》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23
PyMOL用户指南
目录
一、 鼠标操作入门 4(这个数字是超链接，ctrl+左键) 1. 启动4 1) 通过鼠标4 2) 通过命令行4 2. PyMOL窗口4 1) Virewer窗口4 2) 外部GUI窗口5 3. 下载PDB文件5 4. 操控视图6 1) 基本鼠标控制6 2) 虚拟滚动球旋转7 3) 移动截面7
4) 改变旋转中心点8 5) 简单回顾9
二、 命令行操作入门9 1. 记录结果9 2. 载入数据9
3. 操控对象（Object）10 1) 原子选择11
2) 对象和选择的着色12 3) 对象和选择的on/off13 4. 改变视点13 5. 保存工作14
1) 脚本和日志文件14 2) 图像文件15 3) 会话文件16 6. 命令行快捷键16
1) 用TAB键完成命令16 2) 用TAB键完成文件名17 3) 自动推理17 7. 其他命令和帮助17 注：页面背景和页脚的图像分别是1GCL、111D的cartoon显示 山东大学 生命科学学院 lswang lab 1 / 42
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三、 命令句法和原子选择18 1. 语法18 1) 选择表达18 2) 原子选择命名19 3) 单字选择符 4) 属性选择符20 5) 选择代数22 6) 宏指令23
2. 从PyMOL中读取Python 24
四、 卡通表示25 1. 背景25 1) 可达性25 2) 美化和精确26 2. 定制化28 1) 卡通类型28 2) 精美螺旋31 3. 二级结构归属32
五、 光线追踪33 1. 重要设置33 2. 保存图片34
六、 立体效果34 1. 支持的立体模式34 2. 制作立体图片34 3. 相关命令34
七、 动画35 1. 概念35 2. 重要命令35 1) Load 2) Mset 3) Mdo 4) Mmatrix 3. 简单举例36 4. 复杂举例36
5. 预览ray-traced动画图片37 1)
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2) mclear
6. 保存动画37
八、 高级鼠标控制37
1. 选择原子和键 37 2. “pk”原子选择的应用举例38
3. “lb”和“rb”选择 38 4. 构象编辑 38
九、 晶体应用38
1. 晶体对称性38 1) Load 2) Symexp
2. 电子密度图39
1) Load
2) Isomesh和isodot
十、 汇编图形对象（CGO）和Molscript ribbons 40
1. 简介 40 2. Molscript ribbons 40
1) Load
2) Using Molscript 3. 创建CGOs 41 4. CGO参考 41
NOTES:
? 本教程以PyMOL user’s guide为蓝本翻译而来，并引用了其他资料。 ? 本教程只介绍PyMOL在windows系统下的应用
? 本教程以edu1.1版本的PyMOL为准，大硬盘中有此软件
? 本教程是PyMOL的入门教材，故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解
? 如果你有疑问或者想深入研究，可通过输入命令help，查看《PyMOL命令》，登陆
PyMOLwiki（http://PyMOLwiki.org）或咨询他人等途径解决疑难 ? 本教程极少的命令可能在你的PyMOL上运行不了，大多是版本问题 ? 译者知识水平有限，可能有不当甚至谬误之处，敬请指正！ ? 本教程不断更新，最新版以文件名和页眉的日期为准。
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一、 鼠标操作入门
1. 启动 1) 通过鼠标
打开开始菜单，在程序或所有程序中找到PyMOL并单击。
2) 通过命令行
在Windows下，打开文件和脚本有多种命令选项。 一般地，在“运行”或“命令提示符”中输入：
c:\\program files\\delano scientific\\PyMOL\\PyMOLwin.exe 如果PyMOL没有按默认路径安装，那么就输入正确的驱动器名和路径。 2. PyMOL窗口
PyMOL一般打开两个窗口：Viewer窗口和外部（Tcl/TK）GUI窗口。如下图所示：
PyMOL的两个窗口
GUI是图形用户界面（Graphical User Interface）的缩写，由菜单、按钮、正文框和其他小工具构成。PyMOL默认有两个GUI：内部GUI在Viewer窗口内显示；外部GUI在它自己的窗口显示。之所以这样的原因既烦琐又专业，但我们知道两个GUI最终会统一为一个界面。
1) Viewer窗口
PyMOL的Viewer是PyMOL系统的心脏。这是一个开放式图形语言（OpenGL）窗口，所有的3D图形在此展示，并且用户可直接操纵这些图形。
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