DPYD*2A等位基因检测 携带DPYD*2A等位基因的患者应慎用5-FU、卡培他滨和替加氟,或降低用药剂量,以避免毒性反应。
慢型NAT1/NAT2基因型检测 NAT1和NAT2慢代谢型基因型患者反复给予异烟肼后易出现蓄积中毒,引起周围神经炎,应引起注意。
SLCO1B1 521T>C多态性检测 携带521C等位基因的患者慎用辛伐他汀和西立伐他汀,以降低发生肌病的风险,具体可根据FDA推荐剂量表(附表2)。
TPMT多态性检测 降低低酶活性基因型患者MP的用药剂量,杂合子起始剂量为常规剂量的30~70%,携带两个突变等位基因的个体用药剂量为常规用药剂量的1/10,或1周3次给予常规剂量的药物,或换用其他药物,以避免产生严重的造血系统毒性反应;携带TPMT活性极高基因型的患者 MP治疗可能无效。携带TPMT突变等位基因的儿童患者建议用卡铂而不用顺铂,以避免引起耳毒性。
UGT1A1多态性检测 UGT1A1*28(6/7)和(7/7)基因型个体应用伊立替康时应选用剂量较低的化疗方案,以避免引起严重腹泻;携带UGT1A1*6等位基因的患者4级中性粒细胞减少症的发生风险增加,应谨慎使用。
ACE I/D多态性 DD基因型的高血压患者建议选用福辛普利进行降压治疗;DD基因型的高血压合并左心室肥大和舒张期充盈障碍的患者建议使用依那普利和赖诺普;II基因型患者应用赖诺普利或卡托普利治疗时应注意监测肾功能。
ADRB1多态性检测 Gly389基因型高血压患者建议不选用美托洛尔降压,或适当增加用药剂量。
APOE多态性检测 基因型为E2/E2的高血脂症患者建议选用普伐他汀治疗,以提高降脂疗效。
ANKK1 rs1800497多态性检测 携带rs1800497A等位基因的患者应用第二代抗精神
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病药时静坐不能不良反应的发生风险增加,应注意。
错配修复蛋白缺失(dMMR)检建议dMMR者接受不含5-FU的化疗方案。 测
G6PD基因多态性检测
携带突变等位基因的G6PD缺乏患者禁用氯喹、氨苯砜和拉布立酶。
HLA-B位点等位基因检测
携带HLA-B*1502等位基因者慎用卡马西平和苯妥英,携带HLA-B*5801等位基因者慎用别嘌呤醇,以免引起SJS/TEN;携带HLA-B*5701等位基因者慎用阿巴卡韦,以免引起药物性肝损害。
IFNL3多态性检测
Rs12979860T等位基因携带者聚乙二醇干扰素α-2a、聚乙二醇干扰素α-2b和利巴韦林治疗HCV感染的疗效差。
微卫星不稳定性(MSI)检测 PML-RARα融合基因检测
MSI-H患者建议不用5-FU辅助治疗。
PML-RARα融合基因阳性的APL患者可用As2O3进行治疗。
TOP2A基因异常(基因扩增或基TOP2A基因异常的乳腺癌患者建议采用含蒽环类药因缺失)检测
VKORC1 -1639 G>A多态性检测
物的治疗方案。
携带-1639A等位基因的个体应减少华法林的用药剂量,具体可根据华法林剂量计算公式确定华法林的起始用药剂量。
ERCC1 mRNA表达检测
建议ERCC1 mRNA低表达的非小细胞肺癌患者选用以铂类为主的化疗方案。
RRM1 mRNA表达检测
建议RRM1 mRNA低表达的患者选用吉西他滨为主的化疗方案。
3)检测结果的报告流程与发放
检测报告通常以纸质报告单形式或以电子版通过网络形式发放。药物代谢酶和靶点基因检测结果报告需要有严谨有效的流程,以确保检验信息的完整、有效、及时、正确、隐私。首先要对检测结果报告进行审核分析,包括审核检测过程的有效性,受检者的基本信息,结果数据分析。审核者应当是主管技师以上的工作人员、本专业实验室负责人、
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高年资检验人员和临床实验室主任授权人,审核者对检验报告的质量负责。
