苏州大学基础医学与生物科学学院教案

编号：

课程 生物信息技能训练 授课人 张高川 授课日期 2010.9.19/26/29 授课时间 27学时 章节 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 实验三 共表达基因上游序列中TFBSs的计算鉴别 让学生理解共表达/共调控基因的含义，以及相关的TFBSs的含义 掌握计算鉴别TFBSs的一般过程和方法。 掌握CRèME的使用方法，并能够解释CRèME的计算结果。 让学生了解TransFac数据库的相关内容，并掌握其使用方法； 学会对CRèME计算结果的整理分析。 让学生学会EZRetrieve/TFSearch的使用，并能够自行编程对TFSearch的计算结果进行统计分析。 教授学生自行编程从头计算鉴别TFBSs 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 基本原理和方法 CRèME的使用演示 基因信息搜索整理 TransFac的使用演示 结果的整理分析 EZRetrieve的使用演示 TFSearch的使用演示 自行编程对TFSearch的计算结果进行统计分析时所要用到的函数和过程 从头计算鉴别TFBSs的一般过程和方法 以及其中涉及到的各种函数和过程的编写 目的 要求 授课 内容 重点 难点 重点： 理解并掌握计算鉴别共表达/共调控基因的TFBSs的一般过程和方法;CRèME的使用; 掌握TransFac的使用; 掌握EZRetrieve/TFSearch的使用; 从头计算鉴别TFBSs的一般过程和方法 难点： 对于计算鉴别共表达/共调控基因的TFBSs过程中涉及到的一些原理和方法;熟悉TransFac数据库的相关内容;自行编程对TFSearch的计算结果进行统计分析;头计算鉴别TFBSs的过程中所涉及的各种函数和过程的编写 1. 为什么一个TF结合的位点在一个基因的上游会多次出现？ 2. 如何通过现代生物学实验技术来验证预测出来的TFBSs是否是真正的TFBSs？ 思考题 其它