牧首负责。早期主要牧首区有4个，即君士坦丁堡、亚力山大里亚、安提阿和耶路撒冷。15世纪拜占庭帝国灭亡后，各国家、地区和民族先后成立自主教会。16世纪末，莫斯科都主教脱离君士坦丁堡自立，建立牧首区，形成使用斯拉夫语的俄罗斯正教会，东欧各国正教亦陆续宣布自主。各自主教会在法规和行政方面有独立自主权，并可自选大主教，但彼此之间在信仰和圣事上是共同的。东正教自主教会有15个，即君士坦丁堡正教会、亚历山大正教会、安提阿正教会、耶路撒冷正教会、俄罗斯正教会、格鲁吉亚正教会、塞尔维亚正教会、保加利亚正教会、罗马尼亚正教会、塞浦路斯正教会、希腊正教会、阿尔巴尼亚正教会、波兰正教会、捷克斯洛伐克正教会、美国正教会，另外在日本和芬兰也有自治教会。20世纪60年代，东正教各教会曾联合召开了几次世界性会议，讨论使其教义、礼仪符合时代要求，与罗马天主教平等对话以及参加“普世教会运动”等问题。
东正教不承认罗马教皇的权威和领导，它自设牧首区，牧首区下辖数个首府主教区。主教区首脑为主教，以下是司祭和辅祭。东正教各牧首区承认君士坦丁堡牧首为“普世教会牧首”，是教会的精神领袖。但这仅仅是一个荣誉地位，普世牧首并不对其他牧首区具有任何实际的领导权。
君士坦丁堡牧首区 原为东派教会首席大主教区。相传使徒安德列始建主教座于此。牧首区首脑驻节座堂。从1586年后，设在伊斯坦布尔北部法那尔的圣乔治教堂（见希腊正教会）。
亚历山大里亚牧首区 早期东派教会四大主教区之一。相传圣马可始建主教座于此。总会现设在希腊基菲西亚（见希腊正教会）。
安提阿牧首区 早期东派教会四大主教区之一。相传使徒彼得始建主教座于此。现在总会设在大马士革(见希腊正教会)。
耶路撒冷牧首区 早期东派教会四大主教区之一。相传耶稣的弟兄雅各始建主教座于此。管辖巴勒斯坦的正教会（见希腊正教会）。
俄罗斯正教会 在正教传统的尊称排列上,位居第五。1589年取得自主地位。以后在北美、芬兰、日本、朝鲜和中国相继建立隶属其管辖的教会和教区。俄罗斯正教有其自身的一些特点。目前实行牧首制，总会设在莫斯科。崇拜礼文使用教会斯拉夫语。
格鲁吉亚正教会 4世纪时格鲁吉亚教会属安提阿大主教区范围。据史载,罗马皇帝芝诺在位时,它取得自主地位，并得到安提阿牧首“漂布者”彼得的同意。此后，格鲁吉亚教会首脑尊称为卡托利科斯。1801年，格鲁吉亚并入俄国，该教会也于1817年受俄罗斯正教会委派的督主教管辖。俄国十月革命后，教会重建自主的卡托利科斯。
塞浦路斯正教会 正教中古老的自主教会之一。教会在塞浦路斯的希腊民族独立运动中起了领导作用（见希腊正教会）。
塞尔维亚正教会 其所属教区大部在今南斯拉夫的塞尔维亚和马其顿境内。辖 31个教区(其中3个在北美)。
保加利亚正教会 927年,保加利亚教会成为大主教区，属君士坦丁堡教会管辖。在保加利亚被奥斯曼土耳其统治的500年中,君士坦丁堡牧首通过希腊神职人员管理该教会。1870年成立的保加利亚督主教区，直到1945年才为君士坦丁堡牧首所承认。1953年牧首区恢复。目前有12个教区。
东正教
罗马尼亚正教会 1865年，罗马尼亚的自主教会成立。1885年得到君士坦丁堡普世牧首承认。1925年罗马尼亚正教会成立牧首区。1950年，特兰西瓦尼亚的东仪天主教徒重返东正教。现有12个教区。礼仪使用罗马尼亚语。
波兰正教会 1924年建立。原属俄罗斯莫斯科牧首区管辖。1948年莫斯科牧首同意其自主。
希腊正教会 一般称希腊教会。在拜占庭帝国和奥斯曼土耳其帝国时期，希腊正教会都属君士坦丁堡普世牧首管辖。1850年，普世牧首承认其自主地位。希腊独立以后，希腊正教成为希腊国教。最高首脑称雅典和全希腊大主教。 捷克斯洛伐克正教会 19世纪,捷克地区建立正教会。现有4个教区。1951年，俄罗斯莫斯科牧首区承认其自主地位。
