具有核膜与核仁的分化，为小型真核生物，主要类群名称：酵母菌、霉菌、蕈菌等，蕈菌类主要包括担子菌亚门和子囊菌亚门，子实体大型、故又名大型真菌。由此可见蕈菌学是真菌学的一个分枝学科。
蕈菌学正面临着知识更新时期、新知识、新概念和新技术层出不穷，蕈菌产业界的学者工作者们要努力学习、科学发展。每位蕈菌生产技术人员都应熟悉自己从事的蕈菌生物学特性，能够正确知道它的名称，知道必要的术语和鉴定方法。如果精通分类学，便可采用迅捷的方法从混杂的蕈菌群体中选出相同属类并采用它们能互通适宜的栽培技术或研究方法会事半功倍少走弯路。例如：金顶侧耳（榆黄蘑审定品种：蕈谷榆黄蘑）和黑平菇（审定品种：蕈谷黑平菇）它们在分类上都是隶属于担子菌亚门、层菌纲同隔担子菌亚纲，伞菌目、侧耳科、侧耳属在分类上它们相同。栽培时配料栽培原理是互通的只是生长温度上有所差别而已，实践证明栽培平菇的技术方法都适宜于榆黄蘑。生料栽培时加多菌灵（防污剂）菌丝生长都不受影响都能栽培成功，虽然它们外表、颜色上都有很大区别但在分类中它们是相同的，相比之下冻蘑亚侧耳（审定品种：蕈菌黄灵菇）外形同以上介绍的平菇类（蕈谷灰平菇）外表很相似，但从分类技术上看它隶属于担子菌亚门、层菌纲同隔担子菌亚纲、伞菌目、侧耳科、亚侧耳属。可见，一个是亚侧耳属，一个是侧耳属在分类上不同，实