衰老的另一个理论即自由基理论，自由基是含有未配对电子的带电荷分子。这种分子性质不稳定，具有高反应活性，容易损害蛋白质。自由基的影响有：皮肤起皱，关节僵直，动脉硬化。自由基也可以损害DNA。产生自由基的因素有：空气污染，放射线，以及我们吃的某些食物。饮食中的其他物质如维生素E，维生素C，β-胡萝卜素以及硒都是抗氧化剂，可以抑制自由基的形成。最近的两个研究支持了衰老的自由基理论。孕育长寿的果蝇株从而产生超正常量的酶：过氧化物歧化酶，它可以中和自由基。同样，把产生过氧化物歧化酶生成的基因注入果蝇胚胎中会延长其平均寿命。

Whereas some theories of aging explain the process at the cellular lever, others concentrates on regulatory mechanisms operating within the entire organism. For example, the immune system, which manufactures antibodies against foreign invaders, may start to attack the body’s own cells. This autoimmune response might be caused by changes in the surfaces of cells, causing antibodies to attach and mark the cell for destruction. As surface changes in cells increase, the autoimmune response intensifies, producing the well-known signs of aging.

然而，关于衰老的理论，有些是在细胞水平上解释其过程，有的则强调整个机体内运作的调节机制，比如免疫系统产生各种抗抗外来异物的抗体，也可能会对自体细胞发起攻击。这种自身免疫应答可能是细胞表面的变化造成，引起抗体附着并标记细胞进行破坏。当细胞表面变化增加，自身免疫应答加强，产生众所周知的衰老的标志。