生物化学(第三版)课后习题详细解答 上册 下载本文

习题

1.如果一个相对分子质量为12000的蛋白质,含10种氨基酸,并假设每种氨基酸在该蛋白质分子中的数目相等,问这种蛋白质有多少种可能的排列顺序?[10100] 解:1012000/120=10100

2、有一个A肽,经酸解分析得知为Lys、His、Asp、Glu2、Ala以及Val、Tyr忽然两个NH3分子组成。当A肽与FDNB试剂反应后得DNP-Asp;当用羧肽酶处理后得游离缬氨酸。如果我们在实验中将A肽用胰蛋白酶降解时,得到两种肽,其中一种(Lys、Asp、Glu、Ala、Tyr)在pH6.4时,净电荷为零,另一种(His、Glu以及Val)可给除DNP-His,在pH6.4时,带正电荷。此外,A肽用糜蛋白酶降解时,也得到两种肽,其中一种(Asp、Ala、Tyr)在pH6.4时全中性,另一种(Lys、His、Glu2以及Val)在pH6.4时带正电荷。问A肽的氨基酸序列如何?[Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val] 解:1、N-末端分析:FDNB法得:Asp-;

2、C-末端分析:羧肽酶法得:-Val;

3、胰蛋白酶只断裂赖氨酸或精氨酸残基的羧基形成的肽键,得到的是以Arg和Lys为C-末端残基的肽断。酸水解使Asn→Asp+ NH4+,由已知条件(Lys、Asp、Glu、Ala、Tyr)可得:Asn-( )-( )-( )-Lys-( )-( )-Val;

4、FDNB法分析N-末端得DNP-His,酸水解使Gln→Glu+NH4+由已知条件(His、Glu、Val)可得:Asn-( )-( )-( )-Lys-His-Gln-Val;

5、糜蛋白酶断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键。由题,得到的一条肽(Asp、Ala、Tyr)结合(3)、(4)可得该肽的氨基酸序列为:Asn-Ala-Tyr-Glu-Lys-His-Gln-Val

3、某多肽的氨基酸序列如下:Glu-Val-Lys-Asn-Cys-Phe-Arg-Trp-Asp-Leu-Gly-Ser-Leu-Glu- Ala-Thr-Cys-Arg-His-Met-Asp-Gln-Cys-Tyr-Pro-Gly-Glu_Glu-Lys。(1)如用胰蛋白酶处理,此多肽将产生几个肽?并解释原因(假设没有二硫键存在);(2)在pH7.5时,此多肽的净电荷是多少单位?说明理由(假设pKa值:α-COOH4.0;α- NH3+6.0;Glu和Asp侧链基4.0;Lys和Arg侧链基11.0;His侧链基7.5;Cys侧链基9.0;Tyr侧链基11.0);(3)如何判断此多肽是否含有二硫键?假如有二硫键存在,请设计实验确定5,17和23位上的Cys哪两个参与形成?[(1)4个肽;(2)-2.5单位;(3)如果多肽中无二硫键存在,经胰蛋白酶水解后应得4个肽段;如果存在一个二硫键应得3个肽段并且个肽段所带电荷不同,因此可用离子交换层析、电泳等方法将肽段分开,鉴定出含二硫键的肽段,测定其氨基酸顺序,便可确定二硫键的位置]

4、今有一个七肽,经分析它的氨基酸组成是:Lys、Pro、Arg、Phe、Ala、Tyr和Ser。此肽未经糜蛋白酶处理时,与FDNB反应不产生α-DNP-氨基酸。经糜蛋白酶作用后,此肽断裂城两个肽段,其氨基酸组成分别为Ala、Tyr、Ser和Pro、Phe、Lys、Arg。这两个肽段分别与FDNB反应,可分别产生DNP-Ser和DNP-Lys。此肽与胰蛋白酶反应能生成两个肽段,它们的氨基酸组成分别是Arg、Pro和Phe、Tyr、Lys、Ser、Ala。试问此七肽的一级结构怎样?[它是一个环肽,序列为:-Phe-Ser-Ala-Tyr-Lys-Pro-Arg-] 解:(1)此肽未经糜蛋白酶处理时,与FDNB反应不产生α-DNP-氨基酸,说明此肽不含游离末端NH2,即此肽为一环肽;

(2)糜蛋白酶断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键,由已知两肽段氨基酸组成(Ala、Tyr、Ser和Pro、Phe、Lys、Arg)可得:-( )-( )-Tyr-和-( )-( )-( )-Phe-;

