LaTeX撰写博士学位论文经验
昨天，终于收到了图书馆发来的确认信，我的博士论文电子版通过了审核。在此之前，打印版早就上交到了学校，一切顺利。这个时候，自己终于有想法来写这么一个日志，将用LaTeX撰写博士学位论文的经验分享给大家，特别是华中科技大学的师弟师妹们。 LaTeX学起来并不难，一些基础的资料，如《一份不太简短的LaTeX2ε介绍》。假设你已经认真看过了上面这个简单的教程，再加上这篇文档，相信你能够写出一篇漂亮的华中科技大学博士学位论文！
首先感谢刘慧侃老兄，建立了华工的LaTeX博士学位论文模板，我就是从这个模板开始写作。目前最新的版本是2.0，可以从SF下载。模板的使用教程可以在打包的下载文件中找到，就不再复述，而仅列出在此模板基础上的一些改变或经验：
1.对cls文件的修改
（1）搜索“\\@hangfrom{#1~~}#2”，将此句用“%”符号注释，防止出现模板默认的图注悬挂缩进。进行这个设置，是为中英文双语的图注做准备。如果不希望加入英文图注，可以不进行此修改。
（2）搜索“设置标题前后间距”，将接下来的两句都注释掉，即不再设置前后间距。将统一的间距设置取消，同样是为中英文双语图注做准备。否则可不做修改。
（3）搜索“\\renewcommand\\normalsize{\\fontsize{12pt}{18pt}\\selectfont}”，将“18pt”改成“21pt”，即增加行间距。我赶紧这样更美观~可不是为了增加页数啊-_-! （4）搜索“\\setlength{\\parskip}{0pt plus2pt minus1pt}”，将其改为“\\setlength{\\parskip}{0.5\\baselineskip}”，目的是增加段落间的距离，差不多等同于word中段前空0.5行的设置。
（5）搜索“\\parbox[t][5.7cm][t]{\\textwidth}”，将其中的“5.7cm”改为“4.5cm”。否则英文封面将会被排成2页。
2.对cpx文件的修改
（1）搜索“\\newcommand{\\abstractname}{摘\\hspace{1em}要”，在“要”字后加“\\footnote{本课题得***}”，即在摘要标题中加入资助信息。本来想把这个加在acknowledgement里面，但老板非要我加在摘要中，只有出此下策。
（2）搜索“\\newcommand{\\HUST@denotation@name}{符号对照表}”，将“符号对照表”换成“英文缩写名称一览表”——这又是老板的主意。
（3）搜索“\\newcommand{\\HUST@publication@title}{攻读学位期间发表的学术论文}”，将“攻读学位期间发表的学术论文”替换成“攻读学位期间的主要成果和奖励”——号称所获奖励、专利和软件著作权都是可以写上去的。
3.对cover.tex文件的修改
（1）搜索“\\eassosupervisor”，在该命令之后插入 “\\edate{December, 2010}”。如果不加入这个命令，自动生成的命令将是编译成PDF的时间，而不是答辩时间。
4.对main.tex的修改
（1）增加“\%usepackage{makecell}”。目的是在表格的单元格中建立cell，方便换行。 （2）增加“\%usepackage{afterpage}”。目的是立即处理浮动对象。如果图片太多，有必要使用这个命令，防止图片与引用它的正文距离太远。
（3）增加“\%usepackage{multirow}”。目的是进行复杂的表格排版，具体可以在google上检索该宏包的说明。
（4）增加“\%usepackage{CJKfntef}”。目的是可以给汉子加下划线。
（5）增加“\%usepackage[perpage,symbol*]{footmisc}”。目的是将脚注的正文引用处变成“*”号。这里是出于无奈，因为仅仅摘要的脚注使用*号，在“chap01.tex”的一开始，需要插入“\\renewcommand{\\thefootnote}{\\arabic{footnote}}”，将脚注符号再次换成阿拉伯数字。
（6）“\\includeonly{ }”命令的使用。由于整个博士论文很大，为了加快速度，往往只编译当前章，比如“\\includeonly{data/chap02}”。 （7）搜索“\\frontmatter”，在其后面插入“\\pagenumbering{Roman}”，确保正文之前，使用大写罗马数字作为页码。
（8）“\\newpage”命令的使用。每一章（包括中英文摘要、目录、致谢、参考文献等）的第一页的页码都应该是奇数。所以在全文撰写后，需要用这个命令增加空白页。
5.图形的插入
图形的插入本来很简单，但由于老板要求加入中英文图注，所以就麻烦了。上网找了不少解决方案都不行，所以就自己摸索了。这个方法需要预先在cls文件中进行两处修改，去除默认的格式设计。
（1）插入简单的图（只有一行图注）
\\begin{figure}[!htbp] \\centering
\\includegraphics[width=10cm]{Fig_ch01_neuron.eps} \\caption{神经元的典型结构（引自维基百科）}
{\\dawu Fig.\\thefigure~~The typical structure of neurons (from Wikipedia)} \\label{fig:ch1:neuron} \\end{figure}
“\\caption”命令给出中文图注