阿尔巴尼亚正教会，原属君士坦丁堡普世牧首管辖。1937年取得自主地位。 美国正教会 1794年俄罗斯正教会传教士在当时尚属俄国的阿拉斯加建立教会。1970年，莫斯科牧首承认其自主教会的地位。
西奈正教会 东正教中最小的自主教区，实际上只辖有圣凯瑟琳修道院，修士20余人。该院现保存有大量早期基督教希腊文羊皮卷手稿（见希腊正教会）。
芬兰正教会 自治教会。1919年，莫斯科牧首区同意它有自治地位；1923年作为自治教会转入君士坦丁堡普世牧首治下。
东正教 - 神学思想
东正教
公元9一11世纪，在拜占庭提出了东正教的神学教义，当时传播范围主要在东欧和近东一带。
该教最初是拜占庭帝国的国教，深深打上帝国历史发展的烙印。这一点既反映在东正教会的教义中，也反映在其组织方面。《圣经》和圣传是东正教教义的基础，此外，东正教教义还反映在公元325年尼西亚大公会议、公元381年君士坦丁堡大公会议、公元449年以弗所大公会议、公元451年查尔西顿大公会议、公元553年第二次君士坦丁堡大公会议、公元681年第三次君士坦丁堡大公会议、公元787年第二次尼西亚大公会议所通过、补充和修改过的《信经》里。
东正教宣扬三位一体的上帝、来世、死后报应、天堂、地狱、末日审判，还相信耶稣基督可以救赎人类，认为教会能起上帝和人之间的中介作用。
一般来说，东正教派的神学和对于经卷的解释都是遵循基督教兴起初期所传下来的典范。他们所有的努力都是为了要继续和延续基督传给他最初使徒，以及使徒传给早期教会僧侣的神学和信仰。神学上的创新往往带来质疑；
西方教会从不坚持要禁止图像敬拜，而东方教会最后都放弃图像敬拜。事实上，双方为图像敬拜都设立界线，并且订立了规条。然而当这个问题引致教会与政府发生磨擦时，东西方教会的关系就受到严重伤害。726年，皇帝利奥三世颁发反图像崇拜的命令，罗马主教因而指斥他，导致皇帝报复，撤消罗马对很多地方的管治权。罗马在失去了宝贵的土地的同时，另外发生了一连串的事情，影响到罗马的地位，矛头因而重新指向东方教会，指出其倾向国王兼教宗制度。皇帝干涉很多宗教的问题。
东正教 - 礼仪和圣事
东正教
礼仪
在信仰教义上，东正教特别重视对圣母诞神女玛丽亚的敬礼，注重道成肉身教义的意义，不强调人的原罪，因而不十分强调“赎罪论”。正教强调信徒的得救在信靠上帝的拯救同时，应通过自身的善行作为外在的表现。在基督论方面，东正教坚持并只承认教会成立后8个世纪的7次公会议所阐明的教义，强调三位一体。谴责西方教会将《尼西亚信经》”圣灵自父而发“改为”圣灵自父子而发“的行为。
东正教的弥撒实际上把公众礼拜都包括在内。在专为尚未领洗的慕道者安排的诵读长篇经文和诗篇的仪式上，东正教仍然保持了过去的规模。它十分重视讲道，并视之为主教的专职。在信徒弥撒或圣体圣事礼开始前，须先遣散慕道者。弥撒在正教里是作为祭献的概念。这是根据《希伯来书》中基督作为祭司的作用的观念（基督是祭司，是赎罪的牺牲者，是中保）而来。其弥撒仪式，古老而隆重。 在东正教祈祷仪式中,主要一项是颂唱以9首经文赞美歌为基础的9首颂诗。据说它起源于 7～8世纪的耶路撒冷教会，在早祷仪式中代替经文赞美歌。每首颂诗末节往往都是赞美童贞女马利亚。教历中每一节日和圣徒纪念日都有不同的颂歌;还有一种求告耶稣的祷文,教徒认为不断诵念便极为灵验。祷文常为“主耶稣基督，上帝的儿子，可怜我吧！”这一传统可以追溯到古埃及沙漠中的隐修士，特别是埃瓦留斯?庞蒂丘斯所提倡的内心祈祷。
七大圣礼