生物信息学实验指导2014-2015-1 - 解增言 - 图文 下载本文

生物信息学实验

BLASTP:用蛋白质序列搜索蛋白质序列库 BLASTN:用核酸序列搜索核酸库

BLASTX:核酸序列对蛋白质库的比对,核酸序列在比对之前自动按照六个读码框翻译成蛋白质序列

TBLASTN:蛋白质序列对核酸库的比对,核酸库中的序列按照六个读码框翻译后与蛋白质序列进行比对搜索

TBLASTX:核酸序列对核酸库在蛋白质质级别的比对,两者都在搜索之前翻译成为蛋白质质进行比对

图1-1 NCBI首页

图1-2 NCBI在线BLAST页面

三、实验内容(步骤)

本实验在NCBI核算和蛋白质库中查找拟南芥(Arabidopsis thaliana)LEC1(Leafy

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生物信息学实验

Cotyledon1)基因的同源基因,LEC1基因属于HAP3基因家族。步骤包括:

1. 查找拟南芥LEC基因的核酸和蛋白质序列。

图1-2 在NCBI核算库中查找序列

2. BLASTN

图1-3 利用BLASTN查找同源基因

3. BLASTP

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生物信息学实验

图1-4 利用BLASTP查找同源蛋白

四、实验报告

1.使用的软件/工具,实验步骤,结果文件记录/截图; 2.实验中遇到的问题,如何解决的。

五、参考文献

Altschul SF, Madden TL, Sch?ffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. 1997. Gapped BLAST and

PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 25(17):3389-402.

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生物信息学实验

实验2 本地BLAST同源序列查询

一、实验目的

1. 掌握本地版BLAST软件的使用方法。

二、实验原理

NCBI提供了在线的BLAST服务,但有时需要对某个基因组做BLAST,这就需要在本地建自己的BLAST库,并在本地做BLAST。NCBI提供BLAST的本地版,当前最新版本是2.2.28+, 包括源代码和多个平台的编译好的软件包,可以在

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载。

Windows下可下载win32版本,安装完后,打开“开始”→“运行”,输入“cmd”,点“确定”(图2-1)。

图2-1 运行命令行窗口

这时,便可以输入DOS命令

图2-2 DOS界面

常用DOS命令有:cd(改变当前目录)、mkdir(新建目录)、dir(列出当前目录内容)

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