我们在“image to smooth”选项中选择所有刚进行完标准化的文件“wra*.img”，然后点绿三角运行即可。这里FWHM我们采用默认设置“8 8 8”。
6、fMRI models
依据提示填入刺激出现的间隔与时间，并选择实验涉及类型，然后进行估计。估计结果生成spm.mat等文件，保留在当前工作目录。即以前版本的“fMRI model”，spm5和spm8的分析选项有所变化,使用Specify 1st level做单个被试(single subject)分析；使用 Specify 2nd level 做组分析(group analysis)。比如我们选择“Specify 1st level”，出现如下对话框（见下一页）：
我们选择Directory指定一个文件夹存放结果数据，其余做如下设置：
“Units for design”选择“Scans”，“Interscan interval”输入“2”，选择“Data and Design”后选择“New Subject/Session”，再选择新出现的“Subject/Session”，选择“Scans”并用文件选择器选择相应任务的所有平滑后的功能图像（swra*.img）然后点击“down”，选择“Condition”后选择“New condition”，然后选中新出现的“Condition”，“name”选项输入任务条件的名称，“onset”输入任务条件的启动向量，代表任务刺激启动的扫描数，选中“Durations”输入任务组块的持续时长，如是事件相关设计请输入“0”。如
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还有其他任务，要再次选中“Condition”——“New condition”——“Condition”定义其他任务条件。设置完毕后点击绿三角运行。这样将会在开始选择的目录中生成文件spm.mat。
下面要估计我们刚建立的模型，在模型设置面板中点击“estimate”，将打开如下对话框：
很简单，我们只须选择刚生成的“spm.mat”文件点击“down”然后点击绿三角运行即可。估计完成后，我们选择“results”，将打开如下对话框：
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上图设计矩阵表明一个扫描序列中我们有三个任务条件，均为事件相关设计，选中“t-contrasts”，点击“define new contrast”, 第一个任务“contrast”定义为“1”， 第二个任务定义为“0 1”，第三个任务nn定义为“0 0 1”，第一个任务减第三个任务定义为“1 0 -1”，第二个任务减第三个任务定义为“0 1 -1”，第二个任务减第一个任务定义为“-1 1”，其余操作以及激活图显示和以前版本都是一致的。 值得我们注意的是，我们指定或输入一系列的参数来进行每一步的处理，完成后我们可以通过Save按钮将每一步存为一个*.mat文件。以后我们可以通过Load按钮重新加载并使用这些*.mat文件，我们适当修改后（例如改变所运行的数据集）再选择Run按钮运行。
另外我们可以使用TASKS菜单项指定一系列的操作(预处理和/或分析)，在 TASKS->Batch菜单项下，你可以在一个大文件中指定数据处理所有步骤。批处理交互界面非常灵巧。它知道根据指定的步骤将产生什么文件。例如，在Tasks->Batch菜单项下，选择New \。在你的SPM任务树(Jobs tree)中选择(highlight) -Spatial ，并从选项面板中选择 New \选项指定我们前述的realignment的详细步骤。现在，当我们向任务树中添加标准化步骤时，我们将看见为标准化操作选择r*文件的选项，尽管事实上，我们还没有真的生成r*文件。所以，批处理非常智能，可以预测我们的需要。如果我们已经生成了几个批处理任务文件，我们可以使用TASKS->Util->Execute Batch Jobs选项来运行它们。该工具允许我们选择一系列的mat文件(不一定是batch jobs文件)来运行。如果你怀念旧版本SPM操作界面，在TASKS菜单下，选择Sequential，这样就不会出现树(tree)，选项将会出现在SPM输入窗口。
7、Result
选中刚才生成的spm.mat文件，定义constrast，看结果。在上面的“fMRI models”部分有讲述。
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四、SPM的多种数据转换方法
使用SPM进行数据处理前，必须先将其它档案格式转换成SPM可以读取的Analyze档案格式，包含.img档和.hdr标头档，相关的转档软件有XMedCon和MRIcro。 1.利用AFNI数据转换
首先使用AFNI的三维数据重建: to3d -time:tz 177 20 2s altplus * 生成+orig文件，然后:
3dAFNItoAnalyze -4D -orient LPI *epi+orig，将生成*.hdr与*.img文件. (*代表你所用的任意文件名)，然后打开MRIcro软件：选择要转换的hdr,img文件, processing, ok.择面板上部 File --Save as 4d to 3d --- Save as intel ---Save (这里有点忘了:)) （这一段我压根没有看懂……）
2.直接用MRIcro转换:(此部分转自核医学论坛)
注: SPM的dicom import是可以导入dicom文件，但导入的这些图像还是2D的，不是3D的，不能用于fMRI分析。要先把2D的slice重建成3D的volume，就可以用于fMRI分析了。MRIcro可以干这活：先把3次BOLD的文件分别移动到三个不同的文件夹里，然后用MRIcro依次导入转换每个目录的slice dicom file成一个ANALYZE文件（4D的），再另存为多个img，hdr文件（4D－>3D），个数就是volume数，也就是目录下文件数除以层数。（这是针对从GE Signa 1.5T 上刻录的光盘上的dicom格式数据来讲的，其它机器的数据存放方式可能有所不同，请相应具体分析）。MRIcro的Import Convert中的volume可以理解为完整头部像数目。在从GE Signa 1.5T 中获得的fMRI Dicom数据中，是1个slice存成一个dicom image文件，因此volume数（也就是整个dicom image目录所包含的完整头部扫描图像数目）应该等于整个dicom image目录下所有单个slice dicom image文件除以实验时设置的slices数。简单地说，一个fMRI实验，层数为16，获得512个slice dicom image文件，则其volumes=512/16=32。
1）点Import/convert foreign to analyze，在出现的对话框中，number of files为你数据的总文件数，slice
increment＝1，volume increment＝0，volumes为你的实验的volume数。填好后，先点design，后点select，然后选中你的数据的第一个文件（我试验了一下，选中后报错，无法继续）。然后保存。
2）点file/open，打开刚才保存的img文件。
3）点\，然后点击“save intel”。 这样保存后的文件就是analyze
格式的了。
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