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5. Edit coordinates 编辑所选原子的坐标

Specify单选按钮:选择Direct Coordinates单选按钮,编辑单个选定原子的绝对位置坐标;

选择Relative Offset单选按钮,移动选定原子或原子团;

Basis单选按钮:选择Fractional Coordinates单选按钮,编辑晶体学坐标; 选择Orthogonal Coordinates单选按钮,编辑屏幕坐标; 通过设定x、y、z的数值进行编辑

6. Turn labels on 显示所选原子的标识

7. Labels to textboxes 编辑所选原子的标识

八. Selection—>bonds 编辑所选择原子相邻的化学键信息

1.Style 化学键的风格类型

可以对化学键的形式和颜色进行修改,最后点击ok即可。

Style的下拉菜单分别包括: Blank:空的

Dashed line:虚线 Dotted line:点线

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Dual-band cylinder:双色带状圆柱 Line:线状

Multi-band cylinder 多带状圆柱 Plain cylinder 平面圆柱

Rendered cyclone 三维渲染圆柱

Rendered Dual-band cylinder:三维渲染双色带状圆柱 Rendered Multi-band cylinder 三维渲染多带状圆柱 Striated cyclone 细纹状圆柱

2. Reset styles 重设化学键风格

九. Selection—>vectors 编辑所选择原子的向量信息

1.Add 在原子上添加矢量: (1) 选择原子或原子团;

(2) 选择Selection > Add Vector命令,出现对话框:

(3) 输入方向坐标[UVW];

(4) 如果想要改变矢量的长度,选择Specify Length选项,输入一个长度值。 (5) 为矢量选择一个颜色;

(6) 选择From 或Through按钮选择一个矢量的样式; (7) 点击OK完成设置。

2.Edit Vector编辑原子矢量:

(1) 使用箭头工具选择一个或多个矢量; (2) 选择Selection > Edit Vector;

(3) 调整位向、颜色和矢量样式,点击OK键完成。

3.Delete Vector命令 删除原子矢量

十.Selection—>calculate centroid 计算选择的原子团边界到质心距离

选择原子团(黄色区域),执行Selection—>calculate centroid命令,得到距离。如:

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十一. Selection—>Center on selection 将选择的部分移到窗口正中央 十二. Selection—>make polyhedron 生成多面体的中心

Make Polyhedron命令会在已存在原子的质心生成一个新的位置,并在质心和顶点原子之间生成化学键。有了这些化学键,就可以显示多面体了。Make polyhedron命令有众多选项。用户可以选择至少两个原子或原子团,执行该命令,编辑质心原子的原子类型和位置标注;选择是否显示任何对称位置;选择在质心原子和顶点原子之间是否生成化学键,以及对称位置上是否也生成化学键。

Ⅳ.model子菜单

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1.改变晶体模型

Crystalmaker中提供六种模型结构,对于每种模型,用户都可以选择是否显示:单胞外形,轴矢量,表面覆盖。不同的模型可以在Model菜单中选择。 (1)Ball and Stick:

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Ball-and-stick plots描述了以线或者圆柱相连接的实心球,代表了化学键。每个原子的半径是它的Space-filling半径的百分数(默认40%),其最小半径为0.4埃。用户可以使用Model Options> Atoms pane>Relative Radius and Minimum Radius对ball-and-stick中的球体大小进行编辑。

(2)Space Filling:

Space-filling plots描述了在一个结构中原子是如何堆簇在一起的。这些原子呈球状,半径对应其实际的原子半径。如果用户定义了键,软件会在必要的时候使用球叠加校正。 (3)Polyhedral:

复杂结构可以使用配位团作为几何单元(多面体),从而省略原子和原子键(例如,一个SiO4团代表了四面体,其中Si原子在中心,O原子在顶点),达到简化的目的。Crystalmaker可以构建任意凸多面体。

注意:必须定义原子键才能生成多面体! (4)Wireframe:

对于复杂结构,wire-fame结构对比较有用,这通常是在屏幕上旋转结构的最快模型。未键合的原子好比一个个独立的像素。每对原子间的线分割表示键。 (5)Stick:

本模型包括经过渲染的原子键的圆柱形化学键,而未键合的原子显示为球形。这在显示化学键结构和分子几何时特别有用,但对于复杂结构画起来会比wireframe慢。 (6)Thermal Ellipsoid:

本模型适用于结构的位置中包含原子位移参数的情况。Thermal Ellipsoid模型和ball-and-stick模型类似,但是在这个结构中一些原子呈椭圆形,表现出热振动、无序的各向异性,并显示出了在原子位置上的不确定性。椭圆的大小依赖于位移参数和其他可能因素。

注意:用户可以同时使用polyhedral, ball-and-stick, wire-frame,stick在一个模型中。

2. Show Surface 显示原子表面

表面覆盖可以模拟单个原子的蓬松性质

3. Hide unit cell 隐藏单胞

4. Hide axes 隐藏坐标(窗口左下角)

5. Model options 模式选择

自定义不同渲染效果的模型或更简单点儿的“线性艺术”。 (1)atoms原子选项

在Atoms面板中,用户可以根据元素类型或位置自定义原子显示的样式。列表中显示了按照元素类型分类的原子球体、热椭圆体和多面体。点击灰色的三角按钮,用户可以关闭或打开这些原子。

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