图8：Add Hydrogens对话窗口

PMV菜单：File → Save → Write PDB保存修改过的receptor分子（图9）。

图9：Wirte PDB对话框。（注：Other write option选择Sort Nodes）

4．准备Ligand分子

PMV菜单：Display → Show/Hide Molecule 隐藏hsg1分子（图10）。

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图10：Show/Hide Molecule 对话框

ADT菜单中：Ligand → Input → Open ... 在弹出的对话框中将文件类型由PDBQT改为PDB，选择“ind.pdb”，打开Ligand分子（图11）。

图11：Ligand File for AutoDock 对话框

在打开Ligand分子时ADT会对该分子进行初始化，初始化包含一系列操作：

? ADT检测Ligand分子是否已经加了电荷，如果没有，则自动加上Gasteiger电荷。需要注意的是：如果要使Gasteiger计算正确，就必须将Ligand上的所有H加上，包括极性的以及非极性的。如果电荷全部为0，则ADT会试图加上电荷。同时还将检测每个残基上的总电荷是否为整数。 ? ADT检测并合并非极性的H。 ? ADT将Ligand中的每个原子指派为“AutoDock原子类型”，原子类型见前一部分。 以上初始化操作完成后，弹出summary for ind（图12）信息窗口，包含了以上操作的统计信息，点击OK关闭。

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图12：summary for ind信息窗口

ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Detect Root… ADT自动判定Ligand的Root； ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Show Root Expansion 显示Root扩展信息； ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Show/Hide Root Marker 显示/隐藏Root标记； ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Choose Torsions… 选择Ligand中可扭转的键，弹出Torsion Count对话框中点击Make all active bonds non-rotatable，Make all rotatable bonds rotatable以及Make all amide bonds rotatable，最后结果如下图（图13）所示：该Ligand分子32个键中共有14个被设置成可扭转的键（rotatable，绿色），点击Done确定并关闭此对话框。

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图13：Torsion Count对话框及Ligand分子Torsion设置效果（绿色圆球表示Root，绿色键表示

可扭转，紫色表示非扭转，红色表示不可扭转）

ADT菜单：Ligand → Torsion Tree → Set Number of Torsions… 弹出Set Number of Active Torsions 对话框，以设置可活动的键的数量，同时指定设定活动键时是需要移动最少的原子（fewest atoms）还是最多的原子（most atoms）。在这里我们设置fewest atoms，数量为6（图14），点击Dismiss关闭对话框。

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