通过审核的检测报告可以报告单形式或通过检测实验室的信息管理系统发放。应建立检测报告单发出和管理制度。明确检测结果报告发放的程序和责任,设定并公示检测结果报告时间,报告时间是指从接受送检标本起,到检测结果发放的时间。应制定个体化用药基因检测数据管理制度,数据中应录入患者信息和检验数据;检测数据的修改必须征得报告结果签发人员同意后,由操作人员进行修改;所有检测报告和原始记录应当归档保存,实验室信息系统数据至少要拷贝3份并保存在不同的地方,以便日后核对。一般检验报告单和检测结果数据至少保存两年;室内质控和参加室间质量评价的记录和质控信息至少保存两年;仪器状态和维修记录要保留到仪器使用终身。检测结果的查询通常可根据患者姓名、标本编号、检测项目和送检日期进行查询。
检测报告发放后收到检测报告投诉需记录并统计,分析原因,避免二次错误。 4)检测后咨询服务
个体化医学分子诊断实验室应配备相关资质、取得国家卫生计生委个体化医学检测培训基地培训合格证的个体化用药咨询人员,对检测项目提供咨询服务,负责对检测报告在临床上出现的各种情况进行解释和检后服务。 6.2检测后样本的保存和处理
样本完成检测后要进行一定时间(尽可能长期)的保留,以备必要时复查。标本的保存也可为科研工作的开展和回顾性调查提供条件。完成检测后剩余的DNA样本至少在-80℃保存2年。DNA在-70℃的环境下可保存至少7年。纯度不高的DNA样品建议保存在-20℃或更低的温度中,以确保DNA的完整性。在不影响受检者个人隐私及利益的前提条件下,DNA及临床资料也可匿名用于科学研究,但需在知情同意书中明确。废弃的样本应作为生物危险品处置。
7.药物代谢酶和药物作用靶点基因检测的质量保证
药物代谢酶和药物作用靶点基因检测的质量控制与保证是个体化医学检测质量保证的核心内容,是个体化用药基因诊断规范化和标准化的首要前提。因此临床检验项目的计划和准备,试验性能确认/验证以及检验全过程都需要建立有效的质量控制体系。 7.1 检测确认和特征描述
在将检测用于临床工作之前应该对方法进行分析确认和临床确认。实验室应确定待检测的靶核酸、确定要使用的试验方法和建立试验性能确认/验证的计划和程序。确认/
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验明程序应该包括:检验目的;靶基因,基因序列和突变;预期患者人群;被比较的试验方法,或要使用的方法;使用的样本类型;要确定的分析性能特征;参考材料的来源;如何分析性能规范,如何规定试验的局限性;出现问题时的纠正措施。 7.2可操作性的SOP编写
有可操作性的标准操作规程(SOP)是个体化医学检测实验室质量管理的灵魂。SOP源于仪器和试剂说明书、一些标准文件和实验室实验工作经验的积累,应包括试剂准备、标本采集、标本接收与预处理、核酸提取、测定方法、结果分析和报告、仪器操作、实验室安全措施等临床检验的各个环节。SOP的编写应注意通俗易懂、注重细节、清晰明了、图文并茂。实验室工作人员应严格遵循SOP中的步骤要求进行操作,当发现SOP有“故障”时,经过技术研发小组的工作人员讨论、实验验证后及时修改。 7.3质控品与室内质控 7.3.1质控品
所有药物代谢酶和药物作用靶点基因检测都需要选择一定的质控样本进行质控分析。质控样本的选择视检测项目而定,如药物代谢酶的SNP检测的阴性质控样本可以是无相关突变的同类样本和不含任何核酸的水样本,阳性质控样本可以为以前检测过的特定基因突变已知的样本或体外构建的已含特定突变质粒的细胞株。常用的做法为:在每次检测时同时设立试剂对照、阴性质控、阳性质控、弱阳性质控,且这些质控样本与待检样本同时进行检测,每隔一定数量的临床标本插入一份质控样本。当同时检测多个变异位点时,可根据实验室的条件设立针对2~3个位点的阴性或阳性对照,但不同批次间要注意更换阴性和阳性对照样品。
质控样本的质量与实验结果的可信度密切相关。理想的室内质控样本应该具有以下特点:基质一致,即与待测样本具有相同的基质;稳定性好,在适当的储存条件下能保持较好的稳定性;检测结果应该是确定的,且越接近试验的决定性水平越好;具有安全性,不得有生物传染危险性;单批可大量获得,以便于长期连续监测。 7.3.2室内质量控制的方法
应用统计学原理或非统计学方法判断测定批次的结果是失控还是在控,是室内质控的核心。室内质量控制的方法包括统计学质量控制和非统计学质量控制两大类。一般而言,定性检测(如基因分型)采用非统计学质量控制,而定量检测如基因表达水平检测、基因甲基化水平测定、以及实验室“污染”所致的假阳性定量检测一般采用统计学质
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