Ⅵ. transform子菜单

一． Transform —>Set view direction 设定观察角度

可以通过以下两种方法定义观察方向：

1．Lattice Vector按钮:晶向坐标[UVW]；即在晶体内定义一个方向 2．plane normal按钮：晶面坐标[HKL]，[HKL]为晶面的米勒指数。

3．Choose preset view：选择观察的方向。a——此时a轴垂直于屏幕，可以看见b-c平面。 b——此时b轴垂直于屏幕，可以看见a-c平面。 c——此时c轴垂直于屏幕，可以看见b-a平面。 [1 1 1]——沿向量[1,1,1]的方向观察。

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如下面的窗口：晶体会沿[111]方向重新画出。

二． Transform —>Auto rotate 自动旋转

如果想让模型结构连续旋转，模型结构可以围绕一个或多个坐标轴进行精确旋转。可以旋转一圈，也可以连续旋转。 Mode自动旋转模式：

rotation 连续选转，选择stop after 1 revolution按钮，将在旋转一周后停止。 oscillation 自定义周期旋转角度

rotation increments 自定义旋转轴和旋转时增加的角度

设定旋转围绕哪些坐标轴进行，以及围绕每个坐标轴旋转的速度；点击start，自动旋转开始。

三． Transform —>Set scale 定义标尺

选择Transform > Set Scale命令，在对话框中输入一个标尺。注意，如果用户重设了窗口，标尺也会改变，同时结构也会改变以适应新的窗口。

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四． Transform —>Set range 设定范围

可以根据原子的位置或化学元素符号对其进行隐藏；可以对原子数范围进行精确设定；Plot Range命令可以沿晶体学x, y, z方向设定最小和最大的参与原子范围。

1．Axial range limits：输入x, y, z方向的原子范围，沿坐标轴方向10%的进行改变

2．Full XYZ range：expand按钮，沿坐标轴方向10%的进行增加

contact按钮，沿坐标轴方向10%的进行减少 reset按钮，恢复最初设置 add cells 晶体成倍数增长 remove cells 晶体成倍数减少 one cell 恢复成单胞形式

3． Live update：窗口实时更新

4． Auto-scale：自动调整到最合适的大小

五． Transform —>Optimise range 优化选择范围

Crystalmaker的Optimize Range命令提供整理显示分子晶体的功能。它不依赖于任何现有的各种限制或晶胞设置。连同其最佳内容，单一的单位细胞内会显示出来。

1．Hide Stranded atoms 隐藏应该键合的原子

2．Hide Molecular Fragments隐藏屏幕显示范围内所有不完整的分子。

3．Repair Molecular Fragments 修复不完整的分子

此命令检查当前显示在屏幕上的原子，识别任何不完整的分子 ，然后如果需要的话，会产生额外的原子和化学键，以使所有的原始原子都显示在完整分子中。

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4．Show molecular cell 显示分子单元 此命令显示最佳的分子晶体单元格内容。此程序搜索与单个晶胞相关的完整分子，并包括部分在晶胞外的分子，然后显示完整的单元格内容。

六． Transform —>Define cluster 定义团簇

使用Transform > Define Cluster命令，可以显示指定原子中心一定距离范围内的所有原子（显示邻近原子团），以此来研究其最邻近配位环境。

注意，如果使用多面体，并且原子团半径设置太小的话，可能会得到空白的窗口。Crystalmaker允许在目标原子最大键距离的基础上，显示配位多面体。这个功能在多数情况下很好用，但只限用于径向配位团。展示非径向排列就比较困难。

1． Define cluster定义团簇：Around the centre of selection 在所选原子的中心生成团簇 Around site 在下拉菜单中选择原子，查看其周围团簇。

2． Include atoms in the range 设定范围，即径向距离，上图显示的是位置周围3埃范围内的

所有原子

七． Transform —>Lattice plane 摆放晶面

在Crystalmaker中，用户可以观察结构中的晶面。使用Lattice Plane工具，还可以对晶面进行移动和旋转。Crystalmaker可以显示一个穿过结构的晶面。用户可以定义晶面的位向，对其进行移动，以及以其为界面切除结构。

1． Show/hide 显示或隐藏晶面

2． Edit 编辑晶面

用户可以通过指定晶面的米勒指数(hkl)，或者通过选定原子来显示晶面。点击Colour按钮，设定晶面的颜色，点击opacity按钮设置透明度；

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