“{\\dawu Fig.\\thefigure~~***}”中给出英文图注。其中，“\\dawu”指定英文字号为大五，否则中英文字号会不一致；“Fig.\\thefigure”给出当前figure的编号，比如Fig.2.1。
（2）插入复杂的图（有多行图注）
\\begin{figure}[ht] \\centering
\\includegraphics[width=15cm]{Fig_ch03_ccdtditest1.eps}
\\caption{TDI-CCD 对消除运动模糊失真的测试。}
{\\dawu （A）微电路板的成像结果。（B）灰度分布曲线，其位置已用虚线标注在（A）图中。}\\\\ {\\dawu Fig.\\thefigure~~Performance test of TDI-CCD for eliminating the distortion resulting from motion blur.}\\\\ {\\dawu (A) Imaging result of micro circuit board. (B) Profiles of pixel value along the dashed lines in (A).} \\label{fig:ch3:ccdtditest1} \\end{figure}
这幅图的图注过长，很明显会超过一行，所以三次使用了“{\\dawu ***}”这个命令。在前两个命令后面，还加上了“\\\\”用于换行。这个方法的缺点是，需要根据实际排版情况来寻找断句的地方，常常需要反复编译，以获得最佳的效果。一种有效降低劳动量的方法是尽量减少图注中的字数，复杂的内容都放在正文中去解释。
（3）图的准备
默认的编译过程可以在“msbuild.bat”文件中找到，编译其实就是去执行这个批处理文件。编译有6步，即“latex ->bibtex->latex->gbk2uni->latex->dvipdfm”。所以，先是生成DVI文件，再转成PDF，需要使用eps格式的图片。
我博士论文中所有的图都是用MS Visio画，或者排版。Visio中并不能直接导出eps图像，有两种方法可以做到这一点：（a）先打印成pdf，然后在adobe acrobat中进行裁剪，裁剪结果另存为eps；（b）先另存为常用图像格式（比如JPG），然后用adobe acrobat转成pdf，最后在导出为eps。在打印pdf或保持成JPG时，一定要注意调整分辨率为150~300DPI。主要使用方法a，当图片中出现透明色，就必须使用方法b，因为visio中透明色打印成pdf时显示为网格（丑啊）。 事实上，博士学位论文是可以pdfLaTeX编译的，这样可以直接使用JPG图像，感兴趣的可以去试试。
（4）另外一些经验
对于博士学位论文排版，非常害怕出现很大的图，这样会严重影响自动排版的质量。如果这种图的使用无法避免，就尽量用一些命令去控制，比如“\\afterpage”。否则，会出现每一章的末尾堆上很多图，图与引用位置间的距离太远（一般控制在同一页，或相邻页）。
推荐使用微软雅黑作为绘图时的字体，效果最好。
为了保证所有图中的线宽和字号统一，需要特别注意。对于Visio绘图，将图插入论文中后不断调整直到得到合适宽度。记下这个宽度，然后回到Visio中，将图中元件组合，再缩放该图到此宽度。这样获得的图，不会在PDF发生放大或缩小，字号和线框当然会统一。
Matlab中获得的线图可以保存为图元文件（矢量图），然后再插入Visio中编辑。 对于照片（显微镜图像或系统实物图等），尽量将图像的对比度调高一些，否则打印出来后看不清楚。
普通的图做成灰度图，好的实现结果做成彩图，尽量放在连续的几页中。因为，可以把这些好结果打印成彩色，彩打很贵，而且能省则省。
6.表格插入 举一个例子如下：
\\begin{table}[!htbp] \\centering
\\caption{\\label{tab:methods}鼠脑成像方法} {Tab.\\thetable~~Brain imaging methods\\vspace{11pt}} \\begin{tabular}{cccccccc} \\toprule
\\multirow{2}{*}{数据获取方法} & \\multirow{2}{*}{成像对象} & \\multicolumn{2}{c}{分辨率 ($\\mu{}m$)} & \\multirow{2}{*}{样本尺寸} & \\multirow{2}{*}{\\makecell{数据\\\\配准}} & \\multirow{2}{*}{\\makecell{自动化\\\\程度}} & \\multirow{2}{*}{成像方式}\\\\ \\cline{3-4}
& & 横向 & 轴向 & & & &\\\\ \\midrule
\\makecell*{Allen 脑图谱\\\\获取方法\\cite{Lein2007}} & 切片 & 0.2 & 40 & 全脑 & 否 & 手动 & 明场/荧光\\\\
\\makecell*{ATomo\\cite{Micheva2007}} & 切片 & 0.2 & 0.05 & 脑块 & 否 & 半自动 & \\makecell*{明场/荧光/\\\\电镜}\\\\
\\makecell*{数字鼠数据\\\\获取方法\\cite{Bai2006}} & 切片 & 0.5 & 200 & 全脑 & 是 & 自动 & 明场/荧光\\\\
