crystalmaker教程 下载本文

基,具体方法是将数据中B 因子高的残基去掉10 % ,对剩下的残基进行统计,计算平均值。

R-facoter

R因子同上,也是一种衡量晶体图像模型和X射线衍射数据的参数。 SHELX格式:

晶体结构分析工具,用于晶体结构测定和精修 STRUPLO格式: 晶体结构绘图

六.File—>New window with this view新建一个窗口,打开的是与当前同样的视图。

七.File—>take snapshot 快照

八.File—>place molecule 摆放一个分子到需要的文件中去

在建立的分子结构文件中,点击place molecule选择需要添加的分子文件以Crystalmaker二元分子文件保存(.cmmf格式),把它直接加到已知晶体中。

打开后,成功将名为damp的分子文件添加到用户当前窗口(黄色S原子)中。使用具和旋转工具,对分子进行编辑。

九.File—>close 关闭文件

File—>close all 关闭所有文件

File—>Close without saving 关闭文件,不保存 File—>Close all without saving 关闭所有文件,不保存 十.File—>save 保存

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File—>save as 另存为 十一.File—>export 输出文件

Graphics格式:存储像图到文件:

(1) 选择File -> Export- > Graphics,出现对话框; (2) 设置图片输出大小、分辨率,然后点击export;

(3) 设置文件名和存储路径;从下拉菜单中选择文件格式(bmp、jpg、png等);保存即可。

Video格式:存储视频到文件 Web Page格式:存储脚本到文件

Crystalmaker生成一个显示所有结构细节的网页,网页上图片会和屏幕中图片的大小相同。选择File -> Export -> Web Page命令可以生成一个HTML的纯文本文件,其中包含了JPEG格式的图片文件。用户可以使用任何web浏览器观看这个HTML文件。这是在网上发布晶体结构的理想方法。

Coordinates格式:存储原子坐标到文件

用户可以使用File->Export ->coordinate命令来生成一个包含所有原子位置坐标的文本文件。包括分数坐标和正交坐标两部分。

Visible Coordinates格式:存储可视坐标到文件 Crystal Coordinates格式:存储晶体学坐标到文件 Distance&angles格式:存储键长和键角到文件

如果用户想要记录晶体中化学键长度和角度的信息,可以在Crystalmaker中生成一个详细列表,并存储为化学键文件。这个文件包含了单胞中所有原子的位置坐标,以及每个非对称基元中原子的化学键角度和长度。

用户可以吧最邻近化学键距离、角度和位置坐标信息存储在化学键文件里面。这个文本文件可以使用文字编辑器进行编辑。

Distances 给出了非对称基元中原子离默认原子之间的键的距离

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Angles 给出了不同邻近组合之间的化学键角度 Crystalmaker text格式:存储cmtx文件到文件

CrystalMaker可以生成关于结构中原子环境的详细信息,包括背景颜色、化学键搜索输出和化学键角度信息。这些数据以Bonds File的文件输出,这个文本文件可以在任何文本编辑器或文字处理器中读取。

Chem3D Cartesian格式:同import CIF格式:同import

Macmolecule 1.x格式:同import PDB格式: 同import 注:内部文件格式

Crystalmaker中的文件扩展名如下:

非Crystalmaker文本格式使用以下文件扩展名:

十二.File—>print setup打印页面设置

File—>print preview

打印预览

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File—>print 打印 十三.File—>exit 退出

Ⅱ.Edit子菜单

一. Edit—>undo 撤销

二. Edit—>select all 窗口内的分子全部选择 三. Edit—>clear selection 放弃选择

四. Edit—>copy graphics 复制图片到剪切板:

同file>export>graphics在对话框中选择输出的维数、实际大小、分辨率,然后点击copy。

五. Edit—>structure 编辑结构

即对晶体或分子的结构进行编辑,同file>new crystal/molecule。

六. Edit—>bonding 编辑键长

一当定义了晶体结构,就可以继续定义原子间的化学键和配位多面体。用户可以在结构中特定的原子间产生化学键。Crystalmaker不限定每个位置的化学键数,但最好保证这种化学键

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