》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23
区别于对象（objects）。控制面板的菜单选项对原子选择和对象是不同的，因为两者的功能有
微小的差别。选择是建立在对象下的一组数据的指向，当删除对象，数据就不再可用，任何指向这些数据的选择也都不再可用。但是当删除选择，数据仍然可用。Disable对象是从viewer显示中删除它，而disable选择仅是关闭viewer中高亮显示选择的粉红点。
原子选择无论命名与否，都能跨越多个对象： PyMOL>load fc.pdb PyMOL>load pept.pdb
PyMOL>select alpha_c,name ca #选择包括了两个对象中的原子 PyMOL>color red,name ca
原子选择在分子结构改变后仍然奏效： PyMOL>load pept.pdb
PyMOL>select bb,name c+n+o+ca
PyMOL>count_atoms bb #bb中数有52个原子
PyMOL>remove resi 5 #从对象中删除残基5中的所有原子 PyMOL>count_atoms bb #现在bb中数有48个原子
原子选择是静态的（static），选择所包含的原子仅仅是选择被定义时刻存在的原子，而不包括其他，即使是在选择范围内后来被载入的原子也不行:
PyMOL>load pept.pdb
PyMOL>select 007,pept #创建选择“007”包括所有的原子 PyMOL>count_atoms 007 #“007”中数有107个原子 PyMOL>h_add #PyMOL在合适的位置加氢 PyMOL>count_atoms 007 #“007”中数有107个原子
PyMOL>count_atoms #而“pept”中却数有200个原子
原子选择能够被后面的原子选择利用：
PyMOL>select bb,name n #选择“bb”包含所有氮原子
PyMOL>select cc,bb or name o #选择“cc”包含所有氮原子和氧原子 注意：逻辑运算符“or” “and”的含义等同于代数中的“或”“且”。
3) 单字（single-word）选择符
最简单的selection-expression是单字选择符，这些选择符没有标识符。 单字选择符 缩略选择符 描述 all * 当前载入PyMOL的所有原子 none none 没有原子,空选择 hydro h. 当前载入PyMOL的所有氢原子 山东大学 生命科学学院 lswang lab
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从Protein Data Bank HETATM records中载入的所有原子 visible v. 至少有一种可见表示形式的enabled对象中的所有原子 present pr. 当前状态下有确定坐标的所有原子（用于创建动画） 选择符none在向PyMOL直接输入命令时不会出现，但在程序脚本中十分有用。 单字选择符有缩略形式，一些缩略词后必须跟着圆点或空格，用来界定字符。缩略词和长字符等效，选择你自己喜欢的形式即可：
PyMOL>co