利用Powermaker V3.25构建进化树

1、 利用GenALEx软件将数据整成Powermarker格式，以文本方式保存。 2、 在Powermarker中File中新建并命名文件的名字；

3、 点击Dataset,出现对话框，导入1步中的文本，并选择Tab、Comma和Space； 4、 下一步，出现

点击ID，再点击Categorical,Type中第一个Maker会变成Categorical；在点击populations，再点击Categorical,Type中第二个Maker会变成Categorical； Level-1选择ID，Level-2选择populations. 5、 Step3 选择next（默认）； 6、 Step4 选择Finish；

7、 选中出现的数据，在点击Analysis中的Phylogeny----Compute Frequency 出现

刚才的Level-1是以ID聚类，即亚群聚类；选择Level-2是populations聚类；注意选中

空白框中的文件，并选中View result in PowerMarker;

8.submit后，点击Analysis中的Phylogeny----Frequency Based Distance 出现

白框中选中刚才文件. Frequency的文件，右边框选择聚类方法，例如Nei 1973，并选中View result View result in PowerMarker;submit。

9. 点击Analysis中的Phylogeny----UPGMA/NJ tree 出现

白框中选中刚才文件. Frequency.Nei1973的文件，右边框选择聚类方法，例如Neighbor-Joining Tree，submit。注：在此步之前，需要打开MEGA软件，这样运行后的

图才能出现。

10.在MEGA软件中可以对树形图进行调整，可以变成有根树形图，也可以变成圆形的树

形图。

中的树形图按钮，就可以变换不同的树形图。 11.对树形图进行编辑，

点击其

点击中的锤子键，可以再材料名称前加不同的图形，并图形可

以选择不同的形状和颜色。