有不同的生态与环境问题，科学制定洞庭湖示范区的生态环境功能分区是因地制宜、有针对性地解决生态与环境问题的重要手段。根据洞庭湖区生态系统格局特点，可将湖区分为以下四个生态功能区。
（一）湖泊湿地保护区
东洞庭湖主要包括滨湖滩地和湖泊两大湿地生态景观，总面积1328平方公里，是洞庭湖的本底湖。东洞庭湖国家自然保护区位于该区，总面积19万公顷。其中核心区面积3.96万公顷，缓冲区面积2.58万公顷，实验区面积12.46万公顷。1992年东洞庭湖自然保护区正式列入《国际重要湿地名录》。1993年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。2000 年东洞庭湖湿地保护被联合国开发计划署、全球环境基金确定为“中国湿地生物多样性保护与可持续利用”示范区。
生态建设、保护重点与经济社会发展方向：将湖泊湿地保护区分为两个亚区，分别建立湖滨滩地开发性湿地保护区和湖泊湿地景观与生物多样性生态保护功能区。该区是国际重要湿地和具有世界意义的越冬候鸟栖息地，也是维系其生态服务功能的主体部分，具有调蓄长江中游洪水径流、维系长江中游地区江湖水量交换和泥沙淤积平衡、稳定长江干流的淤积变迁、繁衍水生生物、实现生物多样性等诸多功能。主导功能是保护天然湿地，维持生物多样性。
1. 湖滨滩地保护区
1.1. 地理位置：主要位于东洞庭湖天然湖泊湖盆高程为26 m（城陵叽黄海基面水位）以上的中高程滩地，主要植被类型为芦苇、荻和苔草等。主要分布区为藕池河东支入东洞庭湖湖口附近湖区、上飘尾洲附近湖区、洞庭湖湘江航道东岸湖区等。
1.2. 生态功能：该区周期性被水淹没，在洪水期具有沉积泥沙及净化入湖污染物质的功能，对于减缓湖泊敞水区泥沙淤积速率，保护水质，保护鸟类尤其是留鸟，预防生物灾害等具有重要意义。
1.3. 保护和管理措施： a.禁止新的垦殖行为；
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b.区内少部分高位洲滩可适当发展适洪林木业和芦苇； c.控制中位洲滩的人类经济活动； d.禁止任何打鸟、毒鸟和捕鸟行为；
e.结合生态功能保护区建设适当发展畜牧业和野生蔬菜开发。 2. 湿地景观与生物多样性保护区
2.1. 地理位置：主要是指东洞庭湖天然湖泊，包括漉湖、东洞庭湖水域和湘江航道等。
2.2. 生态功能：具有调蓄洪水，沉积泥沙，净化污染，保护湿地景观多样性，维系水陆复合生态系统中的生态前置库作用和功能，保护渔业自然增殖，繁衍生物多样性，保护候鸟栖息地等具有重要意义。
2.3. 保护和管理措施：
a.禁止任何改造或整治等影响湿地景观结构的行为或工程；
b.平毁区内现有的矮堤、废障和弃闸，清除湖区内的渔堤、壕坝，保障鱼类等水生动物的越冬洄游、产卵洄游通道的通畅；
c.保护鱼类物种繁殖地和越冬候鸟栖息地，加强保护区管理和监督； d.关停造纸、化肥生产等高污染企业，严格控制污染排放； e.禁止不利于生境保护的任何生产活动和方式；
f.实行休渔期管理制度，实行每年的11月1日至次年的6月30日为休渔期或禁渔期，休渔期内禁止一切渔业捕捞作业和生产；
g.禁止任何形式的猎杀、毒杀、捕捉和惊扰鸟类的行为和生产活动。 （二）调蓄功能恢复区
该区主要包括洞庭湖区（岳阳）单退垸和双退垸两部分。1998年长江中游出现夏季大洪灾，但是，从洪峰和洪量来看，该年洪水均非历史最大。1998年长江中下游洪水来量小于1954年，而大部分河段洪水位却大大超过1954年实测洪水位。1998年洪水“中流量、高水位”的显著特点，引起了人们的反思。灾后，中央提出了“封山育林、退耕还林、退田还湖、平垸行洪、以工代赈、移民建镇、