(3)由(2)得的两肽段分别与FDNB反应,分别产生DNP-Ser和DNP-Lys可知该两肽段的N-末端分别为-Ser-和-Lys-,结合(2)可得:-Ser-Ala-Tyr-和-Lys-( )-( )-Phe-;

(4)胰蛋白酶专一断裂Arg或Lys残基的羧基参与形成的肽键,由题生成的两肽段氨基酸组成(Arg、Pro和Phe、Tyr、Lys、Ser、Ala)可得:-Pro-Arg-和-( )-( )-( )-( )-Lys; 综合(2)、(3)、(4)可得此肽一级结构为:-Lys-Pro-Arg-Phe-Ser-Ala-Tyr- 5、三肽Lys- Lys- Lys的pI值必定大于它的任何一个个别基团的pKa值,这种说法是否正确?为什么?[正确,因为此三肽处于等电点时,七解离集团所处的状态是C-末端COO-(pKa=3.0),N末端NH2(pKa≌8.0),3个侧链3(1/3ε- NH3+)(pKa=10.53)(pKa=10.53),因此pI>最大的pKa值(10.53)]

6、一个多肽可还原为两个肽段,它们的序列如下:链

1

Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg- Arg-

Val-Cys;链2为Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys。当用嗜热菌蛋白酶消化原多肽(具有完整的二硫键)时可用下列各肽:(1)(Ala、Cys2、Val);(2)(Arg、Lys、Phe、Pro);(3)(Arg2、Cys2、Trp、Tyr);(4)(Cys2、Phe)。试指出在该天然多肽中二硫键的位置。(结构如下图) S-S

Ala-Cys-Phe-Pro-Lys-Arg-Trp-Cys-Arg-Arg-Val_Cys

S

S

Cys-Tyr-Cys-Phe-Cys

解:嗜热菌蛋白酶作用专一性较差,根据题中已知条件:

(1)消化原多肽得到(Ala、Cys2、Val),说明链1在2位Cys 后及11位Val前发生断裂,2位Cys与12位Cys之间有二硫键;

(2)由链1序列可得该肽段序列为:-Phe-Pro-Lys-Arg-; (3)由(1)(2)可知该肽段(Arg2、Cys2、Trp、Tyr)中必有一Cys来自链2,另一Cys为链1中8位Cys,即链1中8位Cys与链2中的一个Cys有二硫键;

(4)嗜热菌蛋白酶能水解Tyr、Phe等疏水氨基酸残基,故此肽(Cys2、Phe)来自链2,结合(3)中含Tyr,可知(3)中形成的二硫键为链1 8位Cys与链2中3位Cys与链2中3位Cys之间;(4)中(Cys2、Phe)说明链2中1位Cys与5位Cys中有二硫键。 综合(1)、(2)、(3)、(4)可得结果。

7、一个十肽的氨基酸分析表明其水解液中存在下列产物: NH4+ Asp Glu Tyr Arg

Met Pro Lys Ser Phe 并观察下列事实:(1)用羧肽酶A和B处理该十肽无效;(2)胰蛋白酶处理产生两各四肽和游离的Lys;(3)梭菌蛋白酶处理产生一个四肽和一个六肽;(4)溴化氢处理产生一个八肽和一个二肽,用单字母符号表示其序列位NP;(5)胰凝乳蛋白酶处理产生两个三肽和一个四肽,N-末端的胰凝乳蛋白酶水解肽段在中性pH时携带-1净电荷,在pH12时携带-3净电荷;(6)一轮Edman降解给出下面的PTH衍生物:(图略)写出该十肽的氨基酸序列。[Ser-Glu-Tyr-Arg-Lys-Lys-Phe-Met-Asn-Pro]

解:(1)用羧肽酶A和B处理十肽无效说明该十肽C-末端残基为-Pro;

(2)胰蛋白酶专一断裂Lys或Arg残基的羧基参与形成的肽键,该十肽在胰蛋白酶处理后产生了两个四肽和有利的Lys,说明十肽中含Lys-…或-Arg-…-Lys-Lys-…或-Arg-Lys-…-Lys-…Arg-Lys-…四种可能的肽段,且水解位置在4与5、5与6或4与5、8与9、9与10之间;

(3)梭菌蛋白酶专一裂解Arg残基的羧基端肽键,处理该十肽后,产生一个四肽和一个六肽,则可知该十肽第四位为-Arg-;

(4)溴化氰只断裂由Met残基的羧基参加形成的肽键,处理该十肽后产生一个八肽和一个二肽,说明该十肽第八位或第二位为-Met-;用单字母表示二肽为NP,即-Asn-Pro-,故该十肽第八位为-Met-;

