crystalmaker教程

注意,默认情况下,相对于晶体模型,这个晶面会居中。米勒指数定义了晶面的相对位向,而非绝对位向。接下来,我们研究在结构中拖动这个晶面。.

3.Fit Through Points显示通过指定原子的晶面:

选择晶面要通过的原子;使用Transform > Lattice Plane > Fit Through Points命令,最佳位向会计算出来并显示。

4.Distance from plane 计算所选原子到晶面的距离

八. Transform —>Slice mode

部分晶体切片

用户可能需要隐藏显示晶面的一侧的结构。Transform > Slice Model可以使晶面上部分的原子加亮;也可以选择隐藏这部分原子、剩余原子或者取消。

如果想要显示一个比较大的表面,在对晶体切片以前,需要重设原子范围。

九. Transform —>Calculate angle 计算晶面/平面间角度

在Crystalmaker中,使用Transform > Calculate Angle可以使用Calculate Angle命令测量晶面间或晶面和晶向间的角度。 1. 晶面和晶向间的角度

(1) 在direction1中输入100,选择它为Lattice Vector,这样Direction 1现在代表了[001]

晶向;

(2) 在Direction 2中输入001,选择它为Plane Normal,这样Direction 2现在代表了(111)

晶面;、

(3) 晶面和晶向间的角度会显示在对话框下面;

(4) 点击Calculate按钮,计算的角度会显示在Log中。

37

2. 计算结构中两个晶面族间的角度: (1) 选择一个晶面族内的原子;

(2) 选择Transform > Lattice Plane > Fit Through Points命令,显示最佳位向;

(3) 在Direction 1的下拉菜单中选择Use Displayed Lattice Plane(使用设置的晶面)命令; (4) 在Direction 2的下拉菜单中,选择Use Displayed Lattice Plane。 (5) 连个晶面间的角度会显示在对话框下面;

(6) 点击Calculate按钮,计算的角度会显示在overview窗口的Log中。

注意:使用

工具,可以对把晶面沿与其平行的方向进行移动。

十. Transform —>Calculate formula&density 计算占位率和密度

使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子的占位率及密度。

十一. Transform —>Calculate porocity 计算不同类型原子所占的空间比率

38

使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子的空间比率情况。

十二. Transform —>List atom types 列出原子类型信息

使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子类型及数量。

十三. Transform —>List bonds 列出化学键信息

选择Transform > List Bonds命令,可以使用化学键搜索,获得特定原子周围的具体信息,出现对话框如下:

1. Define bond search 定义化学键搜索范围

From Each Selected atom选项,列出选定原子周围的化学键; From element选项,列出特定原子类型所有位置周围的化学键; From site选项,列出特定位置周围的化学键。

2.Search range 从原子中心指定化学键搜索范围。 3.Output options 选择输出方式:

Full output选项,列出原子类型、位置坐标以及邻近原子距离等信息; Distance only选项,列出特定原子周围一定范围内的原子数; Histogram选项,列出原子信息的直方图

4.点OK按钮可以在overview窗口的log中显示结果。

39

十四. Transform —>List coordinates 列出坐标信息

使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中各个原子的小数坐标和正交坐标。

十五. Transform —>Generate bonds at file import 在导入文件中生成化学键

Transform —>Generate bonds now 生成实时化学键

使用该命令可以在overview窗口的log中显示晶体中化学键的数目。

十六. Transform —>Define supercell 定义更大范围的单胞

设置xyz各个方向包括的单胞数目即可。

十七. Transform —>Discard symmetry 删除对称性

十八. Transform —>Crystal to molecule 晶体到分子的转化Transform —>Molecule to crystal 分子到晶体的转化

十九. Transform —>Diffraction pattern 衍射形式

Ⅶ.Window子菜单

主要设置crystalmaker的操作界面

40

联系客服:779662525#qq.com(#替换为@)