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加固干堤、疏浚河道”的32字方针，旨在恢复生态，协调人水矛盾，实现人与自然的和谐。湖区各地根据水利规划，积极实施“退田还湖，平垸行洪”等工程。“退田还湖”政策的实施，实际上是满足“改善生态环境，缓解人地矛盾”的现实需求，也是对湿地重要功能与价值和湖区农业可持续发展的重新认识。由于我们长期以来对于湿地生态系统的认识只停留在宜农荒地的基础上，没有认清它在经济、服务、美学以及休闲各个方面的重要价值，致使围垦成为湿地利用的主要方式。不断加剧的围湖造田，破坏了稳定的江湖生态关系，导致湖泊调蓄能力急剧衰减，行洪通道不断缩小，加之上游水土流失严重，造成下游淤积扩大，使洪水威胁愈演愈烈。
洞庭湖区在实施退田还湖工程的过程中，将退田还湖类型分为单退和双退两种。单退指退人不退田，即只将居住区外迁，农民仍在垸内进行农业生产，在大洪水年作为蓄洪区。双退相对单退而言，是指阻碍行洪严重，需要实施平垸行洪、刨毁堤防，退人又退田的堤垸、巴垸和江心洲等。双退垸在居民迁至垸外安置后，退耕、刨堤、行洪。双退垸的确定主要是根据地理位置，以及退垸前社会经济指标来确定，垸内地面高程普遍比外湖洪水季节水位低5-8m，垸内农业生产总值相对较低。
单退状况：洞庭湖区单退堤垸包括列入规划的7个蓄洪垸以及97处阻洪不严重、具有利用价值和移民安置有较难度的堤垸，涉及19个市县农场，92个乡镇545个村庄，平退总面积13.5×104hm2、耕地面积6.26×104 hm2，计划搬迁172468户641033人，其中蓄洪垸7处，总面积8.567×104hm2、耕地面积4.4533×104 hm2，搬迁33587户127089人，不在册的巴垸、外洲65个，总面积3.5733×104hm2，耕地面积0.9666×104hm2，计划搬迁2198户8022人。迄今为止洞庭湖区实退堤垸总数为336个，总面积为19.1241×104hm2。其中单退堤垸总个数为120个，总面积为17.0627×104hm2，其中耕地面积为9.52956×104hm2。
双退状况：根据《湖南省洞庭湖区“平垸行洪、退田还湖、移民建镇”三到五年规划报告》计划要退的双退垸有210处，涉及24个个市县111个乡镇269个
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村庄，平退总面积22733.3hm2、耕地面积13266.67hm2，计划搬迁48081户174932人，其中在册垸14个，总面积6200hm2，耕地面积4266.67hm2，计划搬迁11427户39560人。巴垸，外洲196处，总面积16466.67 hm2，耕地面积9000 hm2，计划搬迁33654户135372人。根据湖南省水利厅最新统计资料已退双退垸总个数为206个，经过四期的退田还湖工程，双退工作基本完成，总面积达到20614 hm2，耕地面积为11444hm2，迁移人口44621户，共计159703人。
生态建设、保护重点与经济社会发展方向：将调蓄功能恢复区分成两个亚区，分别建立双退垸湿地生态功能恢复保护区和单退垸避洪生态农业产业结构调整区。该区是长江流域极重要的调蓄滞洪区，应探索蓄滞洪区资源可持续利用模式，缓解环境和生态压力。确保洪水调蓄功能的充分发挥，严禁以任何方式和借口削弱其调蓄滞洪生态服务功能。
1. 双退垸湿地生态功能恢复区
1.1. 地理位置：均属于民圩巴垸，单个堤垸面积较小，该区域随洞庭湖区防洪规划的调整而调整，即执行水利规划。
2.2. 生态功能：扩大与增强洞庭湖生态功能保护区调滞洪的主导生态服务功能，推进湖泊湿地系统的生态恢复与重建。
2.3. 保护和管理措施：
a.采取严格管护措施，切实巩固“退田还湖，平垸行洪”洪水治理成果，防止反弹；
b.撤除现有堤防，禁止任何单位或个人设立旨在进行生产活动的永久性设施和建筑；
c.严格控制造成环境污染的人类活动；
d.推进湿地生态功能的全面恢复，扩大和加强调蓄防洪的主导服务功能。 2. 单退垸生态移民区
2.1. 地理位置：该区为长江防洪规划中为防御长江流域1954年型洪水制定的洞庭湖区24个蓄滞洪垸的纯湖区部分。该区随洞庭湖区防洪规划的调整而调整，
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