(5)胰凝乳蛋白酶断裂Phe、Trp和Tyr等疏水氨基酸残基的羧基端肽键,处理该十肽后,产生两个三肽和一个四肽,说明该十肽第三位、第六位或第七位为Trp或Phe;

(6)一轮Edman降解分析N-末端,根据其反应规律,可得N-末端氨基酸残疾结构式为:-NH-CH(-CH2OH)-C(=O)-,还原为-NH-CH(-CH2OH)-COOH-,可知此为Ser; 结合(1)、(2)、(3)、(4)、(5)、(6)可知该十肽的氨基酸序列为: Ser-Glu-Tyr-Arg-Lys-Lys-Phe-Met-Asn-Pro

8、一个四肽,经胰蛋白酶水解得两个片段,一个片段在280nm附近有强的光吸收,并且Pauly反应和坂口反应(检测胍基的)呈阳性。另一片段用溴化氰处理释放出一个与茚三酮反应呈黄色的氨基酸。写出此四肽的氨基酸序列。[YRMP] 解:胰蛋白酶酶专一水解Lys和Arg残基的羧基参与形成的肽键,故该四肽中含Lys或Arg;一肽段在280nm附近有强光吸收且Pauly反应和坂口反应(检测胍基的)呈阳性,说明该肽段含Tyr和Arg;溴化氰专一断裂Met残基的羧基参加形成的肽键,又因生成了与茚三酮反应呈黄色的氨基酸,故该肽段为-Met-Pro-;所以该四肽的氨基酸组成为Tyr-Arg-Met-Pro,即YRMP。

9蜂毒明肽(apamin)是存在蜜蜂毒液中的一个十八肽,其序列为CNVRAPETALCARRCOOH,已知蜂毒明肽形成二硫键,不与碘乙酸发生反应,(1)问此肽中存在多少个二硫键?(2)请设计确定这些(个)二硫键位置的策略。 [(1)两个;(2)二硫键的位置可能是1-3和11-15或1-11和3-15或1-15和3-11,第一种情况,用胰蛋白酶断裂将产生两个肽加Arg;第二种情况和第三种,将产生一个肽加Arg,通过二硫键部分氧化可以把后两种情况区别开来。]

10、叙述用Mernfield固相化学方法合成二肽Lys-Ala。如果你打算向Lys-Ala加入一个亮氨酸残基使成三肽,可能会掉进什么样的“陷坑”?

第五章 蛋白质的三维结构 提要

每一种蛋白质至少都有一种构像在生理条件下是稳定的,并具有生物活性,这种构像称为蛋白质的天然构像。研究蛋白质构像的主要方法是X射线晶体结构分析。此外紫外差光谱、荧光和荧光偏振、圆二色性、核磁共振和重氢交换等被用于研究溶液中的蛋白质构像。 稳定蛋白质构像的作用有氢键、范德华力、疏水相互作用和离子键。此外二硫键在稳定某些蛋白质的构像种也起重要作用。

多肽链折叠成特定的构像受到空间上的许多限制。就其主链而言,由于肽链是由多个相邻的肽平面构成的,主链上只有α-碳的二平面角Φ和Ψ能自由旋转,但也受到很大限制。某些Φ和Ψ值是立体化学所允许的,其他值则不被允许。并因此提出了拉氏构像,它表明蛋白质主链构象在图上所占的位置是很有限的(7.7%-20.3%)。 蛋白质主链的折叠形成由氢键维系的重复性结构称为二级结构。最常见的二级结构元件有α螺旋、β转角等。α螺旋是蛋白质中最典型、含量最丰富的二级结构。α螺旋结构中每个肽平面上的羰氧和酰氨氢都参与氢键的形成,因此这种构象是相当稳定的。氢键大体上与螺旋轴平行,每圈螺旋占3.6个氨基酸残基,每个残基绕轴旋转100°,螺距为0.54nm。α-角蛋白是毛、发、甲、蹄中的纤维状蛋白质,它几乎完全由α螺旋构成的多肽链构成。β折叠片中肽链主链处于较伸展的曲折(锯齿)形式,肽链之间或一条肽链的肽段之间借助氢键彼此连接成片状结构,故称为β折叠片,每条肽链或肽段称为β折叠股或β股。肽链的走向可以有平行和反平行两种形式。平行折叠片构象的伸展程度略小于反平行折叠片,它们的重复周期分别为0.65nm和0.70nm。大多数β折叠股和β折叠片都有右手扭曲的倾向,以缓解侧链之间的空间应力(steric strain)。蚕丝心蛋白几乎完全由扭曲的反平行β折叠片构成。胶原蛋