\\makecell*{TPTC\\cite{Ragan2007}} & 浅层 & 0.3 & 0.6 & $>$6 $mm$ & 是 & 自动 & 荧光\\\\ \\makecell*{AOH\\cite{Tsai2003}} & 浅层 & 0.3 & 1 & 脑块 & 是 & 自动 & 荧光\\\\ \\makecell*{UM\\cite{Dodt2007}} & 浅层 & 10 & $>$10 & 全脑 & 是 & 自动 & 荧光\\\\
\\makecell*{OPT\\cite{Sharpe2004}} & 透明完整样本 & 5--10 & 5--10 & 1--10 $mm$ & 是 & 自动 & 明场/荧光\\\\
\\makecell*{MRI\\cite{Dorr2008}} & 完整样本 & 32 & 32 & 全脑 & 是 & 自动 & --- \\\\ \\bottomrule \\end{tabular} \\end{table}
其中，“\\caption{}”中为中文表注，“{Tab.\\thetable~~***\\vspace{11pt}}”为英文表注。11pt的纵向距离是必要的，否则英文图注和表格间的距离太近，影响美观。
“\\multirow”和“\\multicolumn”命令可以合并单元格，google一下就清楚用法了。 “\\toprule”和“\\bottomrule”画粗线，“\\midrule”画细线，即所谓的三线表。 “\\makecell*{string1\\\\string}”命令构建一个cell，方便内容在单元格内换行，换行的位置用“\\\\”命令控制。“\\makecell”命令对于排版很宽的表格非常有用。
排版的结果如下：
7.参考文献插入
我的做法是Endnote做文献管理。在Endnote中编辑好所有文献，保证文献信息的统一。我的文献风格如下：
[5] Snyder E Y, Yoon C, Flax J D, et al. Multipotent neural precursors can differentiate toward replacement of neurons undergoing targeted apoptotic degeneration in adult mouse neocortex. P Natl Acad Sci USA, 1997, 94(21):11663–11668.
作者名字缩写为Snyder E Y，仅列出3人。期刊名使用ISO标准的缩写，比如P Natl Acad Sci USA。然后，还要给每篇文献加入唯一的Label，比如上面这篇文献的Label为Snyder1997。最后，建议删除endnote中记录的无关内容，比如abstract、note、keywords、address等。 LaTeX使用BibTeX管理文献，endnote提供了可以输出为BibTeX格式的style，称为BibTeX Export。输出结果可以直接粘贴到“\\ref\\refs.bib”文件中，比如：
@article{Snyder1997,
author = {Snyder, E. Y. and Yoon, C. and Flax, J. D. and Macklis, J. D.},
title = {Multipotent neural precursors can differentiate toward replacement of neurons undergoing targeted apoptotic degeneration in adult mouse neocortex}, journal = {P Natl Acad Sci USA}, volume = {94}, number = {21}, pages = {11663-11668}, year = {1997} }
如果引用的位置为网页，可以直接在bib文件中插入以下类似内容：
@MISC{wwwbrainmap,
note = {http://www.brain-map.org}, }
8. 攻读学位期间的主要成果和奖励
对于不仅有论文的同志，可以按照下面这个格式来写：
\\begin{publications}
\\item “高分辨数字人体三维结构数据集的构建与可视化”获得~2006 年湖北省科技进步奖一等奖. 主要完成人: 骆清铭, 刘谦, 龚辉, 鲁强, 曾绍群, \\CJKunderline{李安安}, 徐国栋, 陈华, 韩道, 张杰, 熊小飞.\\\\
\\item *** \\begin{center}
\\textbf{\\sihao 发表的学术论文\\\\} \\end{center} \\setcounter{enumi}{0}
\\item \\CJKunderline{Li A A}, Gong H, Zhang B, Wang Q D, Yan C, Wu J P, Liu Q, Zeng S Q, Luo Q M. Micro-optical sectioning tomography to obtain a high-resolution atlas of the mouse brain. Science, 2010, 330(6009):1404-1408.（第一单位：华中科技大学） \\item *** \\begin{center}
\\textbf{\\sihao 申请或授权的专利和软件著作权\\\\} \\end{center} \\setcounter{enumi}{0}
\\item 骆清铭, 张斌, \\CJKunderline{李安安}, 龚辉, 王冰然. 一种小动物全脑标本的制备方法, 发明专利申请号~200810306435.3.
