纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20％的；（二）因国家建设需要依法征用、收回的房地产。”《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》规定：“条例第八条（二）项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。因城市实施规划、国家建设的需要而搬迁，由纳税人自行转让原房地产的，比照本规定免征土地增值税。符合上述免税规定的单位和个人，须向房地产所在地税务机关提出免税申请，经税务机关审核后，免予征收土地增值税。”
（三）印花税
1.拆迁补偿环节的印花税
《中华人民共和国印花税暂行条例》第二条：“下列凭证为应纳税凭证：1.购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；2.产权转移书据；3.营业帐簿；4.权利、许可证照；5.经财政部确定征税的其他凭证”。
鉴于“拆迁补偿协议”不在上述列举范围内，因此《拆迁补偿协议》以及取得搬迁补偿所得不需缴纳印花税。
2.不动产回迁环节的印花税
《财政部 国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》（财税[2013]101号）第一条：对改造安置住房建设用地免征城镇土地使用税。对改造安置住房经营管理单位、开发商与改造安
置住房相关的印花税以及购买安置住房的个人涉及的印花税予以免征。在商品住房等开发项目中配套建造安置住房的，依据政府部门出具的相关材料、房屋征收（拆迁）补偿协议或棚户区改造合同（协议），按改造安置住房建筑面积占总建筑面积的比例免征城镇土地使用税、印花税。
（四）企业所得税
1.货币补偿
《企业政策性搬迁所得税管理办法》（国家税务总局公告2012年第40号）第十六条“企业的搬迁收入，扣除搬迁支出后的余额，为企业的搬迁所得。企业应在搬迁完成年度，将搬迁所得计入当年度企业应纳税所得额计算纳税。”《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函[2009]118号）“二、对企业取得的政策性搬迁或处置收入，应按以下方式进行企业所得税处理：（一）企业根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，用企业搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权(以下简称重置固定资产)，或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，准予其搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，计入企业应纳税所得额。（二）企业没有重置或改良固定资产、技术改造或购置其他固定资产的计划或立项报告，应将搬迁收入加上各类拆迁固定资产的变卖收入、减除各类拆迁固定资产的折余价值和处置费用后的余额计入企业当年应纳税所得额，计算缴纳企业所得税。（三）企业利用政策性搬迁或处置收入购置或改良的固定资产，可以按照现行税收规定计算折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。（四）企业从规划搬迁次年起的五年内，其取得的搬迁收入或处置收入暂不计入企业当年应纳税所得额，在五年期内完成搬迁的，企业搬迁收入按上述规定处理。”根据上
述，被拆迁企业取得的补偿款可在五年内计入企业应纳税所得额，也即被拆迁企业可尽量将完税义务延至第五年处理。
2.房屋补偿（回迁房）
深圳市《城市更新税收政策指引》（深地税办发[2012]37号）第二部分第（三）条第2款“……如企业获得房产形式的拆迁补偿，应按公允价值确认搬迁收入。”但国家税务总局公告2013年第11号《关于企业政策性搬迁所得税有关问题的公告》明确规定“二、企业政策性搬迁被征用的资产，采取资产置换的，其换入资产的计税成本按被征用资产的净值，加上换入资产所支付的税费（涉及补价，还应加上补价款）计算确定。”根据效力优先的原则，被拆迁企业取得补偿的房屋本身无需按公允价值确认搬迁收入并缴纳企业所得税。
值得注意的是，回迁房屋登记价过低将直接导致再次转让房屋时的高税负问题。鉴于深圳市目前对返迁房屋的登记价处理大多按照拆迁补偿安置合同约定的价格来确定，因此被拆迁方需就返迁房屋的登记价与开发商进行充分沟通，并做好完善的合同条款设计。
特别提示：
一般来说，返迁物业的登记价主要由原被拆迁的资产净值（相当于提供的土地价值）、补缴的地价以及后期的开发建设成本组成，但因开发商提供返迁物业在土增税和所得税层面均按市场价进行视同销售处理，因此实务里面被拆迁方需注意与开发商谈判时的相应技巧，双方平衡处理。
（五）契税
根据《财政部、国家税务总局关于企业以售后回租方式进行融资等有关契税政策的通知》（财税[2012]82号）和《广东省契税实施办法》第六条的规定，土地、房屋被县级以上人民政府征用、占用后，重新承受土地、房屋权属，其成交价格或补偿面积没有超出规定补偿标准的，免征契税。因房屋被征收而选择货币补偿用以重新购置房屋，并且购房成交价格不超过货币补偿的，对新购房屋免征契税；购房成交价格超过货币补偿的，对差价部分按规定征收契税。因房屋被征收而选择房屋产权调换，并且不缴纳房屋产权调换差价的，对新换房屋免征契税；缴纳房屋产权调换差价的，对差价部分按规定征收契税。
二、拆迁补偿协议履约要点及各阶段操作注意事项
（一）更新意愿征集阶段
被拆迁方需全面了解更新单元范围内是否存在村集体用地或者村集体物业之类的村集体资产，如存在村集体资产，需重点关注开发商与村股份合作公司之间签订的委托协议或合作协议的情况。
由于深圳目前的村集体资产监管相关政策的收紧（如《龙岗区社区股份合作公司村集体用地开发及交易监管实施细则》），股份合作公司与开发商之间签订合作开发协议相对谨慎，基本上只签订委托协议（即使签订合作协议的，也只是标题，实质内容仍为委托），书面同意城市更新且委托开发商作为项目的申报主体。涉及村集体资产的，股份合作公司决议流程繁琐，村集体资产处置可能涉及公开化选择市场主体，而且政府部门备案流程冗长，直接影响项目开发周期及可行性。