壁 茸鞭状鞭毛 平坦（很少管状） 无 管状 管状 平坦 无 平坦 无 样 管状 不呈管状 五界生物系统被三域系统(three domain system)进一步改进。基于分子生物学和生物化学的新技术，二十世纪七十年代Cars woese等提出了三域系统，提出了古菌这个新的概念，古菌是生长在极端恶劣环境下的一类细菌。三域系统中，第一域是古菌(arclaaea)；第二域是真细菌(eubacteria)，相似于五界系统的原核生物，但是不包括古菌；第三域真核生物(eukarya)，包含了五界系统的其余四界（图1—3）。关于病毒，由于其非细胞性质，因此仍然属于特殊种类。虽然少数病毒携带核糖体，但是没有制造核糖体，所以病毒不具有特性rRNA，因此不能包括在三域系统中。
图1—3 地球生物的三域系统（引自《微生物技术开发原理》曲音波等）
但是自T．Cavalier-Smith(1981、1988)根据基础细胞结构如线粒体嵴的形态将细胞生物分为8个界如下：现在已有越来越多的人承认了这一分类系统。不难看出在分类学上蕈菌归属于真菌界。
细菌总界(Empire Bacteria) 1、真细菌界(Kingdom Eubacteria)
2、古细菌界(KingdomArchaebacteria) 真核总界(Empire Eukaryota) 3、原始动物界(Kingdom Archezoa) 4、原生动物界(Protozoa)
5、植物界(Kingdom Pla Kingdom ntae) 6、动物界(Kingdom Animalia) 7、真菌界(Kingdom Fungi) 8、假菌界(Kingdom chromista)
需要指出的是，分类系统的改变不会影响到任何一种生物体的基本性质，人类仍然是人类，Aagricus仍然是双孢蘑菇。当一种主要的分类系统发生了改变，影响最大的是人们对生物进化之间的关系认识，而不会影响日常的对某种生物个体的特征描述和鉴定。
生物界的分类不同时期不同学者有不同表述，而且还在讨论中。为了使蕈菌学初学者易于理解，这里以图1—4加以说明。
图1—4 蕈菌在生物界中的位置（引自《微生物学》诸葛健等）
生物界名称 主要结构特征 微生物类群名称
病毒界 无细胞结构，大小为纳米(nm)级 病毒、类病毒等 原核生物界 为原核生物，细胞中无核膜与核仁的分化，大小为微 细菌、蓝细菌、放线
菌、
米(um)级 支原体、衣原体、立克
次氏体、螺旋体等
原生生物界 细胞中具有核膜与核仁的分化，为大、小型真核生物 单细胞藻类、原生物等 真菌界 单细胞或多细胞，细胞中具核膜与核仁的分化，为小 酵母菌、霉菌、蕈菌等 型真核生物
植物界 细胞中具核膜与核仁的分化，为大型非运动真核生物 动物界 细胞中具核膜与核仁的分化，为大型能运动真核生物 二、蕈菌的分类和鉴定方法
分类学的任务是分类(classification)、鉴定(identification)和命名(nomen-clature)。一个
科学的分类系统需经过有关个体的资料统计、思考和归纳，并为学者所认可和采用。鉴定是一个从一般到特殊或从抽象到具体的过程，要通过一定规则观察和描述一个未知纯种蕈菌的各种性状特征，然后查找对应的模式株分类系统，以达到对其分类和命名的目的。这期间新发现的蕈菌命名也在其中。
（一）、分类学的规则
分类就是遵循分类学原理和方法，对生物的各种类群进行命名和等级划分。近代分类学诞生于18世纪，它的奠基人是瑞典植物学家林奈（Linnaeus，1707～1778年）他建立了双名制的学名。
双命名法包括属名和种名，第一部分是属名，指明生物归属；第二部分是种名。林奈双命名法提供了一个通用系统，避免了地球上不同地方和区域的命名的不同。地属名在前，字首大写，种名在后，字首小写。有时在种名后还有附加部分。属名规定了蕈菌的主要形态特征和生理特征等，而种名往往补充说明蕈菌的颜色性状和用途等次要特征。种名是由一个特征性形容词组成，属名为名词或用作名词的形容词(单数形式组成，字首大写)。相比之下，特征性形容词字首不大写。特征性形容词或是形容词必须在语法上与属名一致。为利于鉴别，物种的命名必须准确而完整，应该引用第一位命名者的名字，这样才能便于日期的核对。当属名或种名被改变了而仍保留它的名字或特征性的描述，则原命名者必须用圆括号括起，在后面写上更改者的名字：Sacchromyces (Meyen) Reess，Aureoobasidium pulluans(de Bary)Arnaud。一个属或种(包括种下单元)只能有一个学名，一个学名只能用于一个对象(或种)，如果有两个或多个对象者，便是“异物同名”，必须用于其中核定最早的命名对象，而其他的同名对象则另取新名。
学名=属名+种名加词+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份 斜体字 正体字（一般省略）
当描述一个物种时，可通过收藏株中某一培养物来描述该物种名所指的最原始培养物，
称作主模式株，其他培养物称为补模式株。命名一个新的蕈菌，要用拉丁文名称。一个收藏菌中的某一种菌有时会死掉或它的表观型发生变化，可由类似于原始培养物的另一种培养物代替原始培养物，该培养物称为新模式株。
近代菌物分类体系通常包括七个主要层次：界、门、纲、目、科、属、种。种（物种）是基本单元，近缘的种归合为属，近缘（性状相似）的属归合为科，相似的科归为一目，相似的目归为一纲，纲隶于门，门隶于界。随着研究的进展，分类层次又有增加，如亚纲、亚目、亚科、族(介于亚科和属之间)、亚种等。“种”(species)是该体系的基本单元，由有着共同祖先(其类似的行为，近似的遗传特征)的菌物组成，在外界环境条件的不断自然选择过程中，逐渐区别于其它蕈菌。
特征对比是分类的基本方法。所谓对比是异同的对比：“异”是区分种类的依据，“同”是合并种类的理由。分析分类特征，首先要考虑反映共同起源的共同特征。
一个菌物种类可以划分为亚种、变种或型，这些构成了物种的亚结构。亚种、变种和型的名称属名及其后依次为特征性形容词，次要性状形容词。如果一个种被划分为两种或更多的次种或变种，具有这一典型的一类物种应用特征性形容词表明。
当某种蕈菌是一个亚种(subspecies，简称“subsp．”)或变种(variety，简称“var．，是亚种”的同义词)时，学名就应按三名法拼写，即
学名=属名+种名加词+符号subsp．或var．+亚种或变种的加词 斜体字 正体字（可省略） 斜体
分类学同其他学科规则一样具有专门术语。一个经常用术语是型（type），它有好几种意思。其一是表观型，一种表观型也许是一个菌物的许多可测量特征或显著特征，例如，群体培养表观形态，涂片颜色，酶的产生、发酵产糖能力以及其他。相比之下，一个个体所有遗传密码（基因）组成了它的基因型。基因不能直接判断出来但可以通过表观型的表达得以