\\item *** \\end{publications}
说明：论文的格式和“参考文献”的格式基本一致，但有必要列出所有作者名单。 9.盲审
盲审很无聊，不仅评审人很容易判断论文的作者是谁，而且评审人的名字需要填在毕业前的一大堆表格中。不管怎样，需要按照形式来。我们最好重新建立 “coverM.tex”和“publicationsM.tex”两个文件，分别临时代替原文件。然后，去除所有出现的作者信息，导师信息。说白了就是一个空白的封面，以及没有作者信息的成果列表。另外，在盲审版本中不需要插入“致谢”。 盲审需要打印3本，交给研究生教务员即可。然后，就祈祷各位评审人动作快一点，快递别出啥差错。
10.其他注意事项 （1）中英文间的空格
比如这么一段：“由表~\\ref{tab:aerotech} 可知，$X$ 轴的运动行程最长，便于执行主切削运动，相比之下，$Y$ 轴和~$Z$ 轴的运动行程只有厘米量级。” 为了排版美观，中英文间应该有空格，英文部分与前面的中文间要加入“~”符号，与后面的中文间要加入一个真的空格。在这里，英文是所有阿拉伯数字、希腊字母、公式、拉丁字母等的统称，即凡是汉字以外的字符。但是，中文标点符号与这些元素间是不需要增加额外空格的。
（2）单位的特殊格式
对于单位、坐标轴等信息，我习惯用公式环境。比如微米写成“$\\mu{}m$”，X轴写成“$X$ 轴”。公式环境能够让这些元素在正文中突出显示，更加美观。
（3）双引号
我过去喜欢用``’’这四个半角字符实现双引号，但是它的效果没有直接使用“”这中文符号漂亮，感兴趣的可以去试一试。
（4）标题深度
虽然学校允许出现“2.1.3.1”这样的四级标题，但是还是建议标题只使用到三级，即不允许出现“\\subsubsection{}”这个命令。如果需要在三级标题下增加分割，建议使用“（1）”罗列，代替四级标题。
11.打印最终版本
结合盲审和答辩时反馈回来的意见，论文一般还需要修改。修改后，就要拿去打印了，这时候还是需要做一些事情。
（1）中文的封面不用担心，因为需要由打印人员临时制作彩色的封面。英文封面只占半页纸，背面应该保持空白。
（2）中文摘要、英文摘要、目录、缩写表、正文的每一章、致谢、参考文献、成果这8个部分的第一页都应该位于奇数页，也就是打开一本书的右侧。如果落在了偶数页码，就在“main.tex”的相应位置加上一个“\\newpage{}~”命令，注意“~”符号是必须的，这样可以额外增加一个空白页。
（3）需要准备两个版本的PDF，即页眉版和无页眉版。页眉就是每一页上面那两个横杠，以及“华中科技大学博士学位论文”这几个字。页眉版本打印时用普通的纸张，被作为博士学位论文的复印版本。无页眉版本打印时需要使用特殊的纸张，带所谓的“红头”，作为博士论文的原版，要放在学校图书馆收藏。我们可以很容易的切换两种版本的编译，当“main.tex”中的“\\documentclass[] {HUSTPHDthesis}”中包含“finalformat”选项时，获得是无页眉版本，否则为页眉版本。
（4）制作成PDF后，应该仔细检查，确认无误后拿去打印。虽然学校集贸市场旁边的论文打印中心很贵，但质量绝对是最好的。而且，结账的时候签实验室的单即可，不用付现金。一般打印7本，1本原版（红头）和3本交到学院，2本交给实验室（gong），自己再留一本。
12.没有解决的问题
有些问题我一直没有解决，因为不影响大局，也就没有再花时间去折腾。包括： （1）表格和图片浮动体内无法增加脚注 （2）visio打印成PDF时，透明色无法正确显示
（3）在“攻读学位期间的主要成果和奖励”中，“\\begin{publications}”后必须要跟“\\item”，否者会出错，这使得“所获奖励”小标题无法加入。
（4）无法计算文章字数。