》》》PyMOL用户指南《《《 09.7.23

区别于对象（objects）。控制面板的菜单选项对原子选择和对象是不同的，因为两者的功能有

微小的差别。选择是建立在对象下的一组数据的指向，当删除对象，数据就不再可用，任何指向这些数据的选择也都不再可用。但是当删除选择，数据仍然可用。Disable对象是从viewer显示中删除它，而disable选择仅是关闭viewer中高亮显示选择的粉红点。

原子选择无论命名与否，都能跨越多个对象： PyMOL>load fc.pdb PyMOL>load pept.pdb

PyMOL>select alpha_c,name ca #选择包括了两个对象中的原子 PyMOL>color red,name ca

原子选择在分子结构改变后仍然奏效： PyMOL>load pept.pdb

PyMOL>select bb,name c+n+o+ca

PyMOL>count_atoms bb #bb中数有52个原子

PyMOL>remove resi 5 #从对象中删除残基5中的所有原子 PyMOL>count_atoms bb #现在bb中数有48个原子

原子选择是静态的（static），选择所包含的原子仅仅是选择被定义时刻存在的原子，而不包括其他，即使是在选择范围内后来被载入的原子也不行:

PyMOL>load pept.pdb

PyMOL>select 007,pept #创建选择“007”包括所有的原子 PyMOL>count_atoms 007 #“007”中数有107个原子 PyMOL>h_add #PyMOL在合适的位置加氢 PyMOL>count_atoms 007 #“007”中数有107个原子

PyMOL>count_atoms #而“pept”中却数有200个原子

原子选择能够被后面的原子选择利用：

PyMOL>select bb,name n #选择“bb”包含所有氮原子

PyMOL>select cc,bb or name o #选择“cc”包含所有氮原子和氧原子 注意：逻辑运算符“or” “and”的含义等同于代数中的“或”“且”。

3) 单字（single-word）选择符

最简单的selection-expression是单字选择符，这些选择符没有标识符。 单字选择符 缩略选择符 描述 all * 当前载入PyMOL的所有原子 none none 没有原子,空选择 hydro h. 当前载入PyMOL的所有氢原子 山东大学 生命科学学院 lswang lab

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从Protein Data Bank HETATM records中载入的所有原子 visible v. 至少有一种可见表示形式的enabled对象中的所有原子 present pr. 当前状态下有确定坐标的所有原子（用于创建动画） 选择符none在向PyMOL直接输入命令时不会出现，但在程序脚本中十分有用。 单字选择符有缩略形式，一些缩略词后必须跟着圆点或空格，用来界定字符。缩略词和长字符等效，选择你自己喜欢的形式即可：

PyMOL>color blue,all

PyMOL>color blue,* #所有原子变成蓝色

PyMOL>hide hydro

PyMOL>hide h. #所有的氢原子的表示形式被隐藏

PyMOL>show cartoon,hetatm #PDB输入文件中被定义为HETATM的 PyMOL>show cartoon,het #所有原子显示为cartoon

4) 属性选择符

PyMOL能够读取PDB,MOL/SDF,Macromodel,ChemPy Model和Tinker XYZ格式的数据文件。这些格式文件的某些数据区允许PyMOL为原子指定属性。根据这些属性，你可以应用属性选择符和标识符对原子进行分组和选择：选择符对应于数据文件的这些数据区，标识符对应于匹配的目标词或目标数字。

在标识符列表中不同的项目仅用“+”连接，不要有空格，连续的选择用“-”连接： PyMOL>select boy,resi 1+2+3 #残基1、2和3被选择 PyMOL>select 007,resi 1-10 #残基1到10被选择 谨记在同一标识符后不可同时出现“+”“-”，如“select bad，resi 1-4+9”。

对于空白数据区，标识符是一对空的双引号：

PyMOL>select blank,ss “” #blank包含非二级结构的所有原子

大多数的属性选择符匹配它的标识符： 属性选择符 缩略形式 标识符和举例 symbol e. Chemical-symbol-list 单字母或双字母的化学元素符号 PyMOL>select polar,symbol o+n name n. Atom-name-list 蛋白和核酸中至多4字母的原子符号 PyMOL>select carbons,name ca+cb+cg resn r. Residue-name-list hetatm het 山东大学 生命科学学院 lswang lab

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3字母的氨基酸符号 PyMOL>select aas,resn asp+glu+asn+gln 或至多2字母的核苷酸符号 PyMOL>select bases,resn a+g resi i. Residue-identifier-list 至多4位数的残基号 PyMOL>select boy,resi 1+10+100+1000 Residue-identifier-range PyMOL>select boy,resi 1-10 alt alt Alternate-conformation-identifier-list 单字母 PyMOL>select altconf,alt a+’‘ chain c. Chain-identifier-list 单字母或有时是数字 PyMOL>select 007,chain a segi s. Segment-identifier-list 至多4字母 PyMOL>select ligand,segi lig flag f. Flag-number 从0到31的单整数 PyMOL>select f1,flag 0 numeric_type nt. Type-number 单整数 PyMOL>select f1,nt. 5 text_type tt. Type-string 至多4字母 PyMOL>select subset,text_type HA+HC id id External-index-number 单整数 PyMOL>select idno,id 23 index idx. Internal-index-number 单整数 PyMOL>select intid,index 11 ss ss Secondary-structure-type 单字母 PyMOL>select allstrs,ss h+s+l+’‘ 其他的选择符对应于数字标识符： 数字选择符 缩略形式 语句和举例 b b Comparison-operator b-factor –value 实数 PyMOL>select fuzzy,b>10 Comparison-operator occupancy-value 实数 19 / 39

q q 山东大学 生命科学学院 lswang lab

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formal_charge fc. partial_charge pc. PyMOL>select lowcharges,q<0.5 Comparison-operator formal charge-value 整数 PyMOL>select doubles,fc.=-1 Comparison-operator partial charge-value 实数 PyMOL>select hicharges,pc.>1

5) 选择代数

通过逻辑运算符的组合，选择更富有精确性或包含性，这些算符即布尔算符包括and，or和not，它们的含义和代数中的“且”“或”“非”同义。

运算符：

选择运算符和标识符列表如下。虚设的变量s1和s2代表selection-expressions. 运算符 缩略形式 效果 选择不在s1中的原子 not s1 ! s1 PyMOL>select sidechains,! bb 选择s1和s2中共有的原子 s1 and s2 s1 & s2 PyMOL>select far_bb,bb&farfrm_ten s1︱s2 选择s1和s2中的所有原子 s1 or s2 PyMOL>select all_prot,bb︱sidechain 选择s1中标识符name,resi,resn,chain,segi全匹s1 in s2 s1 in s2 配s2的原子 PyMOL>select same_atms,pept in prot 选择s1中标识符name和resi匹配s2的原子 s1 like s2 s1 l. s2 PyMOL>select similar_atms,pept like prot 选择范德华半径与s1的范德华半径 s1 gap x s1 gap x 以最小距离x埃分离的所有原子 PyMOL>select farfrm_ten,resi 10 gap 5 选择中心在以s1任何原子为中心，以x埃为半径的s1 around x s1 a. x 范围内的所有原子 PyMOL>select near_ten,resi 10 around 5 通过在以s1任何原子为中心，以x埃为半径的范围s1 expand x s1 e. x 内的所有原子扩充s1 PyMOL>select near_ten_x,near 10 expand 3 s1 within x of s2 s1 w. x of 选择s1中在s2 x埃范围内的原子 山东大学 生命科学学院 lswang lab

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