AutoDock - ADT教程 - AutoDockTools - 分子对接 - 中文 - 图文 下载本文

图14:Set Number of Active Torsions 对话框

至此Ligand准备完毕,需将其保存为含有原子坐标、AutoDock原子类型、电荷以及可扭转键等信息的PDBQT格式的文件:

ADT菜单:Ligand → Output → Save as PDBQT… 将准备好的Ligand分子保存为“ind.pdbqt”文件。

5.准备柔性残基文件

在AutoDock3的对接中Ligand是柔性的而Receptor则是刚性的;而在AutoDock4中不但Lingand可以是柔性的,而且Receptor中的部分氨基酸残基也可以设为柔性的,这就进一步提高的对接的精度。

ADT菜单:Flexible Residues → Input → Choose Macromolecule… 选择需要设置柔性残基的大分子,在这里我们选择之前编辑好的hsg1分子。如果之前删除了该分子,则在ADT菜单:FlexibleResidues → Input → Open Macromolecule… 打开该分子。此时会弹出对话框,询问是否合并没有极性的H,点击Yes,之后会弹出统计信息窗口,点击Yes关闭(图15)。

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图15:Merge Non-polar Hydrogens及ADflex_chooseMcro对话框

ADT菜单:Select → Select From String 选择需要设置成为柔性的残基。在Select From String对话框中的Residue框中输入ARG8,点击Add选中编号为ARG8的残基(图 ),再点击Dismiss关闭对话框。下图(图16)可见,hsg1两个亚基上的8号ARG氨基酸残基被选中了。

图16:使用Select From String对话框选中ARG8残基

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图17:hsg1两个亚基上被选中的8号ARG氨基酸残基(为了便于观察,将这两个残基按Ball and Stick

模型显示)

ADT菜单:Flexible Residues → Choose Torsions in Currently Selected Residues… 将选中的残基标记为柔性残基并设置可扭转键的数量。在分子显示窗口中分别点击两个残基上CA和CB原子之间的键,使之变成非扭转的(non-rotatable,紫色),这样两个残基中的32个键共有6个是可扭转(rotatable)的(图18),点击Close关闭对话框:

图18:设置柔性残基上的可扭转键

ADT菜单:Flexible Residues → Output → Save Flexible PDBQT… 保存柔性残基文件,文件名“hsg1_flex.pdbqt”;

ADT菜单:Flexible Residues → Output → Save Rigid PDBQT… 保存钢性残基文件,文件名“hsg1_rigid.pdbqt”;

PMV菜单:Edit → Delete → Delete Molecule 删除hsg1分子。

6.准备大分子

ADT菜单:Grid → Macromolecule → Open… 打开之前处理好并保存的“hsg1_rigid.pdbqt”,弹出对话框询问是否保留之前已经加上的电荷以代替ADT自动加上Gasteiger电荷,点击Yes,再点击OK关闭弹出的警告窗口(图19)。

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图19:打开大分子(Macromolecule)文件后弹出的对话框

7.准备AutoGrid参数文件

ADT菜单:Grid → Set Map Types → Choose Ligand… 选择之前准备好的Ligand分子“ind”,如果之前删除了该分子则通过ADT菜单:Grid → Set Map Types → Open Ligand… 打开“ind.pdbqt”文件。

ADT菜单:Grid → Grid Box… 打开Grid Options对话框,将格子的大小设置为X,Y,Z:60,60,66,格点间隔为默认值0.375 ?,这样格子中共包含249307个格点,然后将格子中心设为2.5,6.5,-7.5(x,y,z)。设置完成后点击Grid Options菜单中:File → Close saving current 保存并关闭对话框(图20)。

图20:打开Grid Options对话框,设置Grid参数

ADT菜单:Grid → Output → Save GPF… 将刚才设置好的Grid参数保存成GPF文件(Grid Parameter File,格子参数文件)“hsg1.gpf”。

完成后还可以通过点击ADT菜单:Grid → Edit GPF… 手工编辑修改刚才通过ADT生成的GDF文件(图21):

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