卷四）。但是黄宗羲又是头脑清醒、面对现实的思想家，他并不主张立即原原本本地尽复旧制，而是力图以西周、汉唐制度中的某些合理成分，调整弊端百出的宋明制度。他针对明代弊政，提出恢复宰相制度和学校议政制度，设置相对独立的边镇等，以改革过度集权的政治体制，防止宦官专政。
明清之际，人们普遍把辅臣无权视为明代弊政和亡国之因。黄宗羲在《明夷待访录·置相》中尖锐地指出：“有明之无善治，自高皇帝罢丞相始也。”他认为废除宰相制度有三大弊端；一是君主更加轻视群臣，使君臣之间形同主奴。二是不能补救君权传子之弊。宰相既罢，天子之子一不贤，更无与为贤者矣。”三是朝政尽归于宦官。明代阉党之祸尤为酷烈的根源在于罢相，而相权落人宦官手中。黄宗羲主张恢复宰相制度，由宰相、公卿、谏官与天子公议朝政，从而排除宦官专政的可能性。
在中央与地方的关系上，黄宗羲主张参行郡县和方镇两种体制。他又认为?自三代以后 ，乱天下者无如夷狄也”。边疆民族频频侵扰乃至入主中原，“则是废封建之罪也”（《明夷待访录未刊文·封建》）。但“今封建之事远矣，因时乘势，则方镇可复也”。他认为唐朝就是因为方镇太弱造成的。他又分析了封建与郡县的利弊，指出：“封建之弊，强弱吞并，天子之政教有所不加；郡县之弊，疆场之害苦无已时”。为了兴利除弊，巩固边防，他认为“欲去两者之弊，使其并行不悖”，则沿边之方镇最为可取。具体做法是：在边疆各地仅设方镇，“田赋商税，听其征收，以充战守之用；一切政教张弛，不从中制；属下官员亦听其自行辟召，然后名闻”。凡按时期贡，治理有方者，“许以嗣世”。(《明夷待访录·方镇》）。所谓方镇，实质是享有自主权、近乎封君的地方行政实体。
如果说恢复和加强宰相、方镇权力是为了调整帝王与朝臣公卿、封疆大吏的政治关系和权力配置用， 完善和加强学校的职能，就是为了强化舆论制约，调整朝廷与在野士大夫的关系。
宋代以后，君权日趋绝对化，谏议机制的功效大大削弱。宋制与唐制相仿，而其机构与职官往往形同虚设，谏官的职能也进一步向监察百官偏移。至元、明、清，干脆取消了专职谏议机构及相应的言官。在这种情况下，许多人主张仿效古制，完善谏议制度。黄宗羲则集其大成，设计了学校议政的制度。
在《明夷待访录·学校》中，黄宗羲主张天子“公其非是于学校”。他认为，学校议政是圣王之制。在三代，人们可以在学校评议朝政，“天子之所是未必是，
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天子之所非未必非，天子亦遂不敢自为非是，而公其非是于学校”。为充分发挥学校议政职能，黄宗羲主张实行学校议政制度，即学官由国家任命改为公议推举，学校定期评议政治，天子百官必须接受舆论监督。在他的政治设计中，提出建立两个具体制度：一是天子定期亲临太学听谏制度。每月初一，天子率宰相、六卿、谏官到大学，以弟子身份听祭酒讲学。祭酒有权批评朝政，“直言无讳”。这项改革的目的是将历代帝王听讲学、纳谏诤、采舆论的做法制度化，并进一步提高学校地位，扩大其议政职能。 二是地方官定期接受士绅批评制度。伐鼓号于众”。这项改革的目的是充分发挥士大夫群体的清议作用，强化对地方官的舆论监督。
黄宗羲将历代君主政治中的积极因素，诸如乡校议政、群臣谏议、处士横议、太学生于政、书院说论、士大夫清议及帝王听讲经书、采纳民意之类，加以集粹并力图使之制度化、经常化。其中太学祭酒、郡县学官由士人公推，由他们代表民意的设想内蕴着某些近代民主因素。但是，他没有设想：如果议而不纳，谏而不改，帝王和官僚一意孤行，又当如何处置？采取什么样的政体、规范和程序，制衡最高统治者，使其不得违反公议和民意？因此，黄宗亲的政治设计仍属于谏议范畴，与近代民主政体不能同日而语。
(三)“重定天下之赋”与工商皆本
在君主制度下，土地和赋税问题是关系到君民关系、政治稳定和国计民生的大事。黄宗羲认为秦汉以来，无论田制、税法都存在弊端，从而导致民生困苦，他主张改革田制，重定税法，实行“工商皆本”，以减轻民众负担，发展经济。
黄宗蒙认为：“古者井田养民，其田皆上之田也。自秦而后，民所自有之田也。上既不能养民，使民自养，又从而赋之，虽三十而税一，较之于古亦未尝为轻也。