》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23
5) 简单回顾
至此，应该能够完成如下任务： ? 载入PDB。
? 旋转、平移、缩放图像。
? 调整前截面和后截面，以便更清楚地观察分子的切片图。 ? 改变任何感兴趣的原子为选旋转中心。
二、 命令行操作入门
此部分介绍典型常用的命令，命令语法的详细内容见《PYMOL命令》 。 PYMOL语言是事件敏感的（case-sensitive），但是前一个事件不能应用到当前的命令中，所以谨记一定要对下一个事件输入必要的命令。 1. 记录结果
当在PYMOL上操作时，如果想记录下完成的操作步骤，可创建一个日志文件（log-file）： 语法
log_open log-file-name 例如
PyMOL> log_open log1.pml
无论是输入的还是点击的命令都会记录在log-file中。文件扩展名是“.pml”，这样可以把文件作为脚本在新会话中打开。
输入log_close命令可以停止记录，如果不输入此命令，日志文件会一直记录存盘直到关闭PYMOL。
如果仅想保存PYMOL当前的状态而不关心操作步骤，可创建一个会话文件（session-file）。 2. 载入数据
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从文件中载入PDB，命令如下 语法
load data-file-name 例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb 命令输入后，PYMOL会打开读取“pept.pdb”，创建并命名相应的对象，在Viewer中显示图像并在控制板中添加对象。
默认状态下，PYMOL会在文件读取后命名对象，当然也可以重命名对象: 语法
load data-file-name,object-name 例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb #对象命名为“pept” #文件扩展名不会出现在对象名中
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #对象命名为“test” （“#”是注释标志，在命令行中，#后输入任何信息都不会被PYMOL读取）
上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词，它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数，这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。一般而言，参数对关键词来说仅提供运行命令需要的信息。
3. 操控对象(manipulating object)
对象的操控既可用鼠标，也可用命令。例如，改变默认的表示形式（representation）lines到sticks，首先删除lines然后显示sticks：
语法
hide representation hide representation 例如
PyMOL>hide lines #以lines显示的对象消失 PyMOL>show sticks #以sticks显示的对象出现
其他的表示形式还有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes和surfaces等（见“表示形式”）。
当用命令show时，新的表示形式出现，但原来的表示形式不消失，非常恼人，可用下面的命令解决这个问题：
语法
as representation 例如
PyMOL>as sticks #不论原来显示多少种表示形式，命令后只显示sticks一种
在显示有配体存在的对象时，有时显示不出配体，可通过下面方法解决： 例如
fetch 1biw #载入对象1biw，它有一个配体 as cartoon #配体存在但却没被显示
然后通过鼠标操作，点击内部GUI的S菜单 > organic > spheres，就可以看到配体了。
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1) 原子选择
原子选择（atom selections）可以操控分子中一部分原子或化学键。PyMOL精于对原子或
残基的选择、分组和命名。你可以只用一次选择，也可以重命名以便再次使用。例如你可以缩放（zoom）选择的“on the fly”：
语法
zoom selection-expressions #选择原子进行缩放 例如
PyMOL>zoom resi 1-10 #resi是选择符
#选择氨基酸残基 #给出PDB序列号 #“1-10” 是标识符
Selection-expressions可以是单个词也可以是长复杂句。一个Object-name也可能是
selection-expression。默认的selection-expression是all，即当前载入的所有原子。如果命名选择，你将能够操作它任意次。对象（object）和选择（selection）的名字可以是大小写字母（A/a到Z/z）、数字（0到9）和下划线（_），下面的字符是不可以的：
! @ # $ % ^ &* ( ) ' \首先，命名选择： 语法
select selection-name,selection-expression 例如
PyMOL>select boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为“boy007” 然后使用这个名称： 语法
zoom selection-name
hide representation,selection-name show representation,selection-name 例如
PyMOL>zoom boy007
PyMOL>hide everything,boy007 PyMOL>show spheres,boy007
当创建一个selection-name后，PYMOL会在控制面板显示出，以便利用面板里的控制功能（见“PYMOL命令”）。
命名的选择（named-selection）如“boy007”和PYMOL的对象（object）是有本质区别的。当载入文件时PYMOL创建object-name用来盛放数据，而选择是指向一组数据的方式。为了区别selection-names和object-names，在控制面板里selection-names用括号括起来。当删除了selection-name，在object-name下的数据仍然存在，但这些数据不再以selection组织起来。相反，当删除了object，必须重新载入数据才能再进行相关操作。
语法
delete selection-name delete object-name 例如
PyMOL> delete boy007 #boy007消失，object仍在
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PyMOL> delete pept #“pept”里的所有原子和化学键都消失了
2) 对象和选择的着色
你可以对selections和objects应用不同的颜色。在settings/colors菜单里有预定义的color-names，也可以在控制面板里进行颜色选择。（更多颜色命令见“设置”部分）
语法
color color-name #整个object被着色 color color-name,selection-expression #selection被着色 例如
PyMOL>color white PyMOL>color orange,pept PyMOL>color green,resi 50+35+56 PyMOL>color yellow,resi 24-35 PyMOL>color blue,boy007 PyMOL>color red,ss h
PyMOL>color red,ss s PyMOL>color green,ss l+’’
最后三个例子中ss是二级结构的选择符，h表示helix，s表示beta sheet，l+’‘表示loops和非特定结构。
3) 对象和选择的on/off
PYMOL可同时呈现多个对象。disable和enable命令可以消除对象的显示，但仍能够通过命令控制它的属性。
语法
enable object-name 例如
PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/fc.pdb PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb
PyMOL>disable pept #pept完全从viewer中消失
PyMOL>color yellow,name c+o+n+ca #在fc和pept中的主链原子都被着为黄色，但是pept的原子仍然是不可见的。
PyMOL>enable pept #pept原子可见了并显示为黄色 通过disable命令可以删除命名选择时出现的粉红点（pink dots）： 语法
disable selection-name 例如
PyMOL>select bb,name c+o+n+ca #选中的原子在viewer中以pink dots显示
PyMOL> disable bb #pink dots消失，命名选择“bb”仍可见 PyMOL>color red,bb #仍然可以操控 “bb”
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